| 中文摘要 | 第4-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 前言 | 第13-15页 |
| 1.研究目的和意义 | 第13-14页 |
| 2.研究内容 | 第14-15页 |
| 2.1 BmCPV 感染与非感染家蚕中肠组织的比较转录组研究 | 第14页 |
| 2.2 家蚕质型多角体病毒（BmCPV1）片段 1 中假定重叠基因的鉴定 | 第14-15页 |
| 第一章 质型多角体病毒的研究进展 | 第15-25页 |
| 1.质型多角体病毒的结构 | 第15-16页 |
| 2.质型多角体病毒的基因组及其基因表达 | 第16-17页 |
| 3.质型多角体病毒的入侵过程 | 第17-20页 |
| 3.1 昆虫质型多角体病毒病的典型病症 | 第18页 |
| 3.2 病毒的入侵机制 | 第18页 |
| 3.3 质型多角体病毒的发育循环复制机制 | 第18-19页 |
| 3.4 质型多角体病毒的交叉感染 | 第19-20页 |
| 4.家蚕质型多角体病毒的抗性及应答分析 | 第20-22页 |
| 参考文献 | 第22-25页 |
| 第二章 新一代测序技术-深度测序 | 第25-40页 |
| 1.测序技术的发展 | 第25-26页 |
| 2.高通量测序技术及其发展与应用 | 第26-31页 |
| 2.1 高通量测序技术原理 | 第27-28页 |
| 2.2 高通量测序技术的优点 | 第28页 |
| 2.3 高通量测序技术的应用 | 第28-31页 |
| 3.RNA 测序技术（RNA-Seq） | 第31-33页 |
| 4.RNA-Seq 数据分析的一般流程 | 第33-35页 |
| 4.1 估计基因表达水平 | 第33页 |
| 4.2 检测新基因 | 第33-34页 |
| 4.3 识别差异表达基因 | 第34-35页 |
| 参考文献 | 第35-40页 |
| 第三章 BmCPV 感染与非感染家蚕中肠组织的比较转录组研究 | 第40-86页 |
| 1.前言 | 第40-41页 |
| 2.材料与方法 | 第41-48页 |
| 2.1 试验材料 | 第41页 |
| 2.2 主要的实验试剂及仪器 | 第41-42页 |
| 2.3 实验方法 | 第42-48页 |
| 3.结果与分析 | 第48-74页 |
| 3.1 四种不同家蚕品种对 BmCPV 的抵抗性 | 第48-49页 |
| 3.2 家蚕中肠组织 RNA 的提取及质量检测 | 第49页 |
| 3.3 Reads 预处理及参考基因组比对 | 第49页 |
| 3.4 蓝 5 家蚕中肠组织 RNA-Seq 分析 | 第49-57页 |
| 3.5 蓝 5 家蚕感染 BmCPV 与健康中肠组织差异表达基因分析 | 第57-68页 |
| 3.6 T-test 呈显著差异的表达差异基因分析 | 第68-73页 |
| 3.7 实时定量 PCR 验证差异表达基因 | 第73-74页 |
| 4.讨论 | 第74-81页 |
| 4.1 家蚕中肠组织中的高量表达基因 | 第74-76页 |
| 4.2 BmCPV 感染引起的家蚕中肠组织中的差异表达基因 | 第76-81页 |
| 参考文献 | 第81-86页 |
| 第四章 家蚕质型多角体病毒基因组片段 1 中假定重叠基因的鉴定 | 第86-99页 |
| 摘要 | 第86-88页 |
| 1.材料与方法 | 第88-91页 |
| 1.1 材料和主要试剂 | 第88页 |
| 1.2 重组表达载体 pET-ORFX-S1 的构建及原核表达 | 第88页 |
| 1.3 多克隆抗体的制备 | 第88-89页 |
| 1.4 家蚕中肠组织蛋白的提取 | 第89页 |
| 1.5 Western blotting 分析 | 第89页 |
| 1.6 免疫组化检测 | 第89页 |
| 1.7 定量 PCR 检测假定的 ORFX | 第89-91页 |
| 2.结果与分析 | 第91-95页 |
| 2.1 ORFX 重叠基因的预测及生物信息学分析 | 第91-92页 |
| 2.2 重组表达载体的酶切鉴定 | 第92页 |
| 2.3 重组 ORFX 和 ORFX 多克隆抗体的鉴定 | 第92-93页 |
| 2.4 感染 BmCPV 家蚕中肠组织中的 ORFX RNA 检测 | 第93-94页 |
| 2.5 感染 BmCPV 家蚕中肠组织中的 ORFX 蛋白检测 | 第94-95页 |
| 3. 讨论 | 第95-97页 |
| 参考文献 | 第97-99页 |
| 结论 | 第99-100页 |
| 1.已取得的结果 | 第99页 |
| 2.有待进行的研究 | 第99-100页 |
| 攻读硕士学位期间发表的学术论文 | 第100-101页 |
| 附录 | 第101-120页 |
| 附表1 FC 呈显著差异的表达上调差异基因及注释 | 第101-111页 |
| 附表2 FC 呈显著差异的表达下调差异基因及注释 | 第111-116页 |
| 附表3 T-test 呈显著差异的表达上调差异基因及注释 | 第116-119页 |
| 附表4 T-test 呈显著差异的表达上调差异基因及注释 | 第119-120页 |
| 致谢 | 第120-121页 |
