| 摘要 | 第6-7页 |
| ABSTRACT | 第7页 |
| 1. 引言 | 第8-10页 |
| 1.1 研究的目的和意义 | 第8-9页 |
| 1.2 研究现状 | 第9页 |
| 1.3 论文的结构安排 | 第9-10页 |
| 2. 短序列比对算法 | 第10-31页 |
| 2.1 基于哈希表的短序列比对算法 | 第10-18页 |
| 2.1.1 Eland算法 | 第10-11页 |
| 2.1.2 MAQ算法 | 第11-14页 |
| 2.1.3 soap算法 | 第14-18页 |
| 2.2 基于BWT的比对算法 | 第18-27页 |
| 2.2.1 BWT转换压缩原理 | 第18-20页 |
| 2.2.2 Bowtie算法 | 第20-25页 |
| 2.2.3 bwa算法 | 第25-27页 |
| 2.2.4 SOAP2算法 | 第27页 |
| 2.3 比对算法性能分析与比较 | 第27-31页 |
| 3. 短序列组装 | 第31-42页 |
| 3.1 基于Overlap/Layout/Consensus的组装算法 | 第32-33页 |
| 3.2 基于图的贪婪组装算法 | 第33-35页 |
| 3.3 基于de Bruijn Graph算法 | 第35-41页 |
| 3.3.1 de bruijn图结构 | 第35-36页 |
| 3.3.2 Velvet算法 | 第36-41页 |
| 3.4 组装算法性能分析与比较 | 第41-42页 |
| 4. 算法改进 | 第42-55页 |
| 4.1 基于块索引的短序列比对算法 | 第42-52页 |
| 4.1.1 算法描述 | 第42-51页 |
| 4.1.2 算法性能分析 | 第51-52页 |
| 4.2 SOAP算法改进 | 第52-55页 |
| 5 结论与讨论 | 第55-56页 |
| 参考文献 | 第56-58页 |
| 附录 攻读学位期间发表的论文 | 第58页 |