| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-11页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-29页 |
| 引言 | 第11-14页 |
| ·微生物基因组学概念 | 第14-17页 |
| ·基因组学基本概念 | 第14页 |
| ·比较基因组学 | 第14-15页 |
| ·泛基因组学 | 第15-17页 |
| ·微生物基因组学概况 | 第17-24页 |
| ·微生物基因组学的历史 | 第17-18页 |
| ·微生物基因组学的现状 | 第18-19页 |
| ·本文所用主要软件的原理 | 第19-23页 |
| ·Solexa序列拼接组装 | 第19页 |
| ·基因组共线性分析 | 第19-20页 |
| ·基于序列提取ORF | 第20-21页 |
| ·基因组注释与蛋白质功能预测 | 第21-22页 |
| ·基因组同源比对 | 第22-23页 |
| ·GO分类 | 第23页 |
| ·微生物基因组学的应用 | 第23-24页 |
| ·大肠杆菌基因组学 | 第24-27页 |
| ·大肠杆菌的研究概况 | 第24-25页 |
| ·微生物的进化机制 | 第25-26页 |
| ·大肠杆菌泛基因组与遗传多样性 | 第26-27页 |
| ·本论文的研究内容 | 第27-28页 |
| ·本研究的特色之处 | 第28-29页 |
| 第二章 材料与方法 | 第29-39页 |
| ·材料 | 第29-32页 |
| ·测序用菌株 | 第29页 |
| ·Solexa测序所用材料 | 第29-32页 |
| ·工具酶 | 第29页 |
| ·试剂盒 | 第29-30页 |
| ·主要化学试剂 | 第30页 |
| ·主要仪器与设备 | 第30页 |
| ·溶液和培养基 | 第30-32页 |
| ·试验方法 | 第32-37页 |
| ·基因组测序 | 第33-37页 |
| ·提取基因组DNA | 第33页 |
| ·基因组DNA片段化 | 第33-34页 |
| ·片段末端补平 | 第34页 |
| ·片段3’端加A | 第34-35页 |
| ·连接接头 | 第35页 |
| ·PCR扩增 | 第35-36页 |
| ·文库检测 | 第36页 |
| ·基因组测序 | 第36-37页 |
| ·数据分析 | 第37-39页 |
| ·Solexa序列拼接组装 | 第37页 |
| ·基因组共线性分析 | 第37页 |
| ·基于序列提取ORF | 第37页 |
| ·基因组注释与蛋白质功能预测 | 第37-38页 |
| ·基因组同源比对 | 第38页 |
| ·GO分类 | 第38页 |
| ·基因组圈图 | 第38-39页 |
| 第三章 结果 | 第39-53页 |
| ·测序株基因组的基本特征 | 第39-40页 |
| ·基因组共线性分析 | 第40-41页 |
| ·E. coli H001和E. coli V001基因组圈图 | 第41-44页 |
| ·E. coli基因组的GO分析结果 | 第44-47页 |
| ·KEGG分析 | 第47-53页 |
| 第四章 讨论 | 第53-55页 |
| 参考文献 | 第55-60页 |
| 致谢 | 第60页 |