| 摘要 | 第4-9页 |
| ABSTRACT | 第9-12页 |
| 引言 | 第15-17页 |
| 第一章 综述 | 第17-26页 |
| 1.1 温度对动植物的影响 | 第17-22页 |
| 1.1.1 温度对植物的影响 | 第17-18页 |
| 1.1.2 温度对脊椎动物的影响 | 第18-22页 |
| 1.2 温度对DNA甲基化的影响 | 第22-24页 |
| 1.2.1 温度对植物DNA甲基化的影响 | 第22页 |
| 1.2.2 温度对脊椎动物DNA甲基化影响 | 第22-24页 |
| 1.3 DNA甲基化生物学功能介绍 | 第24-26页 |
| 第二章 低温驯化对斑马鱼胚胎成纤维ZF4细胞系的影响 | 第26-44页 |
| 2.1 材料与方法 | 第26-30页 |
| 2.1.1 细胞培养与低温处理方法 | 第26页 |
| 2.1.2 DNA抽提 | 第26-27页 |
| 2.1.3 RNA提取 | 第27页 |
| 2.1.4 DNA甲基化测序（MeDIP-seq） | 第27-28页 |
| 2.1.5 生物信息分析 | 第28页 |
| 2.1.6 RT-qPCR | 第28-29页 |
| 2.1.7 MeDIP-qPCR | 第29页 |
| 2.1.8 重亚硫酸盐测序（BSP）验证 | 第29-30页 |
| 2.2 结果 | 第30-42页 |
| 2.2.1 低温驯化后ZF4细胞具有耐低温的表型 | 第30-32页 |
| 2.2.2 寒冷压力可以改变ZF4细胞DNA甲基化模式 | 第32-34页 |
| 2.2.3 在短期低温驯化组DNA甲基化的水平增加 | 第34页 |
| 2.2.4 短期低温驯化后叶酸合成通路发生显著的欠甲基化 | 第34-36页 |
| 2.2.5 差异甲基化区域（DMRs）的基因本体（GO）富集分析 | 第36-37页 |
| 2.2.6 寒冷驯化下，基因启动子区域甲基化的改变与其基因表达的关系 | 第37-40页 |
| 2.2.7 BSP验证MeDIP-seq特定位点的甲基化状态 | 第40-41页 |
| 2.2.8 多种表观调控标记响应低温驯化 | 第41-42页 |
| 2.3 结论 | 第42-44页 |
| 第三章 胚胎发育温度对斑马鱼成鱼肌肉组织中DNA甲基化水平的影响 | 第44-61页 |
| 3.1 实验设计 | 第44页 |
| 3.2 材料与方法 | 第44-48页 |
| 3.2.1 斑马鱼养殖与受精卵处理 | 第44页 |
| 3.2.2 不同温度下孵育的斑马鱼低温耐受能力检测 | 第44-45页 |
| 3.2.3 临界游泳速度测量 | 第45页 |
| 3.2.4 肌肉取样 | 第45页 |
| 3.2.5 WGBS测序文库构建 | 第45-48页 |
| 3.3 生物信息分析流程 | 第48-49页 |
| 3.3.1 预处理 | 第48页 |
| 3.3.2 序列比对 | 第48-49页 |
| 3.3.3 甲基化结果提取 | 第49页 |
| 3.3.4 差异甲基化位点和差异甲基化区域分析 | 第49页 |
| 3.3.5 DMRs功能注释 | 第49页 |
| 3.4 实验结果 | 第49-59页 |
| 3.4.1 不同胚胎发育温度对斑马鱼生存能力的影响 | 第49-51页 |
| 3.4.2 取样与重亚硫酸盐处理 | 第51页 |
| 3.4.3 质控结果 | 第51-52页 |
| 3.4.4 序列比对 | 第52页 |
| 3.4.5 CpG甲基化比率分布和覆盖率统计 | 第52-53页 |
| 3.4.6 相关性分析 | 第53-54页 |
| 3.4.7 DNA甲基化在基因与CpG岛的分布 | 第54-56页 |
| 3.4.8 差异甲基化CpG位点在染色体上的分布 | 第56页 |
| 3.4.9 DMRs分析 | 第56-57页 |
| 3.4.10 DMRs与CpG岛和基因功能域之间的关系 | 第57-58页 |
| 3.4.11 特定基因甲基化发生变化 | 第58-59页 |
| 3.5 讨论 | 第59-61页 |
| 第四章 低温驯化对斑马鱼后代的生存能力产生影响的分子机制 | 第61-77页 |
| 4.1 低温驯化策略 | 第61页 |
| 4.2 低温处理受精卵统计存活率 | 第61-62页 |
| 4.3 RNA与DNA抽提 | 第62页 |
| 4.4 转录组建库 | 第62-63页 |
| 4.5 转录组分析 | 第63页 |
| 4.5.1 GO与KEGG富集分析 | 第63页 |
| 4.5.2 选择性剪切分析 | 第63页 |
| 4.6 结果与分析 | 第63-74页 |
| 4.6.1 对亲本低温驯化可以改变受精卵耐受低温的能力 | 第63-65页 |
| 4.6.2 差异表达基因分析 | 第65-67页 |
| 4.6.3 GO和KEGG分析 | 第67-72页 |
| 4.6.4 选择性剪切结果统计 | 第72-73页 |
| 4.6.5 卵巢中DNA甲基化和组蛋白修饰相关基因发生变化 | 第73-74页 |
| 4.7 讨论 | 第74-77页 |
| 4.7.1 温度驯化和脱驯化 | 第74-75页 |
| 4.7.2 G蛋白偶联受体通路的激活参与受精卵耐受低温的过程 | 第75-76页 |
| 4.7.3 G蛋白偶联受体通过影响Ca2+信号通路响应低温驯化 | 第76页 |
| 4.7.4 低温驯化下表观酶类的变化 | 第76-77页 |
| 第五章 小结 | 第77-78页 |
| 参考文献 | 第78-86页 |
| 博士期间发表文章 | 第86-87页 |
| 致谢 | 第87页 |
