| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-9页 |
| 第1章 绪论 | 第9-16页 |
| ·研究背景及意义 | 第9-11页 |
| ·国内外研究现状 | 第11-14页 |
| ·测序技术发展过程 | 第12-13页 |
| ·序列拼接难点 | 第13页 |
| ·拼接技术现状 | 第13-14页 |
| ·论文的研究内容及组织结构 | 第14-16页 |
| 第2章 基因拼接技术分析 | 第16-23页 |
| ·基因拼接问题的数学描述 | 第16-17页 |
| ·基因拼接问题的图论模型 | 第17-20页 |
| ·贪心策略模型 | 第17页 |
| ·OLC 图模型 | 第17-18页 |
| ·De Bruijn 图模型 | 第18-20页 |
| ·典型序列拼接算法分析 | 第20-22页 |
| ·ABySS 算法 | 第20页 |
| ·PASHA 算法 | 第20-21页 |
| ·Contral 算法 | 第21页 |
| ·YAGA 算法 | 第21-22页 |
| ·本章小结 | 第22-23页 |
| 第3章 基于 De Bruijn 图的基因拼接算法设计 | 第23-33页 |
| ·双向 De Bruijn 图结构 | 第23-29页 |
| ·顶点定义 | 第23-25页 |
| ·边定义 | 第25-28页 |
| ·图形结构的编码表示 | 第28-29页 |
| ·双向 De Bruijn 图形遍历 | 第29-31页 |
| ·拼接过程描述 | 第31-32页 |
| ·本章小结 | 第32-33页 |
| 第4章 基于 De Bruijn 图的拼接算法实现 | 第33-46页 |
| ·并行编程相关技术 | 第33-34页 |
| ·并行编程模型 | 第33页 |
| ·MPI 相关简介 | 第33-34页 |
| ·序列拼接环境 | 第34页 |
| ·基于 De Bruijn 图的基因拼接算法并行化实现 | 第34-45页 |
| ·算法的总体设计 | 第34-35页 |
| ·顶点生成和分布 | 第35-37页 |
| ·双向 De Bruijn 图的并行构建 | 第37-41页 |
| ·双向 De Bruijn 图的并行遍历和化简 | 第41-45页 |
| ·本章小结 | 第45-46页 |
| 第5章 算法性能测试及结果分析 | 第46-54页 |
| ·实验数据 | 第46-47页 |
| ·测试内容 | 第47页 |
| ·实验结果与分析 | 第47-53页 |
| ·构建双向 De Bruijn 图测试 | 第47-49页 |
| ·化简双向 De Bruijn 图测试 | 第49-50页 |
| ·系统总体测试与分析 | 第50-53页 |
| ·本章小结 | 第53-54页 |
| 第6章 总结与展望 | 第54-56页 |
| ·总结 | 第54页 |
| ·展望 | 第54-56页 |
| 致谢 | 第56-57页 |
| 参考文献 | 第57-60页 |
