| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第1章 绪论 | 第10-20页 |
| 1.1 蛋白质-RNA 相互作用研究的背景与意义 | 第10-11页 |
| 1.2 蛋白质-RNA 分子对接研究的意义与现状 | 第11-16页 |
| 1.2.1 蛋白质-RNA 分子对接研究的背景与意义 | 第11-12页 |
| 1.2.2 蛋白质-RNA 分子对接研究的现状 | 第12-16页 |
| 1.3 生物体系中阳离子-pi 相互作用研究的意义与现状 | 第16-19页 |
| 1.3.1 生物大分子中阳离子-pi 相互作用研究的意义 | 第16-17页 |
| 1.3.2 蛋白质-蛋白质界面上阳离子-pi 相互作用研究现状 | 第17-18页 |
| 1.3.3 蛋白质-核酸界面上阳离子-pi 相互作用研究现状 | 第18-19页 |
| 1.4 本论文的主要内容及意义 | 第19-20页 |
| 第2章 非核糖体蛋白质-RNA 组合打分函数研究 | 第20-36页 |
| 2.1 引言 | 第20-22页 |
| 2.2 理论与方法 | 第22-27页 |
| 2.2.1 数据集和对接程序 | 第22-24页 |
| 2.2.2 组合打分函数 | 第24-25页 |
| 2.2.3 统计势 | 第25-27页 |
| 2.2.4 打分函数的评价标准 | 第27页 |
| 2.3 统计结果与分析讨论 | 第27-33页 |
| 2.3.1 不同打分项的打分效果 | 第27-28页 |
| 2.3.2 构建组合打分函数 | 第28-30页 |
| 2.3.3 组合打分函数打分能力的进一步分析 | 第30-33页 |
| 2.4 本章小结 | 第33-36页 |
| 第3章 非冗余蛋白质-RNA 界面上阳离子-pi 相互作用研究 | 第36-50页 |
| 3.1 引言 | 第36-37页 |
| 3.2 理论与方法 | 第37-42页 |
| 3.2.1 Ab initio（从头算）方法 | 第37-38页 |
| 3.2.2 Na~+-RNA 碱基相互作用能 | 第38-39页 |
| 3.2.3 蛋白质-RNA 间阳离子-pi 相互作用的几何判据 | 第39-40页 |
| 3.2.4 蛋白质-RNA 体系阳离子-pi 相互作用的半经验结合能 | 第40页 |
| 3.2.5 蛋白质-RNA 复合物体系数据集 | 第40-42页 |
| 3.3 统计结果与分析讨论 | 第42-48页 |
| 3.3.1 Na~+-RNA 碱基体系的 Ab initio 能量计算 | 第42-45页 |
| 3.3.2 蛋白质-RNA 界面上阳离子-pi 相互作用的统计分析 | 第45-46页 |
| 3.3.3 蛋白质-RNA 界面阳离子-pi 相互作用能 | 第46-48页 |
| 3.4 本章小结 | 第48-50页 |
| 结论 | 第50-52页 |
| 参考文献 | 第52-58页 |
| 攻读硕士学位期间所发表的学术论文 | 第58-60页 |
| 致谢 | 第60页 |
