| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-14页 |
| 第一章 引言 | 第14-34页 |
| 第一节 Toll样受体 | 第14-20页 |
| ·模式识别理论和Toll样受体的发现 | 第14-16页 |
| ·Toll样受体及其配体识别 | 第16-20页 |
| 第二节 Toll样受体在细胞内的信号传导 | 第20-25页 |
| ·Toll样受体的胞内适配分子 | 第20-22页 |
| ·MyD88依赖的信号通路 | 第22-24页 |
| ·TRIF依赖的信号通路 | 第24-25页 |
| 第三节 桥联适配分子Mal的研究现状 | 第25-28页 |
| ·Mal在TLRs信号通路中的功能 | 第25-26页 |
| ·Mal和疾病的关系 | 第26页 |
| ·Mal在细胞内的调控和修饰 | 第26-28页 |
| 第四节 TIR三维结构的研究现状 | 第28-30页 |
| 第五节 本课题研究的综述 | 第30-34页 |
| 第二章 Mal的生物信息学分析 | 第34-40页 |
| 第一节 Mal的一级结构分析 | 第34-37页 |
| ·Mal的序列同源结构 | 第34-35页 |
| ·种属间Mal的序列进化分析 | 第35-36页 |
| ·Mal的TIR结构域的序列同源分析 | 第36-37页 |
| 第二节 Mal的二级结构预测 | 第37页 |
| 第三节 Mal-TIR结构域的分析和预测 | 第37-39页 |
| 第四节 Mal-TIR的结构域边界确定和生化性质分析 | 第39-40页 |
| 第三章 Mal-TIR的克隆、表达、纯化和结晶 | 第40-69页 |
| 第一节 实验材料 | 第40-45页 |
| ·基因 | 第40页 |
| ·载体 | 第40页 |
| ·大肠杆菌菌株 | 第40-41页 |
| ·常用试剂、工具及耗材 | 第41-42页 |
| ·仪器及设备 | 第42-43页 |
| ·试剂和溶液 | 第43-45页 |
| 第二节 实验方法 | 第45-60页 |
| ·cDNA文库制备 | 第45-47页 |
| ·质粒构建 | 第47-50页 |
| ·目的基因的定点突变PCR | 第50-52页 |
| ·目的蛋白的可溶性表达试验 | 第52-53页 |
| ·目的蛋白的大量表达 | 第53-54页 |
| ·融合蛋白的大量纯化 | 第54-55页 |
| ·晶体生长 | 第55-60页 |
| 第三节 Mal-TIR的分子克隆及表达纯化 | 第60-63页 |
| ·Mal-TIR的质粒构建 | 第60页 |
| ·Mal-TIR蛋白的大规模表达试验 | 第60页 |
| ·Mal-TIR的蛋白纯化 | 第60-63页 |
| 第四节 Mal-TIR的晶体生长和优化 | 第63-69页 |
| ·Mal-TIR结晶条件的初步筛选 | 第63-64页 |
| ·mMal-TIR的晶体生长和优化 | 第64-66页 |
| ·hMal-TIR的晶体生长和优化 | 第66-67页 |
| ·hMal-TIR D96N和S180L突变体的晶体生长和优化 | 第67-69页 |
| 第四章 Mal-TIR的晶体结构解析 | 第69-106页 |
| 第一节 生物大分子的X射线晶体衍射 | 第69-79页 |
| ·晶体的X射线衍射 | 第70-71页 |
| ·晶体的正常散射和反常散射 | 第71-72页 |
| ·晶体结构和衍射花样的关系 | 第72-73页 |
| ·晶体结构的相位问题及其解决方法 | 第73-79页 |
| ·X射线衍射法解析晶体结构的过程 | 第79页 |
| 第二节 Mal-TIR的X射线衍射数据收集和处理 | 第79-86页 |
| ·X射线光源 | 第79-80页 |
| ·防冻剂选择和晶体衍射能力测试 | 第80-81页 |
| ·晶体衍射的初步分析 | 第81-83页 |
| ·hMal-TIR晶体衍射数据收集和处理 | 第83-86页 |
| 第三节 hMal-TIR晶体衍射相位的确定 | 第86-92页 |
| ·用SHELX C程序分析和准备衍射数据 | 第86-88页 |
| ·用SHELX D程序计算Se原子的位置 | 第88-90页 |
| ·用SHELX E程序解析hMal-TIR的相位 | 第90-92页 |
| 第四节 hMal-TIR结构的模型搭建和精修 | 第92-102页 |
| ·蛋白质模型的搭建和精修的基础 | 第92-95页 |
| ·hMal-TIR初始模型的搭建 | 第95-97页 |
| ·hMal-TIR结构的模型精修 | 第97-98页 |
| ·hMal-TIR模型的验证 | 第98-102页 |
| 第五节 hMal-TIR突变体D96N和S180L的结构解析 | 第102-106页 |
| ·hMal-TIR突变体晶体的数据收集和处理 | 第102-104页 |
| ·hMal-TIR突变体的晶体结构解析 | 第104-106页 |
| 第五章 Mal-TIR的结构分析 | 第106-115页 |
| 第一节 Mal-TIR的整体结构 | 第106-107页 |
| 第二节 Mal-TIR分子在晶体中的堆积方式 | 第107-108页 |
| 第三节 Mal-TIR的结构特征 | 第108-115页 |
| ·Mal-TIR的同源结构比较 | 第109-112页 |
| ·Mal-TIR的结构和功能的关系 | 第112-115页 |
| 第六章 Mal在TLR4信号通路中基于结构的功能研究 | 第115-142页 |
| 第一节 实验材料 | 第115-118页 |
| ·基因和细胞 | 第115页 |
| ·载体 | 第115-116页 |
| ·试剂、耗材和仪器 | 第116-117页 |
| ·溶液配制 | 第117-118页 |
| 第二节 实验方法 | 第118-124页 |
| ·细胞培养 | 第118-119页 |
| ·质粒构建 | 第119-120页 |
| ·蛋白表达和纯化 | 第120-121页 |
| ·NF-κB激活的双荧光素酶实验 | 第121-123页 |
| ·GST pull-down实验 | 第123页 |
| ·Western blot实验 | 第123-124页 |
| 第三节 Mal-TIR结构表面的功能区域 | 第124-129页 |
| ·检测Mal-TIR上功能位点的实验设计 | 第124-127页 |
| ·Mal-TIR结构表面的功能区域 | 第127-129页 |
| 第四节 Mal与MyD88和TLR4的相互作用 | 第129-132页 |
| ·Mal-TIR AB loop的重要作用 | 第129-130页 |
| ·Mal通过AB loop结合MyD88和TLR4 | 第130-132页 |
| 第五节 Mal-TIR的二聚体界面分析 | 第132-136页 |
| ·Mal-TIR在生理状态下的二聚体界面 | 第132-135页 |
| ·比较Mal-TIR和其他TIR的二聚化方式 | 第135-136页 |
| 第六节 Mal分子疾病相关的突变体 | 第136-138页 |
| 第七节 研究结果讨论和课题展望 | 第138-142页 |
| ·结果讨论 | 第138-140页 |
| ·课题展望 | 第140-142页 |
| 第七章 X射线晶体学在其他研究课题的应用 | 第142-149页 |
| 第一节 Elongator亚复合物Elp4-6的结构基础研究 | 第142-143页 |
| 第二节 线虫Fidgetin-like 1的AAA结构域的结构基础研究 | 第143-145页 |
| 第三节 两个长晶胞蛋白晶体的结构基础研究 | 第145-149页 |
| 第八章 结论 | 第149-150页 |
| 参考文献 | 第150-158页 |
| 致谢 | 第158-159页 |
| 个人简历 | 第159页 |
