| 第一章 绪论 | 第1-43页 |
| 1.植物功能基因组学研究进展 | 第14-19页 |
| ·基因组学的概念 | 第14-15页 |
| ·植物功能基因组学概述 | 第15页 |
| ·植物功能基因组学主要研究内容 | 第15-16页 |
| ·植物功能基因组学研究现状与发展趋势 | 第16页 |
| ·植物功能基因组学研究技术与方法 | 第16-18页 |
| ·小麦基因组学研究现状 | 第18-19页 |
| 2.EST技术研究进展 | 第19-21页 |
| ·EST的概念 | 第19-20页 |
| ·EST的应用 | 第20-21页 |
| ·用于基因表达分析和新基因的发掘 | 第20页 |
| ·基因组作图 | 第20页 |
| ·基因表达差异的研究 | 第20-21页 |
| ·用于制备DNA芯片 | 第21页 |
| ·寻找其它序列特征 | 第21页 |
| ·重要农作物EST研究进展 | 第21页 |
| 3 全长cDNA与全长cDNA文库的构建 | 第21-34页 |
| ·普通cDNA文库 | 第22页 |
| ·差减文库 | 第22-24页 |
| ·差减文库的原理 | 第22-23页 |
| ·差减cDNA文库的构建方法 | 第23-24页 |
| ·均一化cDNA文库 | 第24页 |
| ·全长cDNA文库 | 第24-34页 |
| ·全长cDNA文库的特点 | 第25页 |
| ·构建全长cDNA文库的方法及原理 | 第25-32页 |
| ·重要生物全长cDNA克隆与测序研究进展 | 第32-34页 |
| 4 生物信息学研究进展 | 第34-36页 |
| ·生物信息学产生背景 | 第34页 |
| ·生物信息学概念 | 第34页 |
| ·生物信息学研究内容 | 第34-35页 |
| ·生物信息学的应用 | 第35-36页 |
| ·序列对比 | 第35页 |
| ·新基因的发现和鉴定 | 第35页 |
| ·基因组序列信息的提取和分析 | 第35-36页 |
| ·蛋白质结构和功能的预测 | 第36页 |
| ·分子进化研究 | 第36页 |
| ·利用生物信息学软件寻找候选分子标记 | 第36页 |
| ·电子拼接 | 第36页 |
| 5 密码子使用偏爱性研究进展 | 第36-37页 |
| 6 普通小麦的分类、起源与多倍体特性 | 第37-41页 |
| ·小麦的分类 | 第37-38页 |
| ·普通小麦的基因组起源 | 第38-39页 |
| ·小麦基因组起源研究方法 | 第39页 |
| ·小麦基因组起源研究的对象 | 第39-40页 |
| ·小麦的多倍体特性 | 第40-41页 |
| 7 实验设计 | 第41-43页 |
| ·立项背景 | 第41页 |
| ·小麦的起源与演化 | 第41页 |
| ·大批量全长cDNA克隆是功能基因组学研究的重要战略资源 | 第41页 |
| ·研究目的与实验内容 | 第41-42页 |
| ·技术路线 | 第42-43页 |
| 第二章 小麦全长cDNA文库构建 | 第43-67页 |
| 1 材料与方法 | 第43-59页 |
| ·试验材料 | 第43-46页 |
| ·文库构建所用的小麦材料 | 第43-45页 |
| ·化学试剂、酶类以及试剂盒 | 第45页 |
| ·引物 | 第45-46页 |
| ·试验方法 | 第46-59页 |
| ·总RNA提取 | 第46页 |
| ·mRNA分离纯化 | 第46-47页 |
| ·第一链cDNA合成 | 第47-49页 |
| ·生物素标记 | 第49-50页 |
| ·全长cDNA的捕获 | 第50-52页 |
| ·末端转移酶加poly(G) | 第52页 |
| ·第二链合成 | 第52-53页 |
| ·BsaⅠ酶切 | 第53页 |
| ·cDNA纯化与分级 | 第53-54页 |
| ·连接 | 第54页 |
| ·包装 | 第54-55页 |
| ·原始文库滴度检测 | 第55页 |
| ·原始文库的扩增 | 第55-56页 |
| ·噬粒环化 | 第56页 |
| ·cDNA文库的单克隆保存 | 第56页 |
| ·质粒文库的复制 | 第56页 |
| ·质粒提取(96孔培养板) | 第56-57页 |
| ·测序 | 第57-58页 |
| ·全长cDNA判别 | 第58-59页 |
| 2 结果分析 | 第59-63页 |
| ·全长cDNA文库构建结果 | 第59-63页 |
| ·总RNA提取及mRNA的分离纯化 | 第59页 |
| ·cDNA文库滴度检测及库容量计算 | 第59-61页 |
| ·插入片段检测 | 第61-62页 |
| ·扩增文库的滴度检测 | 第62页 |
| ·ABI 3730 XL DNA Analyzer测序体系确定 | 第62-63页 |
| 3 讨论 | 第63-66页 |
| ·mRNA质量是构建高质量全长cDNA文库的基础 | 第63页 |
| ·关于全长库构建方法的选择 | 第63-64页 |
| ·对Cap-Trapper法的改良 | 第64-66页 |
| 1) 关于反转录引物选择 | 第64页 |
| 2) 关于全长cDNA定向克隆问题 | 第64-65页 |
| 3) 关于克隆插入方向问题 | 第65页 |
| 4) 关于文库构建流程简化问题 | 第65页 |
| 5) 关于构建过程中同位素示踪问题 | 第65-66页 |
| 6) 关于蓝白斑选择问题 | 第66页 |
| 本章结论 | 第66-67页 |
| 第三章 小麦全长cDNA克隆大规模测序和序列的初步分析 | 第67-86页 |
| ·概述 | 第67-69页 |
| ·本研究整体思路 | 第67页 |
| ·研究目标 | 第67页 |
| ·研究工作流程 | 第67页 |
| ·本地化生物信息分析平台构建 | 第67-69页 |
| ·结果与分析 | 第69-82页 |
| ·全长cDNA文库大规模测序 | 第69-70页 |
| ·cDNA文库全长比例分析 | 第70-72页 |
| ·大批量测序数据预处理 | 第72页 |
| ·基于大规模全长cDNA序列的小麦基因GC含量分析 | 第72页 |
| ·小麦基因密码子使用偏性分析 | 第72-75页 |
| ·克隆的小麦全长cDNA中新基因的确定 | 第75-76页 |
| ·小麦EST数据的GO注释 | 第76-79页 |
| ·粗山羊草叶和根中差异表达基因分析 | 第79-81页 |
| ·中国春可育花药与败育花药基因表达差异分析 | 第81页 |
| ·不同倍性小麦基因表达特性 | 第81-82页 |
| 4.讨论 | 第82-86页 |
| ·关于重要物种全长cDNA克隆测序项目研究进展 | 第82页 |
| ·关于本研究中全长cDNA文库和全长cDNA序列的应用 | 第82-83页 |
| ·关于大批量EST数据的预处理问题 | 第83页 |
| ·关于大规模EST数据的聚类拼接问题 | 第83-84页 |
| ·关于全长cDNA序列的批量注释与功能分类 | 第84页 |
| ·关于从大批量全长cDNA文库中挖掘差异表达基因 | 第84-85页 |
| ·关于物种GC含量与最优密码子使用特性的分析 | 第85页 |
| ·关于作为多倍体典型的小麦中基因表达情况 | 第85-86页 |
| 全文结论 | 第86-87页 |
| 参考文献 | 第87-100页 |
| 致谢 | 第100-101页 |
| 作者简介 | 第101页 |
