| 第一章 问题的引出 | 第1-30页 |
| ·生物测序工程与生物序列数据库 | 第8-10页 |
| ·基因组测序与DNA序列数据库 | 第8-9页 |
| ·蛋白质测序与氨基酸序列数据库 | 第9-10页 |
| ·分子生物学的一些基础知识 | 第10-12页 |
| ·粗粒化与生物序列分析 | 第12-14页 |
| ·粗粒化与字符表示 | 第12-13页 |
| ·生物序列分析 | 第13-14页 |
| ·现有算法概述 | 第14-26页 |
| ·海量数据期待有效算法 | 第14-16页 |
| ·现有算法的粗略分类及简介 | 第16-25页 |
| ·现有算法的特点及存在的问题 | 第25-26页 |
| ·从数论的角度看，生物序列分析的三个基本问题 | 第26-30页 |
| 第二章 字符序列的解析数论模型 | 第30-65页 |
| ·字符序列的数字化表示 | 第31-33页 |
| ·字符序列的量化 | 第31页 |
| ·字符串的信息来源与加权统计 | 第31-33页 |
| ·在实数域上的推广 | 第33页 |
| ·对偶描述子 | 第33-36页 |
| ·对偶描述子用于序列特征提取 | 第36-42页 |
| ·模式偏离函数与极佳描述 | 第36-38页 |
| ·序列的重构与失真度量 | 第38-39页 |
| ·基函数的选择 | 第39-42页 |
| ·对偶描述子的交替式学习 | 第42-45页 |
| ·对偶描述子用于序列识别 | 第45-47页 |
| ·矢量形式、几何表示与应用扩展 | 第47-58页 |
| ·矢量形式 | 第47-51页 |
| ·几何表示--对偶曲线 | 第51-56页 |
| ·应用扩展 | 第56-58页 |
| ·Z曲线理论简介 | 第58-61页 |
| ·基于位置权重的序列分析方法之--“位置权重矩阵” | 第61-63页 |
| 本章小结 | 第63-65页 |
| 第三章 对偶描述子方法在生物信息学中的应用举例 | 第65-85页 |
| ·对偶描述子用于字符序列特征提取--对偶描述子的学习演示 | 第65-75页 |
| ·冠状病毒基因组序列的特征提取--对偶描述子的一次性学习演示 | 第65-66页 |
| ·原核基因编码区公共特征的提取--对偶描述子的交替式学习演示 | 第66-71页 |
| ·二阶对偶描述子的交替式学习过程演示 | 第71-75页 |
| ·对偶描述子用于DNA序列蛋白质编码区的识别 | 第75-85页 |
| ·对偶描述子用于原核基因识别 | 第77-81页 |
| ·在人类基因组外显子和内含子识别中的应用 | 第81-85页 |
| 参考文献 | 第85-96页 |
| 发表论文和参加科研情况说明 | 第96-97页 |
| 附录I:符号说明 | 第97-98页 |
| 附录II: 序列扩增的两种方法 | 第98-99页 |
| 致谢 | 第99页 |
