| 中文摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-15页 |
| 第一章 引言 | 第15-31页 |
| §1.1 生物信息学概述 | 第15-20页 |
| §1.2 蛋白质结构预测 | 第20-23页 |
| §1.2.1 蛋白质组学和生物信息学 | 第20页 |
| §1.2.2 结构预测与模拟 | 第20-23页 |
| §1.3 酶的概述 | 第23-28页 |
| §1.3.1 酶的概念、组成及特点 | 第23-24页 |
| §1.3.2 酶的活性中心 | 第24-26页 |
| §1.3.3 酶与生活的关系 | 第26-28页 |
| §1.4 研究目的及内容 | 第28-31页 |
| 第二章 理论基础与计算方法 | 第31-63页 |
| §2.1 量子化学 | 第31-45页 |
| §2.1.1 定态 Shr dinger 方程 | 第32页 |
| §2.1.2 分子轨道法在物理模型上的三个基本近似 | 第32-37页 |
| §2.1.3 密度泛函理论(DFT) | 第37-44页 |
| §2.1.4 振动频率的计算 | 第44-45页 |
| §2.2 计算方法 | 第45-49页 |
| §2.2.1 量子化学方法 | 第45-47页 |
| §2.2.2 量子力学/分子力学方法(QM/MM methods) | 第47-49页 |
| §2.3 分子力学与分子动力学 | 第49-63页 |
| §2.3.1 分子力场 | 第49-54页 |
| §2.3.2 分子力学 | 第54-56页 |
| §2.3.3 分子动力学 | 第56-63页 |
| 第三章 谷胱甘肽硫转移酶家族几种等位基因蛋白酶的分子对接及分子动力学模拟研究 | 第63-93页 |
| §3.1 人类谷胱甘肽硫转移酶家族等位基因蛋白 B 与抑制剂利尿酸 EA 及其共轭物的作用模型的理论研究 | 第63-73页 |
| §3.1.1 引言 | 第63-64页 |
| §3.1.2 理论方法和步骤 | 第64-66页 |
| §3.1.3 结果与讨论 | 第66-72页 |
| §3.1.4 本节小结 | 第72-73页 |
| §3.2 几类常见配体与人类谷胱甘肽硫转移酶家族等位基因蛋白 D 的分子对接和作用模型的研究 | 第73-93页 |
| §3.2.1 引言 | 第73-75页 |
| §3.2.2 理论方法和步骤 | 第75-77页 |
| §3.2.3 结果与讨论 | 第77-91页 |
| §3.2.4 本节小结 | 第91-93页 |
| 第四章 人类犬尿氨酸转氨酶 Ⅲ（HKAT3）与底物及抑制剂相互作用的分子模拟 | 第93-123页 |
| §4.1 人类犬尿氨酸转氨酶 Ⅲ 的模建与抑制剂作用模型的理论研究 | 第93-108页 |
| §4.1.1 引言 | 第93-95页 |
| §4.1.2 理论方法和步骤 | 第95-97页 |
| §4.1.3 结果与讨论 | 第97-107页 |
| §4.1.4 本节小结 | 第107-108页 |
| §4.2 人类犬尿氨酸转氨酶 Ⅲ(HKAT3)在犬尿素(KYN)代谢途径中的分子动力学模拟研究 | 第108-123页 |
| §4.2.1 引言 | 第108-109页 |
| §4.2.2 理论方法和步骤 | 第109-110页 |
| §4.2.3 结果与讨论 | 第110-121页 |
| §4.2.4 本节小结 | 第121-123页 |
| 第五章 钾离子通道 KCNQ1/KCNE1 对接模型的搭建及二者相互作用的分子动力学模拟研究 | 第123-145页 |
| §5.1 引言 | 第123-125页 |
| §5.2 理论方法和步骤 | 第125-128页 |
| §5.2.1 KCNQ1 蛋白的同源模建 | 第125-126页 |
| §5.2.2 对 KCNE1 的 NMR 结构的优化 | 第126页 |
| §5.2.3 KCNE1 和 KCNQ1 的布朗尼动力学（BD）分子对接 | 第126-128页 |
| §5.2.4 分子动力学模拟 | 第128页 |
| §5.3 结果与讨论 | 第128-144页 |
| §5.3.1 打开状态下的 KCNQ1 通道的模建 | 第128-131页 |
| §5.3.2 对辅基 KCNE1 的 NMR 结构修饰 | 第131-133页 |
| §5.3.3 辅基 KCNE1 的跨膜螺旋区域与通道蛋白 KCNQ1 模建模型的对接 | 第133-134页 |
| §5.3.4 辅基 KCNE1 的跨 N 端区域与复合物(Q1)4/(E1-TMD)的对接 | 第134-136页 |
| §5.3.5 相关电生理实验数据 | 第136-138页 |
| §5.3.6 分子动力学模拟中 KCNQ1/KCNE1 的相互作用的分析 | 第138-143页 |
| §5.3.7 与已有的 Q1/E1 对接模型的比对和技术考量 | 第143-144页 |
| §5.4 本章小结 | 第144-145页 |
| 参考文献 | 第145-183页 |
| 第一章 参考文献 | 第145-153页 |
| 第二章 参考文献 | 第153-161页 |
| 第三章 参考文献 | 第161-169页 |
| 第四章 参考文献 | 第169-176页 |
| 第五章 参考文献 | 第176-183页 |
| 攻读博士学位期间发表和完成的论文 | 第183-185页 |
| 致谢 | 第185页 |
