| 摘要 | 第4-8页 |
| ABSTRACT | 第8-11页 |
| 缩略词 | 第12-16页 |
| 第一章 文献综述 | 第16-34页 |
| 1 芸薹属概述 | 第16-19页 |
| 1.1 芸薹属的起源 | 第16-17页 |
| 1.2 芸薹属植物种间亲缘关系 | 第17-18页 |
| 1.3 白菜、甘蓝及油菜的基本特征 | 第18-19页 |
| 1.3.1 白菜 | 第18页 |
| 1.3.2 甘蓝 | 第18-19页 |
| 1.3.3 油菜 | 第19页 |
| 2 植物比较基因组学研究 | 第19-28页 |
| 2.1 基因组计划 | 第19-21页 |
| 2.1.1 拟南芥基因组计划 | 第20页 |
| 2.1.2 芸薹属基因组计划 | 第20-21页 |
| 2.2 比较基因组学 | 第21-28页 |
| 2.2.1 比较基因组学概述 | 第21-22页 |
| 2.2.2 芸薹属比较基因组学研究进展 | 第22-28页 |
| 3 植物开花时间相关基因研究 | 第28-33页 |
| 3.1 花发育概述 | 第28页 |
| 3.2 拟南芥开花调控研究现状 | 第28-32页 |
| 3.2.1 光周期途径 | 第29-30页 |
| 3.2.2 春化途径 | 第30-31页 |
| 3.2.3 自主途径 | 第31页 |
| 3.2.4 赤霉素途径 | 第31-32页 |
| 3.3 植物CONSTANS(CO)基因研究现状 | 第32-33页 |
| 4 本研究的目的和意义 | 第33-34页 |
| 第二章 芸苔属基因组开花时间控制基因的鉴定与进化 | 第34-70页 |
| 1 引言 | 第34页 |
| 2 材料与方法 | 第34-37页 |
| 2.1 材料 | 第34-35页 |
| 2.2 方法 | 第35-37页 |
| 2.2.1 芸苔属开花时间控制基因的鉴定 | 第35页 |
| 2.2.1.1 对于包含结构域的开花时间相关基因的鉴定 | 第35页 |
| 2.2.1.2 对于不包含结构域的开花相关基因的鉴定 | 第35页 |
| 2.2.3 三倍化区段的鉴定 | 第35-36页 |
| 2.2.4 染色体上分布确定 | 第36页 |
| 2.2.5 GO(Gene Ontology)及富集分析 | 第36页 |
| 2.2.6 基因家族的分析 | 第36页 |
| 2.2.7 多序列比对和系统发育树的构建 | 第36页 |
| 2.2.8 ka/ks计算 | 第36-37页 |
| 3 结果与分析 | 第37-67页 |
| 3.1 白菜、甘蓝、甘蓝型油菜中开花时间控制基因数目 | 第37页 |
| 3.2 开花时间控制基因在基因组上的分布 | 第37-43页 |
| 3.2.1 开花时间相关基因在拟南芥、白菜、甘蓝染色体上的分布 | 第37-42页 |
| 3.2.2 开花时间相关基因在拟南芥、白菜、甘蓝共线性区段上的分布 | 第42-43页 |
| 3.3 依据Gene Ontology(GO)的功能及富集分析 | 第43-51页 |
| 3.4 开花时间相关基因在白菜、甘蓝和油菜中的扩张和丢失 | 第51-56页 |
| 3.4.1 基因组上的扩张 | 第51-53页 |
| 3.4.2 三倍化区段内的开花时间基因数及分布 | 第53-55页 |
| 3.4.3 白菜、甘蓝中丢失的开花时间相关基因 | 第55-56页 |
| 3.5 开花时间相关基因的进化分析 | 第56-62页 |
| 3.5.1 开花基因的ka/ks分析 | 第56-57页 |
| 3.5.2 四条代谢途径中开花时间基因的进化分析 | 第57-62页 |
| 3.6 基因家族分析 | 第62-63页 |
| 3.7 开花时间相关基因多拷贝间结构变异 | 第63-67页 |
| 3.7.1 基于结构上的变异 | 第63-67页 |
| 3.7.2 基于GO差异上的结构变异 | 第67页 |
| 4 讨论 | 第67-70页 |
| 4.1 从拟南芥到白菜、甘蓝开花时间相关基因扩张可能机制 | 第67-68页 |
| 4.2 拟南芥到白菜、甘蓝及油菜基因数目的变化 | 第68-69页 |
| 4.3 开花时间相关基因优先保留特性 | 第69页 |
| 4.4 多拷贝间的结构变异 | 第69-70页 |
| 第三章 开花时间控制基因的表达分化 | 第70-87页 |
| 1 引言 | 第70页 |
| 2 材料与方法 | 第70-71页 |
| 2.1 材料 | 第70页 |
| 2.2 方法 | 第70-71页 |
| 2.2.1 RNA-seq方法 | 第70-71页 |
| 2.2.2 基因表达热图绘制 | 第71页 |
| 2.2.3 拷贝间组织表达分化 | 第71页 |
| 3 结果与分析 | 第71-84页 |
| 3.1 开花时间相关基因在各组织中的表达 | 第71-78页 |
| 3.1.1 开花时间相关基因表达特性 | 第71-76页 |
| 3.1.2 多拷贝基因表达模式 | 第76-77页 |
| 3.1.3 三倍化区段基因与其串联复制基因表达 | 第77-78页 |
| 3.2 白菜和甘蓝中同源基因间的表达分化 | 第78-84页 |
| 3.2.1 组织表达分化 | 第78-80页 |
| 3.2.2 白菜、甘蓝开花时间旁系同源基因对的KS分布 | 第80-82页 |
| 3.2.3 白菜、甘蓝开花时间相关基因可变剪切分化 | 第82-84页 |
| 4 讨论 | 第84-87页 |
| 4.1 多拷贝基因保留及其组织表达分化 | 第84页 |
| 4.2 可变剪切体的分化 | 第84-85页 |
| 4.3 植物开花性状是基因协同作用的结果 | 第85-87页 |
| 第四章 甘蓝型油菜开花调控转录因子CONSTANS同源基因克隆及其表达特征分析 | 第87-121页 |
| 1 引言 | 第87-88页 |
| 2 材料与方法 | 第88-98页 |
| 2.1 试验材料 | 第88-91页 |
| 2.1.1 植物材料 | 第88页 |
| 2.1.2 菌株及质粒 | 第88页 |
| 2.1.3 主要仪器和设备 | 第88-89页 |
| 2.1.4 试剂及试剂盒 | 第89-90页 |
| 2.1.5 培养基 | 第90-91页 |
| 2.2 实验方法 | 第91-98页 |
| 2.2.1 试验取材 | 第91页 |
| 2.2.2 植物总RNA提取 | 第91-92页 |
| 2.2.3 开花调控转录因子CONSTANS(CO)基因全长片段的获得 | 第92-96页 |
| 2.2.4 实时荧光定量PCR分析 | 第96-98页 |
| 3 结果与分析 | 第98-118页 |
| 3.1 甘蓝型油菜CO基因的克隆与分析 | 第98-99页 |
| 3.2 核苷酸序列分析 | 第99-100页 |
| 3.3 蛋白序列分析 | 第100-106页 |
| 3.4 甘蓝型油菜与其他物种CO基因比较 | 第106-110页 |
| 3.4.1 甘蓝型油菜与其他物种CO基因编码氨基酸比对 | 第106-108页 |
| 3.4.2 甘蓝型油菜与其他物种CO基因结构域比对 | 第108-109页 |
| 3.4.3 CO同源基因编码序列系统进化树 | 第109-110页 |
| 3.5 早晚熟甘蓝型油菜品系CO同源基因比较分析 | 第110-113页 |
| 3.5.1 核苷酸序列比较分析 | 第110-111页 |
| 3.5.2 蛋白序列比较分析 | 第111-113页 |
| 3.6 甘蓝型油菜转录调控因子CO基因的定量表达分析 | 第113-118页 |
| 4 讨论 | 第118-121页 |
| 4.1 关于甘蓝型油菜开花调控转录因子CO基因的克隆 | 第118-119页 |
| 4.2 关于CO基因在不同熟期油菜中表达的分析 | 第119-121页 |
| 第五章 结论与创新点 | 第121-124页 |
| 1 本研究结论 | 第121-123页 |
| 1.1 白菜、甘蓝及甘蓝型油菜全基因组中开花时间控制基因的鉴定和进化 | 第121-122页 |
| 1.2 白菜和甘蓝开花时间控制基因在器官间的表达分化 | 第122页 |
| 1.3 甘蓝型油菜CO同源基因克隆和表达分析 | 第122-123页 |
| 2 本研究创新点 | 第123-124页 |
| 参考文献 | 第124-132页 |
| 附录 | 第132-141页 |
| 致谢 | 第141-142页 |
| 攻读学位期间发表的部分学术论文及主要获奖目录 | 第142页 |
