| 摘要 | 第4-6页 |
| Summary | 第6-7页 |
| 主要缩略词 | 第10-11页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-19页 |
| 1 绵羊泌乳生物学 | 第12-14页 |
| 1.1 绵羊乳腺生理功能 | 第12-13页 |
| 1.2 影响乳腺产奶量的因素 | 第13页 |
| 1.3 泌乳相关的生物学途径 | 第13-14页 |
| 2 绵羊乳腺转录组研究进展 | 第14-16页 |
| 2.1 转录组及转录组学 | 第14-15页 |
| 2.2 RNA-Seq原理及优点 | 第15-16页 |
| 2.3 RNA-Seq在乳腺组织中的应用 | 第16页 |
| 3 STAT5a基因研究进展 | 第16-17页 |
| 4 本研究目的及意义 | 第17-19页 |
| 第二章 RNA-Seq及STAT5a基因遗传特性检测 | 第19-32页 |
| 1 绵羊乳腺组织RNA-Seq | 第19-28页 |
| 1.1 实验样品采集 | 第19页 |
| 1.2 总RNA的提取 | 第19-20页 |
| 1.3 总RNA质量检测 | 第20-21页 |
| 1.3.1 甲醛变性琼脂糖凝胶电泳 | 第20页 |
| 1.3.2 浓度测定 | 第20-21页 |
| 1.4 RNA-Seq反应流程 | 第21-25页 |
| 1.4.1 oligodT微珠纯化mRNA | 第21页 |
| 1.4.2 rRNA的去除 | 第21-23页 |
| 1.4.3 cDNA合成 | 第23页 |
| 1.4.4 双链cDNA末端修复 | 第23-24页 |
| 1.4.53 '末端加尾及DNA片段两端连接接头 | 第24页 |
| 1.4.6 纯化cDNA模板 | 第24页 |
| 1.4.7 PCR扩增cDNA文库 | 第24-25页 |
| 1.4.8 上机测序 | 第25页 |
| 1.5 qRT-PCR法验证差异表达基因 | 第25-26页 |
| 1.5.1 总RNA的提取 | 第25页 |
| 1.5.2 cDNA的合成 | 第25页 |
| 1.5.3 qRT-PCR分析 | 第25-26页 |
| 1.5.4 差异表达基因qRT-PCR的引物设计 | 第26页 |
| 1.6 RNA-Seq测序数据处理 | 第26-28页 |
| 1.6.1 原始数据的质量控制、过滤及序列比对 | 第27页 |
| 1.6.2 基因表达水平及差异分析 | 第27-28页 |
| 1.6.3 差异表达基因GO及KEGG通路分析 | 第28页 |
| 1.6.4 新转录位点分析及SNP/INDELs分析 | 第28页 |
| 2 绵羊STAT5a基因组织表达及遗传特性检测 | 第28-32页 |
| 2.1 样品采集 | 第28-29页 |
| 2.2 | 第29页 |
| 2.2.1 总RNA的提取 | 第29页 |
| 2.2.2 基因组DNA的提取 | 第29页 |
| 2.4 引物设计与合成 | 第29-32页 |
| 2.4.1 qRT-PCR检测 | 第30页 |
| 2.4.2 PCR-SSCP检测 | 第30-31页 |
| 2.4.2.1 PCR反应 | 第30页 |
| 2.4.2.2 SSCP检测 | 第30-31页 |
| 2.4.3 产物直接测序 | 第31页 |
| 2.4.4 序列分析与数据统计 | 第31-32页 |
| 第三章 结果与分析 | 第32-49页 |
| 1 比较转录组学分析 | 第32-44页 |
| 1.1 TotalRNA提取结果 | 第32页 |
| 1.2 原始数据整理、过滤及质量评估 | 第32-34页 |
| 1.3 参考基因组信息整理及统计 | 第34-39页 |
| 1.3.1 基因组Mapping结果 | 第34-35页 |
| 1.3.2 编码基因相关分析 | 第35-37页 |
| 1.3.3 基因表达水平及差异分析 | 第37-39页 |
| 1.4 差异表达基因的功能富集分析 | 第39-41页 |
| 1.4.1 GO富集分析 | 第39-40页 |
| 1.4.2 KEGG代谢通路分析 | 第40-41页 |
| 1.5 新转录本和SNP/INDELs分析 | 第41-43页 |
| 1.6 qRT-PCR法验证差异表达基因 | 第43-44页 |
| 2 STAT5a基因表达特征和核苷酸序列变异特征 | 第44-49页 |
| 2.1 绵羊STAT5a基因表达 | 第44-46页 |
| 2.2 STAT5a基因遗传特征分析 | 第46-49页 |
| 2.2.1 绵羊STAT5a基因PCR扩增 | 第46页 |
| 2.2.2 绵羊STAT5a基因遗传特征分析 | 第46-48页 |
| 2.2.3 STAT5a基因第12外显子基因型分布独立性检验 | 第48-49页 |
| 第四章 讨论 | 第49-55页 |
| 1 绵羊泌乳学 | 第49页 |
| 2 绵羊乳腺转录组测序 | 第49-52页 |
| 3 STAT5a组织表达和遗传特性分析 | 第52-55页 |
| 第五章 结论 | 第55-56页 |
| 附录 | 第56-59页 |
| 参考文献 | 第59-66页 |
| 致谢 | 第66-67页 |
| 作者简介 | 第67-68页 |
| 导师简介 | 第68-69页 |
