| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 第一章 前言 | 第16-37页 |
| 1.1 硫化叶菌概述 | 第19-22页 |
| 1.1.1 硫化叶菌属 | 第19页 |
| 1.1.2 硫化叶菌属结构与代谢 | 第19-20页 |
| 1.1.3 硫化叶菌的分类、命名与生态学特性 | 第20页 |
| 1.1.4 硫化叶菌的基因组特征 | 第20-21页 |
| 1.1.5 硫化叶菌H5-2的分离和初步鉴定 | 第21-22页 |
| 1.2 古菌病毒概述 | 第22-23页 |
| 1.3 硫化叶菌的病毒简介 | 第23-33页 |
| 1.3.1 Rudiviridae病毒科 | 第23-24页 |
| 1.3.2 Lipothrixviridae病毒科 | 第24-25页 |
| 1.3.3 Fuselloviridae病毒科 | 第25页 |
| 1.3.4 水滴状病毒(droplet-shaped viruses) | 第25-26页 |
| 1.3.5 线状病毒(Linear viruses) | 第26页 |
| 1.3.6 球状病毒(Spherical viruses) | 第26-27页 |
| 1.3.7 纺锤型病毒(Fusiform viruses) | 第27-28页 |
| 1.3.8 未分类的纺锤型硫化叶菌病毒STSV1 | 第28-29页 |
| 1.3.9 STSV2病毒的特征与电镜图 | 第29-33页 |
| 1.4 病毒基因时序表达研究进展 | 第33-35页 |
| 1.5 技术路线 | 第35页 |
| 1.6 研究目的和意义 | 第35-37页 |
| 第二章 硫化叶菌病毒STSV2的基因组解析 | 第37-54页 |
| 2.1 STSV2病毒基因组的测序 | 第37页 |
| 2.2 STSV2病毒基因组分析 | 第37页 |
| 2.2.1 基因组一般特性分析 | 第37页 |
| 2.2.2 开放阅读框(open reading frame,ORF)分析 | 第37页 |
| 2.4 结果与讨论 | 第37-52页 |
| 2.4.1 基因组一般特性 | 第37-38页 |
| 2.4.2 基因组中ORFs预测及可能编码功能基因分析 | 第38-52页 |
| 2.5 讨论 | 第52-54页 |
| 第三章 硫化叶菌病毒STSV2时序性研究 | 第54-89页 |
| 3.1 材料 | 第54-56页 |
| 3.1.1 菌种 | 第54页 |
| 3.1.2 培养基的配制 | 第54-56页 |
| 3.2 方法 | 第56页 |
| 3.2.1 菌硫化叶菌H5-2的培养 | 第56页 |
| 3.2.2 硫化叶菌病毒STSV2的培养 | 第56页 |
| 3.2.3 试剂与仪器 | 第56页 |
| 3.3 方法 | 第56-61页 |
| 3.3.1 宿主菌硫化叶菌的培养 | 第56页 |
| 3.3.2 硫化叶菌病毒STSV2的培养及感染硫化叶菌H5-2 | 第56-57页 |
| 3.3.3 PCR检测病毒的增殖过程 | 第57页 |
| 3.3.4 病毒STSV2的RNA提取和检测 | 第57-58页 |
| 3.3.5 STSV2病毒总RNA反转录 | 第58页 |
| 3.3.6 STSV2基因RT-PCR扩增条件 | 第58-59页 |
| 3.3.7 STSV2基因Real Time PCR | 第59-61页 |
| 3.4 结果与分析 | 第61-87页 |
| 3.4.1 感染时病毒的用量 | 第61-62页 |
| 3.4.2 PCR检测病毒的增殖过程 | 第62-63页 |
| 3.4.3 STSV2病毒对宿主硫化叶菌H5-2的影响 | 第63页 |
| 3.4.4 不同基因的PCR检测结果 | 第63-84页 |
| 3.4.5 不同基因相同时间点的表达量比较 | 第84-85页 |
| 3.4.6 总结硫化叶菌H5-2病毒STSV2在感染过程中基因转录的时序调节 | 第85-87页 |
| 3.5 讨论 | 第87-89页 |
| 3.5.1 硫化叶菌病毒基因时序表达规律探讨 | 第87-89页 |
| 第四章 STSV2病毒的启动子和操纵子分析 | 第89-101页 |
| 4.1 材料 | 第89页 |
| 4.1.1 菌种 | 第89页 |
| 4.1.2 培养基的配制 | 第89页 |
| 4.2 STSV2启动子结构分析 | 第89-90页 |
| 4.3 STSV2病毒操纵子分析 | 第90页 |
| 4.4 结果 | 第90-99页 |
| 4.4.1 STSV2病毒的启动子分析 | 第90-92页 |
| 4.4.2 STSV2中操纵子分析 | 第92-99页 |
| 4.4.2.1 操纵子结构分析 | 第92-94页 |
| 4.4.2.2 操纵子表达验证结果 | 第94-99页 |
| 4.5 讨论 | 第99-101页 |
| 第五章 利福平试验及病毒STSV2对宿主的影响 | 第101-108页 |
| 5.1 材料和方法 | 第101-102页 |
| 5.1.1 菌株病毒 | 第101页 |
| 5.1.2 引物设计方案和RNA提取 | 第101页 |
| 5.1.3 STSV2增殖对宿主菌的宏观影响 | 第101-102页 |
| 5.1.4 利福平抗性试验 | 第102页 |
| 5.1.5 病毒STSV2侵染后宿主基因的表达 | 第102页 |
| 5.2 试验结果 | 第102-106页 |
| 5.2.1 利福平对病毒STSV2基因表达的影响 | 第102-105页 |
| 5.2.2 病毒STSV2侵染后宿主基因表达的影响 | 第105-106页 |
| 5.3 讨论 | 第106-108页 |
| 第六章 总结与展望 | 第108-110页 |
| 致谢 | 第110-111页 |
| 参考文献 | 第111-118页 |
| 附录A 攻读硕士期间发表论文目录 | 第118-119页 |
| 附录B 试验药品与设备 | 第119-121页 |
| B.1 主要溶液及其配制 | 第119-120页 |
| B.1.1 PBS(1L,pH7.4) | 第119页 |
| B.1.2 硫酸(2.5M,1L) | 第119页 |
| B.1.3 溴化乙锭溶液 | 第119页 |
| B.1.4 1%琼脂糖凝胶的配制 | 第119页 |
| B.1.5 TAE电泳缓冲液 | 第119页 |
| B.1.6 TBE电泳缓冲液 | 第119-120页 |
| B.2 主要仪器 | 第120-121页 |
| B.3 试剂及酶制品 | 第121页 |
