| 摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4-5页 |
| 第1章 引言 | 第9-20页 |
| 1.1 宏基因组学研究概述 | 第9-12页 |
| 1.1.1 DNA测序技术简介 | 第9-11页 |
| 1.1.2 宏基因组学发展历史及关键问题 | 第11-12页 |
| 1.2 宏基因组学数据和微生物多样性 | 第12-16页 |
| 1.2.1 16S r RNA基因和宏基因组测序 | 第12-13页 |
| 1.2.2 多样性定义及度量 | 第13-14页 |
| 1.2.3 国内外研究现状 | 第14-16页 |
| 1.3 论文主要内容及贡献 | 第16-20页 |
| 1.3.1 论文工作内容 | 第16-18页 |
| 1.3.2 论文主要贡献 | 第18-20页 |
| 第2章 测序数据处理流程及微生物多样性分析方法 | 第20-35页 |
| 2.1 本章引论 | 第20-21页 |
| 2.2 16S r RNA基因测序数据处理流程 | 第21-27页 |
| 2.2.1 数据预处理 | 第21-23页 |
| 2.2.2 可操作分类单元划分 | 第23-26页 |
| 2.2.3 物种分类及丰度信息注释 | 第26-27页 |
| 2.3 宏基因组测序数据处理流程 | 第27-29页 |
| 2.3.1 数据预处理 | 第27-28页 |
| 2.3.2 物种分类及丰度信息注释 | 第28-29页 |
| 2.4 物种多样性描述性分析 | 第29-32页 |
| 2.4.1 Alpha和Beta多样性指数 | 第29-31页 |
| 2.4.2 稀疏曲线分析 | 第31页 |
| 2.4.3 主坐标轴分析 | 第31-32页 |
| 2.5 物种群落研究相关性分析 | 第32-35页 |
| 2.5.1 微生物与其他变量相关性 | 第32-34页 |
| 2.5.2 微生物之间相关性 | 第34-35页 |
| 第3章 基于 16S r RNA基因测序的太湖水体微生物研究 | 第35-53页 |
| 3.1 本章引论 | 第35-37页 |
| 3.2 测序数据预处理 | 第37-39页 |
| 3.2.1 双端序列连接 | 第37页 |
| 3.2.2 混合样本分类 | 第37-38页 |
| 3.2.3 序列质量控制 | 第38-39页 |
| 3.3 OTU相关处理和分析 | 第39-40页 |
| 3.3.1 OTU划分 | 第39-40页 |
| 3.3.2 物种丰度及分类信息 | 第40页 |
| 3.4 测序实验可靠性验证 | 第40-42页 |
| 3.5 物种多样性分析 | 第42-47页 |
| 3.5.1 Alpha多样性 | 第42-45页 |
| 3.5.2 Beta多样性 | 第45-47页 |
| 3.6 季节主导微生物 | 第47-50页 |
| 3.7 共出现网络分析 | 第50-52页 |
| 3.8 本章小结 | 第52-53页 |
| 第4章 基于宏基因组测序的人体舌苔微生物研究 | 第53-64页 |
| 4.1 本章引论 | 第53页 |
| 4.2 测序数据处理 | 第53-55页 |
| 4.2.1 数据预处理 | 第53-54页 |
| 4.2.2 物种分类信息获取 | 第54-55页 |
| 4.3 舌苔微生物群落结构分析 | 第55-59页 |
| 4.3.1 样本微生物基本组成 | 第55-56页 |
| 4.3.2 Metatongue物种与HOMD比较 | 第56页 |
| 4.3.3 Metatongue样本与HMP样本比较 | 第56-59页 |
| 4.4 物种多样性分析 | 第59-60页 |
| 4.5 微生物与宿主表型相关分析 | 第60-63页 |
| 4.5.1 假设检验方法 | 第60-61页 |
| 4.5.2 典型对应分析（ CCA） | 第61-63页 |
| 4.6 本章小结 | 第63-64页 |
| 第5章 结论与展望 | 第64-66页 |
| 5.1 论文总结 | 第64-65页 |
| 5.2 研究展望 | 第65-66页 |
| 参考文献 | 第66-73页 |
| 致谢 | 第73-75页 |
| 附录A 相关数据表格 | 第75-77页 |
| 个人简历、在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第77页 |
