| 中文摘要 | 第10-12页 |
| Abstract | 第12-13页 |
| 第一章 前言 | 第14-41页 |
| 一 鱼类性别决定与分化 | 第14-24页 |
| (一) 鱼类性别决定机制 | 第14-17页 |
| (二) 斑马鱼的性别分化 | 第17-23页 |
| (三) 黄鳝的性逆转 | 第23-24页 |
| 二 miRNA的研究背景 | 第24-34页 |
| (一) miRNA的发现 | 第25-26页 |
| (二) miRNA的生成机制 | 第26-29页 |
| (三) miRNA的调控机制 | 第29-33页 |
| (四) miRNA的高通量检测方法 | 第33-34页 |
| 三 miRNA的生物学功能 | 第34-39页 |
| (一) miRNA与发育 | 第34-35页 |
| (二) miRNA与细胞增殖和调亡 | 第35页 |
| (三) miRNA与癌症 | 第35-36页 |
| (四) miRNA与心血管系统 | 第36页 |
| (五) miRNA与新陈代谢 | 第36-37页 |
| (六) miRNA与生殖 | 第37-39页 |
| 四 本研究的目的与意义 | 第39-41页 |
| 第二章 黄鳝性腺小RNA文库的构建和高通量测序 | 第41-55页 |
| 一 材料与方法 | 第41-45页 |
| (一) 实验动物 | 第41-42页 |
| (二) 主要试剂与耗材 | 第42页 |
| (三) 性腺组织切片 | 第42页 |
| (四) TRIzol法提取总RNA | 第42-43页 |
| (五) RNA质量检测 | 第43页 |
| (六) 性腺小RNA文库的构建 | 第43-44页 |
| (七) 高通量测序 | 第44页 |
| (八) 性腺小RNA的分类注释 | 第44-45页 |
| 三 结果 | 第45-52页 |
| (一) 性腺组织的性别鉴定 | 第45-46页 |
| (二) RNA质量检测 | 第46-47页 |
| (三) 性腺小RNA文库构建流程 | 第47页 |
| (四) 性腺小分子RNA测序结果初步分析 | 第47-52页 |
| 三 讨论 | 第52-55页 |
| (一) 高通量测序能够获得完整的小RNA数据信息 | 第52-53页 |
| (二) miRNA在黄鳝性腺的性逆转时期长度可变 | 第53-55页 |
| 第三章 黄鳝性腺miRNA的鉴定及表达分析 | 第55-82页 |
| 一 材料与方法 | 第55-59页 |
| (一) 主要数据库 | 第55-56页 |
| (二) 序列来源 | 第56页 |
| (三) 保守miRNA的比对和注释 | 第56-57页 |
| (四) Novel miRNA的预测 | 第57-58页 |
| (五) miRNA在三种性腺中的表达分析 | 第58-59页 |
| 二 结果 | 第59-78页 |
| (一) 保守miRNA的鉴定 | 第59-60页 |
| (二) 保守miRNA前体发夹结构的折叠 | 第60-61页 |
| (三) 保守miRNA成熟序列与变异体 | 第61-63页 |
| (四) 保守miRNA在基因组上的排列 | 第63-64页 |
| (五) 保守miRNA基因5p序列占优势 | 第64-65页 |
| (六) 部分保守miRNA基因能够成簇排列 | 第65-67页 |
| (七) 保守miRNA基因家族分类 | 第67-70页 |
| (八) 性腺保守miRNA的差异表达 | 第70-74页 |
| (九) Novel miRNA的鉴定 | 第74-76页 |
| (十) Novel miRNA的差异表达 | 第76-78页 |
| 三 讨论 | 第78-82页 |
| (一) 性腺miRNA以isomiR形式存在以应对不同时期的调控需要 | 第78页 |
| (二) 保守miRNA基因组分布为鱼类基因组复制和重排提供线索 | 第78-79页 |
| (三) miRNA对性逆转时期的组织重构具有重要意义 | 第79-82页 |
| 第四章 斑马鱼及黄鳝性腺miRNA的比较 | 第82-98页 |
| 一 材料与方法 | 第82-86页 |
| (一) 动物组织 | 第82页 |
| (二) 数据来源 | 第82-83页 |
| (三) TRIzol法提取总RNA | 第83页 |
| (四) Microarray | 第83页 |
| (五) miRNA反转录 | 第83页 |
| (六) 实时荧光定量PCR | 第83-84页 |
| (七）斑马鱼和黄鳝性腺miRNA的比较 | 第84页 |
| (八) 锁核苷酸(LNA)探针组织原位杂交 | 第84-86页 |
| 二 结果 | 第86-95页 |
| (一) 斑马鱼性腺miRNA的鉴定和差异表达分析 | 第86-88页 |
| (二) 斑马鱼性腺高丰度miRNA | 第88-89页 |
| (三) 斑马鱼雌性性腺偏好性miRNA的荧光定量PCR | 第89页 |
| (四) 黄鳝和斑马鱼性腺miRNA种类的比较 | 第89-91页 |
| (五) 性腺miRNA的表达差异比较 | 第91-93页 |
| (六) 性腺保守miRNA的验证 | 第93-95页 |
| 三 讨论 | 第95-98页 |
| (一) 一系列miRNA参与了性腺发生和性别分化 | 第95-96页 |
| (二) 高丰度miRNA对个体发育具有重要意义 | 第96-98页 |
| 第五章 性腺差异表达的miR-17-92基因簇分析 | 第98-126页 |
| 一 材料与方法 | 第98-107页 |
| (一) 成体组织和胚胎收集 | 第98-99页 |
| (二) 主要试剂与仪器 | 第99页 |
| (三) 小RNA的提取 | 第99-100页 |
| (四) miRNA反转录 | 第100页 |
| (五) 荧光实时定量PCR | 第100页 |
| (六) 组织原位杂交 | 第100页 |
| (七) 整胚原位杂交 | 第100-102页 |
| (八) 靶位点预测 | 第102页 |
| (九) 载体构建与荧光素酶实验 | 第102-107页 |
| 二 结果 | 第107-122页 |
| (一) miR-17-92基因簇及同源簇的结构分析 | 第107-110页 |
| (二) miR-17-92基因簇的序列分析 | 第110-112页 |
| (三) miR-17-92基因簇在成体组织中广谱表达 | 第112-114页 |
| (四) miR-17-92基因簇在斑马鱼胚胎发育时期表达逐渐升高 | 第114-115页 |
| (五) 组织原位杂交验证miR-17a在性腺中的表达情况 | 第115-116页 |
| (六) 整胚原位杂交验证miR-17a在胚胎期的表达情况 | 第116页 |
| (七) miR-17-92基因簇的靶位点预测及GO分类 | 第116-118页 |
| (八) miRl7a/20a和miR19a/19b靶向调控Wnt4a和Dmrt1 | 第118-122页 |
| 三 讨论 | 第122-126页 |
| (一) miR-17-92基因簇进化机制的讨论 | 第122-123页 |
| (三) miR-17-92基因簇对鱼类性别决定具有重要意义 | 第123-126页 |
| 研究总结 | 第126-128页 |
| 在读期间发表论文 | 第128-129页 |
| 参考文献 | 第129-139页 |
| 致谢 | 第139-140页 |
| 附件 | 第140-152页 |
