| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-11页 |
| 第一章 绪论 | 第11-15页 |
| 第二章 理论和计算方法 | 第15-37页 |
| §2.1 Born-Oppenheimer 近似 | 第15-16页 |
| §2.2 力场 | 第16-19页 |
| §2.2.1 力场的组成和参数化 | 第16-17页 |
| §2.2.2 力场的能量表示 | 第17-18页 |
| §2.2.3 常用力场模型 | 第18-19页 |
| §2.3 分子力学 | 第19-22页 |
| §2.3.1 优化概念 | 第20页 |
| §2.3.2 优化算法 | 第20-21页 |
| §2.3.3 优化时需要注意的问题 | 第21-22页 |
| §2.4 分子动力学 | 第22-34页 |
| §2.4.1 分子动力学基本原理 | 第22-23页 |
| §2.4.2 积分算法 | 第23-25页 |
| §2.4.3 长程相互作用 | 第25-26页 |
| §2.4.4 周期化边界条件 | 第26-27页 |
| §2.4.5 分子动力学模拟（MD）的系综 | 第27-32页 |
| §2.4.6 分子动力学模拟（MD）的初始化 | 第32-33页 |
| §2.4.7 分子动力学模拟（MD）的基本步骤 | 第33-34页 |
| §2.5 主成分分析 | 第34页 |
| §2.6 提高效率的方法 | 第34-35页 |
| §2.7 分子动力学模拟的注意事项 | 第35页 |
| §2.8 粗粒化模拟方法 | 第35-37页 |
| 第三章 分子模拟研究来自南方居所蚊虫气味结合蛋白的配体释放机理 | 第37-61页 |
| §3.1 引言 | 第37-38页 |
| §3.2 理论方法和模型 | 第38-41页 |
| §3.2.1 分子模型 | 第38-40页 |
| §3.2.2 分子动力学模拟 | 第40页 |
| §3.2.3 主成分分析 | 第40页 |
| §3.2.4 正则模式分析 | 第40页 |
| §3.2.5 本质动力学采样 | 第40-41页 |
| §3.3 结果和讨论 | 第41-59页 |
| §3.3.1 常规分子动力学模拟 | 第41-47页 |
| §3.3.2 本质动力学采样模拟 | 第47-59页 |
| §3.4 结论 | 第59-61页 |
| 第四章 分子模拟研究新制癌菌素的发色团分子的释放机理 | 第61-75页 |
| §4.1 引言： | 第61-64页 |
| §4.2 理论方法和模型 | 第64-65页 |
| §4.2.1 分子模型 | 第64页 |
| §4.2.2 分子动力学模拟 | 第64页 |
| §4.2.3 主成分分析 | 第64-65页 |
| §4.2.4 本质动力学采样 | 第65页 |
| §4.3 结果和讨论 | 第65-73页 |
| §4.3.1 常规分子动力学模拟 | 第65-67页 |
| §4.3.2 主成分分析 | 第67-68页 |
| §4.3.3 本质动力学采样模拟 | 第68-70页 |
| §4.3.4 讨论 | 第70-73页 |
| §4.4 结论 | 第73-75页 |
| 第五章 多尺度分子模拟研究来自于无类囊体蓝藻的五聚体门控离子通道门控机理 | 第75-89页 |
| §5.1 引言 | 第75-76页 |
| §5.2 理论和方法 | 第76-77页 |
| §5.2.1 模型建立和模拟方法 | 第76-77页 |
| §5.2.2 粗粒化与原子级间结构的转化 | 第77页 |
| §5.3 结果与讨论 | 第77-88页 |
| §5.3.1 GLIC 五聚体门控离子通道孔的关闭 | 第77-81页 |
| §5.3.2 模拟过程中的整体运动 | 第81-82页 |
| §5.3.3 M2 螺旋在整个模拟过程中的整体运动 | 第82-86页 |
| §5.3.4 可能的门控机理 | 第86-88页 |
| §5.4 结论 | 第88-89页 |
| 参考文献 | 第89-105页 |
| 个人简介及攻读学位期间发表论文 | 第105-107页 |
| 致谢 | 第107页 |
