| 致谢 | 第6-13页 |
| 摘要 | 第13-17页 |
| Abstract | 第17-21页 |
| 第一章 绪论 | 第22-43页 |
| 1.0 柑橘及柑橘真菌性病害 | 第22-24页 |
| 1.0.1 柑橘褐斑病 | 第22-24页 |
| 1.0.2 柑橘绿霉病 | 第24页 |
| 1.1 链格孢菌及其致病型 | 第24-29页 |
| 1.1.1 寄主选择性毒素及致病型 | 第24-26页 |
| 1.1.2 寄主选择性毒素基因 | 第26-28页 |
| 1.1.3 非必需染色体 | 第28-29页 |
| 1.2 病原真菌与植物互作 | 第29-32页 |
| 1.2.1 植物病原菌的寄生方式 | 第29页 |
| 1.2.2 病原菌的侵染策略 | 第29-31页 |
| 1.2.3 活性氧清除能力在致病中的作用 | 第31-32页 |
| 1.3 真菌基因组学研究 | 第32-34页 |
| 1.3.1 真菌基因组学发展 | 第32页 |
| 1.3.2 真菌基因组学研究内容 | 第32-34页 |
| 1.3.3 真菌基因组学和植物病害 | 第34页 |
| 1.4 丝状真菌孢子的遗传调控 | 第34-38页 |
| 1.4.1 分生孢子形成过程 | 第35页 |
| 1.4.2 分生孢子形成的中心调控 | 第35-36页 |
| 1.4.3 分生孢子形成的上游调节元件 | 第36-37页 |
| 1.4.4 分生孢子形成的velvet调节 | 第37-38页 |
| 1.4.5 分生孢子形成的光调节 | 第38页 |
| 1.5 丝状真菌中MAPK信号通路及HOG途径 | 第38-41页 |
| 1.5.1 双组分信号途径 | 第38-39页 |
| 1.5.2 MAPK级联磷酸化系统 | 第39-40页 |
| 1.5.3 HOG途径 | 第40-41页 |
| 1.6 本研究的目的和意义 | 第41-43页 |
| 第二章 柑橘褐斑病菌比较基因组分析 | 第43-64页 |
| 2.1 引言 | 第43页 |
| 2.2 材料和方法 | 第43-46页 |
| 2.2.1 菌株培养及基因组提取 | 第43-44页 |
| 2.2.2 基因测序及组装 | 第44页 |
| 2.2.3 基因组结构预测及注释 | 第44-45页 |
| 2.2.4 共线性、同源性和系统进化分析 | 第45页 |
| 2.2.5 蛋白家族分析 | 第45-46页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第46-63页 |
| 2.3.1 基因组数据统计 | 第46-48页 |
| 2.3.2 基因组共线性及同源基因群 | 第48-51页 |
| 2.3.3 系统进化分析 | 第51-52页 |
| 2.3.4 次生代谢基因簇 | 第52-57页 |
| 2.3.5 碳水化合物酶家族 | 第57-61页 |
| 2.3.6 分泌蛋白 | 第61-62页 |
| 2.3.7 激酶组 | 第62-63页 |
| 2.4 本章小结 | 第63-64页 |
| 第三章 柑橘褐斑病菌非必需染色体的特点及遗传进化 | 第64-78页 |
| 3.1 引言 | 第64-65页 |
| 3.2 材料和方法 | 第65-66页 |
| 3.2.1 菌株培养、基因组提取及测序 | 第65页 |
| 3.2.2 非必需染色体序列的获得 | 第65页 |
| 3.2.3 密码子使用情况及Ka/Ks比率 | 第65页 |
| 3.2.4 Blast分数比率检验 | 第65-66页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第66-77页 |
| 3.3.1 CDC的整体特点 | 第66页 |
| 3.3.2 CDC基因富集分析 | 第66-68页 |
| 3.3.3 CDC上毒素基因簇 | 第68页 |
| 3.3.4 CDC蛋白家族 | 第68-70页 |
| 3.3.5 CDC基因密码子的使用及进化选择 | 第70-72页 |
| 3.3.6 CDC起源 | 第72-77页 |
| 3.4 本章小结 | 第77-78页 |
| 第四章 柑橘褐斑病菌线粒体基因组分析 | 第78-86页 |
| 4.1 引言 | 第78-79页 |
| 4.2 材料与方法 | 第79页 |
| 4.2.1 菌株、培养条件及测序 | 第79页 |
| 4.2.2 线粒体基因组分析 | 第79页 |
| 4.2.3 序列信息 | 第79页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第79-84页 |
| 4.3.1 线粒体基本特征 | 第79-80页 |
| 4.3.2 线粒体编码基因 | 第80-83页 |
| 4.3.3 线粒体基因序列特点 | 第83-84页 |
| 4.3.4 核糖体RNA和转运RNA编码基因 | 第84页 |
| 4.3.5 线粒体中的内含子和内含子阅读框 | 第84页 |
| 4.4 本章小结 | 第84-86页 |
| 第五章 柑橘褐斑病菌受H_2O_2胁迫的转录组分析 | 第86-114页 |
| 5.1 引言 | 第86-87页 |
| 5.2 材料和方法 | 第87-92页 |
| 5.2.1 菌株培养及RNA提取 | 第87页 |
| 5.2.2 文库制备 | 第87-90页 |
| 5.2.3 测序数据前处理 | 第90-91页 |
| 5.2.5 序列比对及差异基因筛选 | 第91页 |
| 5.2.6 real-time PCR验证转录组数据 | 第91-92页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第92-110页 |
| 5.3.1 差异表达基因的获得 | 第92-93页 |
| 5.3.2 差异表达基因的GO分类 | 第93-99页 |
| 5.3.3 抗氧化酶和非酶物质的差异表达 | 第99-102页 |
| 5.3.4 蛋白家族的差异表达 | 第102-109页 |
| 5.3.5 甾醇合成途径的差异表达 | 第109页 |
| 5.3.6 非必需染色体基因表达 | 第109-110页 |
| 5.4 本章小结 | 第110-114页 |
| 第六章 柑橘绿霉病菌3个产孢中心调控基因的功能研究 | 第114-133页 |
| 6.1 引言 | 第114-115页 |
| 6.2 材料和方法 | 第115-117页 |
| 6.2.1 菌株和培养条件 | 第115页 |
| 6.2.2 构建PdbrlA,PdabaA和Pdwe-缺失突变体 | 第115-116页 |
| 6.2.3 显微观察 | 第116页 |
| 6.2.4 胁迫耐受性和海藻糖含量 | 第116-117页 |
| 6.2.5 表达谱分析 | 第117页 |
| 6.3 结果 | 第117-127页 |
| 6.3.1 PdbrlA、PdabaA和PdwetA的鉴定 | 第117页 |
| 6.3.2 PdbrlA,PdabaA和Pdwe-控制产孢过程的不同阶段 | 第117-121页 |
| 6.3.3 缺失PdbrlA,PdabaA和Pdwe-并不影响细胞活性和毒力 | 第121-122页 |
| 6.3.4 △PdwetA孢子的生存能力 | 第122-124页 |
| 6.3.5 中心调控基因的遗传关系 | 第124-125页 |
| 6.3.6 PdbrlA在产孢期间明显影响基因表达 | 第125页 |
| 6.3.7 PdbrlA调控与产孢相关的基因 | 第125-127页 |
| 6.4 讨论 | 第127-133页 |
| 第七章 柑橘绿霉病菌Pdos2基因功能研究 | 第133-146页 |
| 7.1 引言 | 第133-134页 |
| 7.2 材料和方法 | 第134-137页 |
| 7.2.1 菌株和培养条件 | 第134-135页 |
| 7.2.3 突变体菌株获得 | 第135页 |
| 7.2.4 菌丝生长实验 | 第135页 |
| 7.2.5 接种实验 | 第135页 |
| 7.2.6 细胞内甘油和麦角甾醇含量的鉴定 | 第135-136页 |
| 7.2.7 基因表达分析 | 第136-137页 |
| 7.3 结果 | 第137-142页 |
| 7.3.1 Pdos2参与渗透胁迫适应和杀菌剂抗性,但不参与氧化压抗性 | 第137-138页 |
| 7.3.2 Pdos2参与细胞壁完整性 | 第138页 |
| 7.3.3 Pdos2与致病性有关 | 第138页 |
| 7.3.4 Pdos2参与细胞内甘油积累 | 第138-140页 |
| 7.3.5 Pdos2在渗透胁迫下负调控甾醇合成 | 第140-142页 |
| 7.3.6 ERG基因的表达 | 第142页 |
| 7.4 讨论 | 第142-146页 |
| 第八章 全文总结 | 第146-150页 |
| 8.1 研究内容总结 | 第146-148页 |
| 8.2 全文创新点 | 第148页 |
| 8.3 全文不足之处 | 第148-149页 |
| 8.4 有待开展的工作 | 第149-150页 |
| 参考文献 | 第150-171页 |
| 综述 赣南脐橙绿霉病菌对常用杀菌剂抗性监测 | 第171-187页 |
| 参考文献 | 第185-187页 |
| 个人简历 | 第187页 |
