| 致谢 | 第4-5页 |
| 中文摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 英文缩略词表 | 第9-13页 |
| 1 绪论 | 第13-23页 |
| 1.1 前言 | 第13-14页 |
| 1.2 蛋白-蛋白分子对接 | 第14-20页 |
| 1.2.1 蛋白-蛋白分子对接中常用的搜索算法 | 第15-19页 |
| 1.2.2 蛋白-蛋白分子对接中硬件加速策略 | 第19-20页 |
| 1.3 蛋白-蛋白对接中的打分函数 | 第20-23页 |
| 1.3.1 打分函数的分类 | 第21页 |
| 1.3.2 打分函数ZRANK、dDFire、FireDock的简介 | 第21-23页 |
| 2 基于能量项的打分函数HawkRank的设计 | 第23-48页 |
| 2.1 引言 | 第23-24页 |
| 2.2 材料与方法 | 第24-34页 |
| 2.2.1 蛋白-蛋白打分函数的数据集的准备 | 第24-25页 |
| 2.2.2 蛋白-蛋白预测物的评价标准 | 第25-26页 |
| 2.2.3 基于SASA的蛋白溶剂化势能模型的参数化 | 第26-29页 |
| 2.2.4 HawkRank打分函数的设计 | 第29-32页 |
| 2.2.5 打分函数的评价标准 | 第32-34页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第34-47页 |
| 2.3.1 基于SASA的蛋白溶剂化势能模型的训练结果 | 第34-35页 |
| 2.3.2 HawkRank的打分性能 | 第35-38页 |
| 2.3.3 RMSDs与打分函数得分之间皮尔森相关系数的对比 | 第38-43页 |
| 2.3.4 HawkRank的局限性 | 第43-46页 |
| 2.3.5 HawkRank的计算速度 | 第46-47页 |
| 2.4 本章小结 | 第47-48页 |
| 3 HawkRank软件及其在线打分网站 | 第48-59页 |
| 3.1 引言 | 第48-49页 |
| 3.2 HawkRank软件的设计与使用 | 第49-50页 |
| 3.2.1 HawkRank的软件设计 | 第49页 |
| 3.2.2 HawkRank软件的使用方法 | 第49-50页 |
| 3.3 HawkRank打分网站的设计与使用 | 第50-59页 |
| 3.3.1 HawkRank打分网站的整体结构 | 第51-53页 |
| 3.3.2 HawkRank打分网站的功能介绍 | 第53-59页 |
| 参考文献 | 第59-67页 |
| 作者简历及在学期间所取得的科研成果 | 第67页 |
