| 摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-11页 |
| 缩略词表 | 第12-13页 |
| 第一章 绪论 | 第13-24页 |
| 1.1 地衣芽孢杆菌及其基因组研究现状 | 第13-14页 |
| 1.2 γ-PGA的生物合成及调控研究进展 | 第14-16页 |
| 1.3 二代测序技术简述 | 第16-18页 |
| 1.4 系统生物学简述 | 第18-22页 |
| 1.4.1 蛋白质相互作用网络研究进展 | 第19-21页 |
| 1.4.2 代谢网络研究进展 | 第21-22页 |
| 1.5 本研究目的与意义 | 第22-24页 |
| 第二章 地衣芽孢杆菌WX-02的基因组及转录组研究 | 第24-53页 |
| 2.1 引言 | 第24-25页 |
| 2.2 材料与方法 | 第25-30页 |
| 2.2.1 地衣芽孢杆菌WX-02的基因组测序，组装及注释 | 第25-26页 |
| 2.2.2 生长曲线的测定 | 第26页 |
| 2.2.3 γ-PGA的分离纯化及浓度检测 | 第26-27页 |
| 2.2.4 总RNA的提取和纯化 | 第27页 |
| 2.2.5 RNA文库构建及链特异性测序 | 第27页 |
| 2.2.6 转录组reads比对到基因组上 | 第27-28页 |
| 2.2.7 蛋白编码基因的注释 | 第28页 |
| 2.2.8 新蛋白编码基因的预测 | 第28-29页 |
| 2.2.9 操纵子结构的预测 | 第29页 |
| 2.2.10 sRNA的预测与分析 | 第29页 |
| 2.2.11 反义转录本的预测 | 第29-30页 |
| 2.2.12 差异表达基因的检测 | 第30页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第30-52页 |
| 2.3.1 地衣芽孢杆菌WX-02生物量和 γ-PGA产量的测定 | 第30页 |
| 2.3.2 基因组特征分析 | 第30-33页 |
| 2.3.3 链特异性转录组数据分析 | 第33-34页 |
| 2.3.4 基因组注释 | 第34-35页 |
| 2.3.5 新蛋白编码基因的识别 | 第35-37页 |
| 2.3.6 操纵子识别及比较分析 | 第37-40页 |
| 2.3.7 sRNA分析 | 第40-43页 |
| 2.3.8 反义转录本分析 | 第43-47页 |
| 2.3.9 差异表达基因分析 | 第47-52页 |
| 2.4 本章小结 | 第52-53页 |
| 第三章 地衣芽孢杆菌WX-02的蛋白相互作用网络研究 | 第53-75页 |
| 3.1 引言 | 第53-54页 |
| 3.2 材料与方法 | 第54-58页 |
| 3.2.1 数据来源 | 第54页 |
| 3.2.2 直系同源映射法 | 第54-55页 |
| 3.2.3 结构域-结构域互作映射法 | 第55页 |
| 3.2.4 蛋白质相互作用(PPI)网络的质量评估 | 第55-56页 |
| 3.2.5 不同细菌PPI网络的COG热图分析及比较 | 第56页 |
| 3.2.6 非盐胁迫及盐胁迫条件下PPI网络的比较分析 | 第56-57页 |
| 3.2.7 蛋白复合体及蛋白质功能预测 | 第57-58页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第58-73页 |
| 3.3.1 地衣芽孢杆菌WX-02的PPI网络构建 | 第58-59页 |
| 3.3.2 PPI网络的质量评估 | 第59-61页 |
| 3.3.3 PPI网络的属性分析 | 第61-63页 |
| 3.3.4 PPI网络的COG热图分析 | 第63-65页 |
| 3.3.5 非盐胁迫和盐胁迫条件下的PPI网络比较分析 | 第65-67页 |
| 3.3.6 蛋白复合体及未注释蛋白功能的预测 | 第67-72页 |
| 3.3.7 γ-PGA合成和调控相关的子网络 | 第72-73页 |
| 3.4 本章小结 | 第73-75页 |
| 第四章 地衣芽孢杆菌WX-02的代谢网络研究 | 第75-87页 |
| 4.1 引言 | 第75页 |
| 4.2 方法与材料 | 第75-77页 |
| 4.2.1 代谢网络的构建 | 第75-76页 |
| 4.2.2 代谢网络模型的校正 | 第76页 |
| 4.2.3 生物量目标函数 | 第76-77页 |
| 4.2.4 OmniLog PM实验 | 第77页 |
| 4.2.5 代谢网络模型的模拟 | 第77页 |
| 4.2.6 γ-PGA的合成路径优化 | 第77页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第77-86页 |
| 4.3.1 地衣芽孢杆菌WX-02的代谢网络构建 | 第77-81页 |
| 4.3.2 模拟高通量底物利用分析 | 第81-82页 |
| 4.3.3 不同物种中底物利用情况的比较分析 | 第82-83页 |
| 4.3.4 必需基因的预测及分析 | 第83-84页 |
| 4.3.5 γ-PGA产量最大化的路径优化 | 第84页 |
| 4.3.6 γ-PGA合成及细胞生长相关的重要代谢物及路径 | 第84-86页 |
| 4.4 本章小结 | 第86-87页 |
| 第五章 总结与展望 | 第87-90页 |
| 5.1 总结 | 第87-88页 |
| 5.2 展望 | 第88-90页 |
| 参考文献 | 第90-105页 |
| 附录Ⅰ攻读博士学位期间发表或在投论文目录 | 第105-106页 |
| 致谢 | 第106-108页 |
