| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-10页 |
| 1 绪言 | 第10-18页 |
| ·氨基酸 | 第10-12页 |
| ·氨基酸结构 | 第10-11页 |
| ·氨基酸的聚合 | 第11页 |
| ·氨基酸的分类 | 第11-12页 |
| ·蛋白质结构 | 第12-14页 |
| ·蛋白质折叠问题 | 第14-16页 |
| ·本论文的基本结构 | 第16-18页 |
| 2 多肽折叠模拟中的 Directed Essential Dynamics 方法 | 第18-33页 |
| ·前言 | 第18-19页 |
| ·Directed Essential Dynamics 方法 | 第19-22页 |
| ·DED 算法检验及S 肽折叠行为分析 | 第22-32页 |
| ·本章小节 | 第32-33页 |
| 3 β-发卡折叠机制研究 | 第33-71页 |
| ·前言 | 第33-34页 |
| ·隐含水模型介绍 | 第34-35页 |
| ·人工设计小 β 发卡的折叠过程 | 第35-52页 |
| ·模拟策略 | 第35-36页 |
| ·小发卡折叠分析 | 第36-51页 |
| ·总结 | 第51-52页 |
| ·发卡 trpzip2 的折叠机制 | 第52-68页 |
| ·模拟对象和模拟策略 | 第53-54页 |
| ·Trpzip2 发卡折叠分析 | 第54-67页 |
| ·结论 | 第67-68页 |
| ·G 蛋白C 端发卡的折叠分析 | 第68-70页 |
| ·本章小节 | 第70-71页 |
| 4 蛋白质结构内部相互作用网络 | 第71-94页 |
| ·前言 | 第71-73页 |
| ·全原子力场接触能 | 第73-77页 |
| ·蛋白质热稳定性分析 | 第77-83页 |
| ·蛋白质热稳定性介绍 | 第77-78页 |
| ·接触能量与蛋白质热稳定性的关系 | 第78-83页 |
| ·蛋白质中关键氨基酸分析 | 第83-93页 |
| ·前沿 | 第83-84页 |
| ·蛋白质对象 | 第84-87页 |
| ·确定蛋白质中的关键氨基酸 | 第87-93页 |
| ·本章小节 | 第93-94页 |
| 5 总结与展望 | 第94-96页 |
| 致谢 | 第96-97页 |
| 参考文献 | 第97-112页 |
| 附录 攻读学位期间发表和待发表论文目录 | 第112页 |