| 摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 1. 引言 | 第10-16页 |
| ·课题背景及其研究意义 | 第10-12页 |
| ·国内外研究现状 | 第12-13页 |
| ·存在问题 | 第13页 |
| ·本文工作概述 | 第13-14页 |
| ·本文结构安排 | 第14-16页 |
| 2. 蛋白质二级结构预测 | 第16-24页 |
| ·蛋白质结构 | 第16-20页 |
| ·蛋白质的一级结构 | 第17页 |
| ·蛋白质的二级结构 | 第17-20页 |
| ·蛋白质结构域、三级结构与四级结构 | 第20页 |
| ·蛋白质二级结构预测 | 第20-21页 |
| ·蛋白质二级结构预测的方法 | 第21-23页 |
| ·蛋白质二级结构预测的评价指标 | 第23页 |
| ·整体准确率 Q3 | 第23页 |
| ·三态准确率 Qi | 第23页 |
| ·Motthew 相关系数 Ci | 第23页 |
| ·本章小结 | 第23-24页 |
| 3. 隐马尔可夫模型 | 第24-36页 |
| ·马尔可夫链 | 第24-25页 |
| ·隐马尔可夫模型 | 第25-27页 |
| ·隐马尔可夫模型的基本问题 | 第27-28页 |
| ·隐马尔可夫模型的基本算法 | 第28-35页 |
| ·识别问题的直接求取方法 | 第28-29页 |
| ·前向算法 | 第29-30页 |
| ·后向算法 | 第30-31页 |
| ·Viterbi 算法 | 第31-32页 |
| ·Baum-Welch 算法 | 第32-35页 |
| ·隐马尔可夫模型的应用 | 第35页 |
| ·本章小结 | 第35-36页 |
| 4. 基于 HMM 的蛋白质二级结构预测 | 第36-44页 |
| ·样本集的选择 | 第36页 |
| ·HMM 预测蛋白质二级结构 | 第36-39页 |
| ·3-状态 HMM | 第36-37页 |
| ·7-状态 HMM | 第37-38页 |
| ·技术路线 | 第38-39页 |
| ·参数的选取 | 第39-41页 |
| ·克服训练下溢的问题 | 第39-40页 |
| ·初始参数的选取 | 第40-41页 |
| ·算法实现 | 第41-42页 |
| ·测试结果与性能分析 | 第42-43页 |
| ·测试结果 | 第42-43页 |
| ·性能分析 | 第43页 |
| ·本章小结 | 第43-44页 |
| 5. 基于 PSO 算法和 HMM 的蛋白质二级结构预测 | 第44-53页 |
| ·PSO 算法 | 第44-49页 |
| ·基本原理 | 第44-46页 |
| ·基本 PSO 算法 | 第46-48页 |
| ·基本 PSO 算法的算法流程 | 第46-47页 |
| ·基本 PSO 算法的伪代码 | 第47-48页 |
| ·改进 PSO 算法 | 第48-49页 |
| ·改进 PSO 算法的算法流程 | 第48页 |
| ·改进 PSO 算法的伪代码 | 第48-49页 |
| ·算法实现 | 第49-50页 |
| ·基于基本 PSO 算法结合 HMM 的预测算法 | 第49页 |
| ·基于改进 PSO 算法结合 HMM 的预测算法 | 第49-50页 |
| ·测试结果与性能分析 | 第50-51页 |
| ·测试结果 | 第50-51页 |
| ·性能分析 | 第51页 |
| ·与其它方法结果的比较 | 第51-52页 |
| ·本章小结 | 第52-53页 |
| 6. 总结与展望 | 第53-55页 |
| ·论文工作总结 | 第53页 |
| ·研究与展望 | 第53-55页 |
| 参考文献 | 第55-59页 |
| 附录Ⅰ CB513 数据集 | 第59-62页 |
| 附录Ⅱ 与其它方法比较所选取的测试集 | 第62-63页 |
| 附录Ⅲ 攻读学位期间发表的论文 | 第63-64页 |
| 致谢 | 第64页 |