| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第一章 文献综述 | 第10-31页 |
| 1.1 抗菌药物的现状 | 第10-11页 |
| 1.2 生物体内代谢途径 | 第11-12页 |
| 1.3 生物体内饱和脂肪酸合成途径及相关靶点 | 第12-17页 |
| 1.3.1 人和细菌脂肪酸合成途径的异同 | 第12-13页 |
| 1.3.2 细菌脂肪酸合成途径 | 第13-17页 |
| 1.4 烯脂酰-ACP还原酶（FabI）的结构和催化反应机理 | 第17-18页 |
| 1.5 烯脂酰-ACP还原酶（FabI）抑制剂 | 第18-20页 |
| 1.5.1 三氯生 | 第18-19页 |
| 1.5.2 Diazoborine | 第19页 |
| 1.5.3 异烟肼和乙硫异烟胺 | 第19-20页 |
| 1.6 靶向药物设计 | 第20-22页 |
| 1.6.1 靶向给药和传统给药的区别 | 第21页 |
| 1.6.2 靶向药物设计的应用 | 第21-22页 |
| 1.7 计算机辅助药物设计 | 第22-29页 |
| 1.7.1 生物化学在靶点的识别和确认中的应用 | 第24页 |
| 1.7.2 基于靶点结构的药物设计 | 第24-26页 |
| 1.7.2.1 结合位点的预测或确定 | 第25页 |
| 1.7.2.2 分子对接 | 第25-26页 |
| 1.7.2.3 柔性和溶剂化效应 | 第26页 |
| 1.7.3 基于配体结构的药物设计 | 第26-27页 |
| 1.7.4 分子动力学模拟 | 第27-29页 |
| 1.8 研究的创新点 | 第29-31页 |
| 第二章 分子动力学模拟三氯生类似物与EcFabI抑制剂的作用机制研究 | 第31-46页 |
| 2.1 分子作用机制模拟实验 | 第31-33页 |
| 2.1.1 晶体结构的获得 | 第31页 |
| 2.1.2 分子对接模拟方法 | 第31页 |
| 2.1.3 分子动力学模拟 | 第31-32页 |
| 2.1.4 结合自由能计算 | 第32-33页 |
| 2.2 结果分析与讨论 | 第33-45页 |
| 2.2.1 对接方法的可行性 | 第33页 |
| 2.2.2 化合物的结构和性质 | 第33-36页 |
| 2.2.3 动力学平衡的稳定性 | 第36-37页 |
| 2.2.4 RMSF及活性口袋Loop区残基变化 | 第37-40页 |
| 2.2.5 三氯生类似物与FabI-NAD~+复合物形成氢键及聚类分析 | 第40-43页 |
| 2.2.6 MM-PBSA结合自由能分析 | 第43-45页 |
| 2.3 小结 | 第45-46页 |
| 第三章 分子动力学模拟三氯生对SaFabI作用机制研究 | 第46-51页 |
| 3.1 理论及方法 | 第46-47页 |
| 3.1.1 蛋白模型准备 | 第46页 |
| 3.1.2 分子动力学模拟 | 第46-47页 |
| 3.2 结论与讨论 | 第47-50页 |
| 3.2.1 复合物体系的平衡 | 第47-48页 |
| 3.2.2 活性口袋loop区构象分析 | 第48-49页 |
| 3.2.3 聚类分析及各活性区域残基分析 | 第49-50页 |
| 3.3 小结 | 第50-51页 |
| 第四章 三氯生对EaFabI和SaFabI作用机制差异研究 | 第51-55页 |
| 4.1 实验方法 | 第51页 |
| 4.1.1 运用BLAST对EcFabI和SaFabI二级结构序列对比 | 第51页 |
| 4.1.2 分子动力学模拟 | 第51页 |
| 4.2 实验结果与讨论 | 第51-54页 |
| 4.2.1 大肠杆菌和金黄色葡萄球菌FabI酶二级结构序列对比 | 第51-52页 |
| 4.2.2 配体与FabI结合过程中关键Loop区氨基酸残基构想变化 | 第52-53页 |
| 4.2.3 辅酶因子特异性引起的差异 | 第53-54页 |
| 4.3 小结 | 第54-55页 |
| 第五章 结论 | 第55-57页 |
| 参考文献 | 第57-70页 |
| 发表论文和科研情况说明 | 第70-71页 |
| 致谢 | 第71-72页 |
