| 摘要 | 第4-5页 |
| abstract | 第5-6页 |
| 第一章 文献综述 | 第9-18页 |
| 1.1 甘薯育种研究的历史与现状 | 第9-10页 |
| 1.2 遗传标记 | 第10-13页 |
| 1.2.1 形态学标记(Morphological marker) | 第10页 |
| 1.2.2 细胞学标记(Cytological marker) | 第10页 |
| 1.2.3 生化标记(Biochemical marker) | 第10-11页 |
| 1.2.4 分子标记(Molecular marker) | 第11-13页 |
| 1.2.4.1 限制性片段长度多态性(RFLP) | 第11页 |
| 1.2.4.2 随机扩增多态性DNA(RAPD) | 第11-12页 |
| 1.2.4.3 扩增片断长度多态性(AFLP) | 第12页 |
| 1.2.4.4 简单重复序列(SSR) | 第12页 |
| 1.2.4.5 简单重复间序列(ISSR) | 第12页 |
| 1.2.4.6 单核苷酸多态性(SNP) | 第12-13页 |
| 1.3 SSR标记的开发 | 第13-15页 |
| 1.3.1 传统的文库筛选法 | 第13页 |
| 1.3.2 采用SSR富集步骤的方法 | 第13-14页 |
| 1.3.2.1 选择杂交 | 第13-14页 |
| 1.3.2.2 选择扩增 | 第14页 |
| 1.3.2.3 序列标签文库 | 第14页 |
| 1.3.2.4 关于SSR富集方法的讨论 | 第14页 |
| 1.3.3 生物信息学方法 | 第14-15页 |
| 1.4 SNP标记的开发 | 第15-16页 |
| 1.4.1 不同个体的PCR扩增片断直接测序是发现SNP标记的最常用方法 | 第15页 |
| 1.4.2 SNP标记发现的其它方法 | 第15页 |
| 1.4.3 基于二代测序技术的SNP开发 | 第15-16页 |
| 1.5 本研究的目的意义和研究内容 | 第16-18页 |
| 1.5.1 目的意义 | 第16页 |
| 1.5.2 研究内容 | 第16-18页 |
| 第二章 基于SSR标记的甘薯种质资源遗传多样性分析 | 第18-44页 |
| 2.1 材料与方法 | 第18-22页 |
| 2.1.1 实验材料 | 第18-19页 |
| 2.1.2 主要仪器 | 第19页 |
| 2.1.3 基因组DNA的提取与质量检测 | 第19-20页 |
| 2.1.4 SSR的PCR反应体系及程序 | 第20-21页 |
| 2.1.5 数据处理与分析 | 第21-22页 |
| 2.2 结果与分析 | 第22-42页 |
| 2.2.1 甘薯基因组DNA提取与检测 | 第22页 |
| 2.2.2 SSR多态性引物的筛选及SSR分析 | 第22-24页 |
| 2.2.3 基于SSR标记的甘薯种质资源群体结构分析 | 第24-28页 |
| 2.2.4 基于SSR标记的主成分分析和系统进化分析 | 第28-41页 |
| 2.2.5 基于SSR标记的群体分化分析 | 第41页 |
| 2.2.6 基于SSR标记的甘薯种质资源遗传多样性分析 | 第41-42页 |
| 2.3 讨论 | 第42-44页 |
| 2.3.1 基于SSR标记的甘薯种质资源群体结构分析 | 第42页 |
| 2.3.2 基于SSR标记的甘薯种质资源遗传多样性分析 | 第42-43页 |
| 2.3.3 中国甘薯育成品种遗传驯化进程 | 第43-44页 |
| 第三章 基于SNP位点的甘薯种质资源遗传多样性分析 | 第44-87页 |
| 3.1 材料与方法 | 第45-47页 |
| 3.1.1 实验材料 | 第45-46页 |
| 3.1.2 基因组DNA的提取 | 第46页 |
| 3.1.3 酶切建库 | 第46页 |
| 3.1.4 Illumina HiSeq~(TM) 2500测序及产出数据的质量分析 | 第46页 |
| 3.1.5 SLAF标签的获得和SNP标记的开发 | 第46页 |
| 3.1.6 数据的统计与分析 | 第46-47页 |
| 3.2 结果与分析 | 第47-84页 |
| 3.2.1 建库评估 | 第47-48页 |
| 3.2.2 测序数据统计与评估 | 第48页 |
| 3.2.3 SLAF标签与SNP标记的开发 | 第48-49页 |
| 3.2.4 遗传进化分析 | 第49-84页 |
| 3.2.4.1 基于SNP标记的系统发育树分析 | 第50-70页 |
| 3.2.4.2 基于SNP标记的群体结构分析 | 第70-73页 |
| 3.2.4.3 基于SNP标记的主成分分析 | 第73-75页 |
| 3.2.4.4 基于SNP标记的AMOVA分析 | 第75-76页 |
| 3.2.4.5 基于SNP标记的遗传多样性分析 | 第76-84页 |
| 3.3 讨论 | 第84-87页 |
| 3.3.1 SLAF-seq技术在甘薯SNP分子标记开发中的可行性 | 第84-85页 |
| 3.3.2 基于SLAF-seq技术无参考基因组甘薯酶切预测的可行性 | 第85-86页 |
| 3.3.3 基于SNP位点的甘薯群体结构分析 | 第86页 |
| 3.3.4 基于SNP位点的甘薯种质资源遗传多样性分析 | 第86页 |
| 3.3.5 SNP位点开发应用展望 | 第86-87页 |
| 第四章 基于形态学标记的甘薯种质资源遗传多样性分析 | 第87-101页 |
| 4.1 材料与方法 | 第87-89页 |
| 4.1.1 植物材料 | 第87页 |
| 4.1.2 试验设计与田间调查取样 | 第87页 |
| 4.1.3 形态特征描述与记载标准 | 第87-89页 |
| 4.2 结果与分析 | 第89-100页 |
| 4.2.1 形态多样性基本统计分析 | 第89-90页 |
| 4.2.2 形态学性状相关性分析 | 第90页 |
| 4.2.3 形态学性状主成分分析 | 第90-93页 |
| 4.2.4 基于形态学标记的甘薯种质资源遗传多样性分析 | 第93-100页 |
| 4.3 讨论 | 第100-101页 |
| 第五章 综合讨论 | 第101-104页 |
| 5.1 基于SSR和SNP标记分析甘薯遗传多样性的优越性 | 第101页 |
| 5.2 基于SSR和SNP标记的种群结构划分比较 | 第101页 |
| 5.3 基于SSR、SNP、形态学标记的聚类分析比较 | 第101-103页 |
| 5.4 基于SSR、SNP、形态学标记的甘薯遗传多样性比较 | 第103-104页 |
| 第六章 结论 | 第104-105页 |
| 参考文献 | 第105-114页 |
| 附表 | 第114-140页 |
| 致谢 | 第140-141页 |
| 个人简介 | 第141页 |
