| 摘要 | 第4-5页 |
| ABSTRACT | 第5页 |
| 第1章 绪论 | 第8-15页 |
| 1.1 课题研究背景及目的意义 | 第8-9页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第9-12页 |
| 1.3 主要研究内容 | 第12-13页 |
| 1.4 本文组织结构 | 第13-15页 |
| 第2章 相关背景知识介绍 | 第15-21页 |
| 2.1 基因本体结构 | 第15-18页 |
| 2.2 基因本体注释 | 第18页 |
| 2.3 基因功能比较分析 | 第18-20页 |
| 2.4 本章小结 | 第20-21页 |
| 第3章 基于Iterative ranking的术语相似度计算 | 第21-40页 |
| 3.1 数据研究及处理 | 第21-24页 |
| 3.1.1 基因本体数据 | 第21-22页 |
| 3.1.2 基因本体注释数据 | 第22-23页 |
| 3.1.3 基因功能网络数据 | 第23-24页 |
| 3.2 计算基因在网络中的关系 | 第24-30页 |
| 3.2.1 Iterative ranking算法 | 第26-27页 |
| 3.2.2 计算基因间关系 | 第27-30页 |
| 3.3 基因本体跨分支术语相似度计算 | 第30-36页 |
| 3.3.1 注释基因集合关联度计算 | 第31-34页 |
| 3.3.2 基因本体术语对相似度计算 | 第34-35页 |
| 3.3.3 计算术语对的方向 | 第35-36页 |
| 3.4 构建基因本体关联网络 | 第36-38页 |
| 3.5 本章小结 | 第38-40页 |
| 第4章 实验结果和分析 | 第40-53页 |
| 4.1 Yeast数据集合实验 | 第40-46页 |
| 4.1.1 构建Yeast测试集合 | 第40-41页 |
| 4.1.2 参数选择 | 第41-42页 |
| 4.1.3 实验结果对比 | 第42-44页 |
| 4.1.4 基因网络完整度依赖性分析 | 第44-46页 |
| 4.2 Homo sapiens数据集合实验 | 第46-48页 |
| 4.2.1 实验结果对比 | 第46-47页 |
| 4.2.2 分析实验结果 | 第47-48页 |
| 4.3 基因本体关联网络分析 | 第48-52页 |
| 4.3.1 关联网络构成分析 | 第48-49页 |
| 4.3.2 基因富集分析 | 第49-50页 |
| 4.3.3 术语对关联性分析 | 第50-52页 |
| 4.4 本章小结 | 第52-53页 |
| 结论 | 第53-55页 |
| 参考文献 | 第55-60页 |
| 攻读硕士学位期间发表的论文及其它成果 | 第60-62页 |
| 致谢 | 第62页 |