| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-24页 |
| 1 引言 | 第24-56页 |
| ·马属动物分类 | 第24页 |
| ·马的起源进化 | 第24-29页 |
| ·野马起源 | 第26-27页 |
| ·家马起源 | 第27-28页 |
| ·西南马起源 | 第28-29页 |
| ·马的遗传资源 | 第29-39页 |
| ·动物遗传资源多样性 | 第29-30页 |
| ·动物遗传资源概念 | 第29页 |
| ·动物遗传资源多样性 | 第29页 |
| ·动物遗传资源多样性研究的目的 | 第29-30页 |
| ·多样性与保护生物学 | 第30-31页 |
| ·动物遗传资源多样性分子标记技术 | 第31-37页 |
| ·聚合酶链式反应－限制性片段长度多态性技术（PCR－RFLP） | 第32页 |
| ·聚合酶链式反应-单链构象多态技术（PCR-SSCP） | 第32-33页 |
| ·PCR-DNA 序列分析 | 第33-34页 |
| ·微卫星标记技术（SSR）和DNA 指纹技术（DFP） | 第34页 |
| ·随机扩增多态性DNA 技术（RAPD） | 第34-35页 |
| ·扩增片段长度多态性技术（AFLP） | 第35页 |
| ·DNA 芯片技术 | 第35-37页 |
| ·中国马种遗传资源 | 第37-39页 |
| ·马种分类 | 第37-38页 |
| ·西南马概述 | 第38-39页 |
| ·马遗传学研究进展 | 第39-54页 |
| ·遗传学基础理论 | 第39-43页 |
| ·获得性状遗传学说 | 第40页 |
| ·自然选择学说 | 第40页 |
| ·现代综合进化论 | 第40-41页 |
| ·分子进化中性论 | 第41-43页 |
| ·马遗传学研究 | 第43-46页 |
| ·马的表型遗传学 | 第43页 |
| ·马的细胞遗传学 | 第43-44页 |
| ·生化遗传学研究 | 第44-45页 |
| ·马分子遗传研究 | 第45-46页 |
| ·候选基因研究进展 | 第46-54页 |
| ·马 mtDNA D-Loop 区 | 第46-48页 |
| ·NADH 脱氢酶亚基基因 | 第48-51页 |
| ·矮小性状基因（SHOX） | 第51-54页 |
| ·本研究目的与意义 | 第54-56页 |
| 2 西南马遗传资源特征分析研究 | 第56-72页 |
| ·调查方案 | 第56页 |
| ·技术规范 | 第56-57页 |
| ·技术要求 | 第56-57页 |
| ·调查步骤 | 第56页 |
| ·调查数量 | 第56-57页 |
| ·用具用品 | 第57页 |
| ·数据处理 | 第57页 |
| ·调查结果 | 第57-59页 |
| ·数量分布 | 第57-58页 |
| ·体尺指标 | 第58-59页 |
| ·结果分析 | 第59-68页 |
| ·存栏数量分析 | 第59-61页 |
| ·影响数量分布的因子分析 | 第59页 |
| ·因子选择 | 第59-60页 |
| ·分析结果 | 第60-61页 |
| ·建立模型 | 第61页 |
| ·体尺指标分析 | 第61-68页 |
| ·群体结构 | 第61-63页 |
| ·个体结构 | 第63-65页 |
| ·影响马体尺指标因子分析 | 第65-68页 |
| ·指标选择 | 第65页 |
| ·因子分析 | 第65-66页 |
| ·建立模型 | 第66-68页 |
| ·讨论 | 第68-70页 |
| ·分布特征 | 第68-70页 |
| ·民族特征 | 第68页 |
| ·资源特征 | 第68页 |
| ·经济特征 | 第68-69页 |
| ·种间特征 | 第69-70页 |
| ·体尺结构特征 | 第70页 |
| ·群体特征 | 第70页 |
| ·个体特征 | 第70页 |
| ·自然特征 | 第70页 |
| ·小结 | 第70-72页 |
| 3 西南马 mtDNA D-Loop 区分子遗传特征研究 | 第72-96页 |
| ·材料与方法 | 第72-83页 |
| ·实验动物和样品采集 | 第72页 |
| ·实验试剂 | 第72-73页 |
| ·生化试剂与分子生物学试剂 | 第72-73页 |
| ·普通试剂 | 第73页 |
| ·菌株和克隆载体 | 第73页 |
| ·溶液与缓冲液 | 第73-75页 |
| ·提取组织样 DNA 所用溶液 | 第73-74页 |
| ·琼脂糖电泳所用的有关试剂 | 第74页 |
| ·PCR-SSCP 分析所用溶液 | 第74-75页 |
| ·转化克隆所用的相关试剂 | 第75页 |
| ·仪器设备 | 第75-77页 |
| ·方法 | 第77-83页 |
| ·马基因组DNA 的提取及检测 | 第77-79页 |
| ·马血样DNA 的提取方法 | 第77页 |
| ·马组织样DNA 提取方法 | 第77-78页 |
| ·DNA 质量的检测、纯化及浓度计算 | 第78-79页 |
| ·琼脂糖凝胶电泳检测DNA | 第78页 |
| ·分光光度法检测DNA | 第78-79页 |
| ·DNA 的纯化 | 第79页 |
| ·PCR 引物设计 | 第79页 |
| ·西南 mtDNA D-loop 部分区段 PCR 扩增 | 第79-80页 |
| ·反应混合液的组成 | 第79页 |
| ·PCR 反应的条件 | 第79-80页 |
| ·PCR 产物的检测 | 第80页 |
| ·西南马 mtDNA D-Loop 区段的 PCR-SSCP 分析 | 第80页 |
| ·10%（49∶1）非变性聚丙烯酰胺凝胶的制备及电泳 | 第80页 |
| ·聚丙烯酰胺凝胶的银染 | 第80页 |
| ·西南马 mtDNA D-Loop 区段不同单倍型分析 | 第80页 |
| ·西南马 mtDNA D-Loop 区段不同单倍型的纯化与回收 | 第80-81页 |
| ·大肠杆菌 DH5α 感受态细胞的制备 | 第81页 |
| ·PCR 回收产物与载体的连接 | 第81页 |
| ·连接产物的转化 | 第81-82页 |
| ·白菌落转化子的重组质粒筛选鉴定 | 第82页 |
| ·重组质粒PCR 鉴定 | 第82页 |
| ·重组质粒的测序 | 第82页 |
| ·序列分析 | 第82-83页 |
| ·结果与分析 | 第83-92页 |
| ·西南马基因组 DNA 及 mtDNA D-loop 部分片段 PCR 扩增 | 第83-84页 |
| ·重组质粒鉴定与测序 | 第84页 |
| ·PCR-SSCP 分析 | 第84页 |
| ·西南马 mtDNA D-Loop 部分片段的单倍型多样性 | 第84-92页 |
| ·单倍型分布和频率 | 第84-86页 |
| ·测序结果 | 第86页 |
| ·不同类型马 mtDNA D-Loop 的核苷酸变异及组成分析 | 第86页 |
| ·不同类型的马 mtDNA D-Loop 部分片段各单倍型间的距离 | 第86-88页 |
| ·分子变异分析 | 第88-90页 |
| ·不同类型马聚类分析 | 第90-92页 |
| ·讨论 | 第92-95页 |
| ·关于PCR-SSCP 技术 | 第92-93页 |
| ·mtDNA 单倍型的分布特征 | 第93页 |
| ·西南马不同类型间的遗传分化 | 第93-94页 |
| ·西南马不同类型马 mtDNA D-Loop 的核苷酸组成与变异 | 第94页 |
| ·西南马遗传资源的保护 | 第94页 |
| ·西南马与蒙古马、普氏野马的关系 | 第94-95页 |
| ·中国西南马的母系起源 | 第95页 |
| ·小结 | 第95-96页 |
| 4 西南马mtDNA ND3、ND4、ND4L 基因多态性研究 | 第96-135页 |
| ·材料 | 第96页 |
| ·方法 | 第96-101页 |
| ·DNA 的提取与分离 | 第96页 |
| ·琼脂糖凝胶电泳检测DNA | 第96页 |
| ·分光光度法检测DNA | 第96页 |
| ·DNA 扩增及其扩增产物的琼脂糖检测 | 第96-98页 |
| ·PCR 反应程序 | 第96页 |
| ·PCR 反应所用引物 | 第96-97页 |
| ·引物溶液的配制 | 第97页 |
| ·PCR 产物的检测 | 第97-98页 |
| ·聚丙烯酰胺凝胶的制备、电泳、染色和图象分析 | 第98-99页 |
| ·马 mtDNA 各位点 PCR 产物纯化回收以及测序 | 第99-100页 |
| ·PCR 产物纯化 | 第99页 |
| ·PCR 产物回收 | 第99-100页 |
| ·PCR 纯化产物测序 | 第100页 |
| ·统计分析 | 第100-101页 |
| ·用SAS 统计分析软件计算各品种马基因型与体尺的相关性 | 第100页 |
| ·测序序列的编辑 | 第100-101页 |
| ·多重序列比较 | 第101页 |
| ·进化树构建 | 第101页 |
| ·网络聚类分析 | 第101页 |
| ·结果与分析 | 第101-128页 |
| ·马基因组DNA 提取与检测 | 第101-102页 |
| ·马线粒体DNA ND4 基因（上游）PCR-SSCP 结果和序列分析 | 第102-106页 |
| ·ND4 亚基上游PCR 扩增结果 | 第102页 |
| ·ND4 亚基上游PCR-SSCP 分析 | 第102-103页 |
| ·ND4 亚基上游基因型与体尺的相关分析 | 第103页 |
| ·ND4 亚基上游序列分析 | 第103-106页 |
| ·序列的核苷酸变异 | 第103-104页 |
| ·碱基组成 | 第104-105页 |
| ·密码子使用频率与偏倚 | 第105-106页 |
| ·马线粒体DNA 的ND4 基因（下游）PCR-SSCP 结果和序列分析 | 第106-113页 |
| ·ND4 亚基下游PCR 扩增结果 | 第106-107页 |
| ·ND4 亚基下游PCR-SSCP 分析 | 第107页 |
| ·ND4 亚基下游基因型与体尺的相关分析 | 第107-108页 |
| ·ND4 亚基下游序列分析 | 第108-113页 |
| ·序列的核苷酸变异 | 第108-109页 |
| ·碱基组成 | 第109-111页 |
| ·密码子使用频率与偏倚 | 第111-113页 |
| ·马线粒体DNA 的ND4L 基因PCR-SSCP 结果和序列分析 | 第113-117页 |
| ·ND4L 基因PCR 扩增结果 | 第113页 |
| ·ND4L 基因PCR-SSCP 分析 | 第113页 |
| ·ND4L 亚基基因型与体尺的相关分析 | 第113-114页 |
| ·ND4L 基因序列分析 | 第114-117页 |
| ·序列的核苷酸变异 | 第114-115页 |
| ·碱基组成 | 第115页 |
| ·密码子使用频率与偏倚 | 第115-117页 |
| ·马线粒体 DNA 的 ND3 和 Ctyb 基因 PCR-SSCP 结果和序列分析 | 第117-120页 |
| ·ND3 基因PCR-SSCP 结果 | 第117页 |
| ·ND3 基因PCR 扩增结果 | 第117页 |
| ·ND3 基因PCR-SSCP 分析 | 第117页 |
| ·Ctyb 基因 PCR-SSCP 结果 | 第117-120页 |
| ·Ctyb 基因 PCR 扩增结果 | 第117-118页 |
| ·Ctyb 基因扩增产物的 PCR-SSCP 分析 | 第118-120页 |
| ·MT2、MT3 和MT4 三对引物所扩增片段单倍型分布 | 第120-122页 |
| ·西南马品种遗传结构分析 | 第122-128页 |
| ·ND4 基因序列单倍型分析 | 第122-123页 |
| ·种群遗传多样性、品种间DNA 差异 | 第123-125页 |
| ·群体间的遗传分化和遗传距离(Kimura 2-parameter,ts+tv,组间平均) | 第125-126页 |
| ·系统进化树 | 第126-128页 |
| ·网络聚类结果 | 第128页 |
| ·讨论 | 第128-134页 |
| ·关于实验方法 | 第128-130页 |
| ·基因组DNA 的提取 | 第128-129页 |
| ·PCR 扩增条件摸索 | 第129页 |
| ·聚丙烯酰胺凝胶电泳条件的摸索 | 第129-130页 |
| ·ND4 基因作为分子遗传标记在马系统发育关系研究中的探讨 | 第130页 |
| ·NADH 脱氢酶亚基基因密码子使用偏倚和碱基替换模式 | 第130-131页 |
| ·ND4、ND4L 扩增片段氨基酸替换情况分析 | 第131页 |
| ·ND3 和 ctyb 基因部分片段的多态分析 | 第131-132页 |
| ·中国西南马 mtDNA 遗传多样性和种群遗传结构 | 第132-133页 |
| ·关于NADH 脱氢酶亚基序列变异网络聚类结果的讨论 | 第133页 |
| ·保护和管理建议 | 第133页 |
| ·需要进一步研究和解决的问题 | 第133-134页 |
| ·小结 | 第134-135页 |
| 5 西南马矮小基因的克隆与分析 | 第135-162页 |
| ·材料与方法 | 第135-144页 |
| ·实验材料 | 第135页 |
| ·样品来源 | 第135页 |
| ·主要试剂 | 第135页 |
| ·仪器设备 | 第135页 |
| ·主要试剂和溶液的配制 | 第135页 |
| ·实验方法 | 第135-143页 |
| ·基因组DNA 的提取与检测 | 第135页 |
| ·PCR 反应 | 第135-137页 |
| ·引物设计与合成 | 第135-136页 |
| ·PCR 反应体系的建立及反应条件的优化 | 第136页 |
| ·PCR 反应的程序 | 第136-137页 |
| ·马SHOX 基因的克隆与测序 | 第137-141页 |
| ·PCR 产物的纯化 | 第137页 |
| ·PCR 产物的回收（DNA 凝胶回收试剂盒） | 第137-138页 |
| ·PCR 回收产物与 pTA2 载体的连接 | 第138-139页 |
| ·大肠杆菌 DH5α感受态细胞的制备:CaCl2 法 | 第139页 |
| ·感受态效价测定 | 第139页 |
| ·转化 | 第139-140页 |
| ·重组质粒筛选和鉴定 | 第140页 |
| ·重组质粒DNA 的提取（碱裂解法） | 第140-141页 |
| ·重组质粒的PCR 鉴定 | 第141页 |
| ·阳性克隆的测序 | 第141页 |
| ·PCR-SSCP 分析 | 第141-143页 |
| ·马SHOX 基因PCR-SSCP 的两个位点的选择及引物设计 | 第141页 |
| ·PCR 反应体系的建立及反应条件的优化 | 第141页 |
| ·PCR 反应的程序 | 第141-142页 |
| ·马SHOX 基因的PCR-SSCP 分析 | 第142-143页 |
| ·基因多态性的统计方法 | 第143-144页 |
| ·等位基因频率 | 第143页 |
| ·群体 Hardy-weinberg 平衡状态的检验 | 第143页 |
| ·遗传纯合度(Homozygosity,Ho) | 第143页 |
| ·遗传杂合度(Heterozygosity,He) | 第143页 |
| ·有效等位基因数(Effective number of alleles,Ne) | 第143-144页 |
| ·多态信息含量(Polymorphism Information Content,PIC) | 第144页 |
| ·结果与分析 | 第144-159页 |
| ·马基因组DNA 的提取与检测结果 | 第144页 |
| ·PCR 扩增目的基因 | 第144-145页 |
| ·扩增产物的克隆及重组质粒的筛选和鉴定 | 第145页 |
| ·目的片段的回收 | 第145页 |
| ·重组质粒的鉴定 | 第145页 |
| ·测序结果 | 第145-146页 |
| ·向数据库提交马SHOX 基因序列 | 第146-147页 |
| ·西南马SHOX 基因核苷酸序列分析 | 第147-154页 |
| ·西南马SHOX 基因序列的比较分析 | 第147-150页 |
| ·不同类群马SHOX 基因核苷酸变异分析 | 第150-151页 |
| ·SHOX 基因核苷酸组成分析 | 第151页 |
| ·SHOX 基因密码子核苷酸组成分析 | 第151-152页 |
| ·SHOX 基因编码的氨基酸序列分析 | 第152-154页 |
| ·PCR-SSCP 结果 | 第154-158页 |
| ·P1 位点的PCR-SSCP 分析 | 第154页 |
| ·引物P1 的PCR 扩增结果 | 第154页 |
| ·P1 位点的PCR-SSCP 分析 | 第154页 |
| ·P2 位点的PCR-SSCP 分析 | 第154-158页 |
| ·引物P2 的PCR 扩增结果 | 第154-155页 |
| ·P2 位点的PCR-SSCP 分析 | 第155页 |
| ·序列分析与比较 | 第155-156页 |
| ·不同类型马 SHOX 基因P2 位点PCR-SSCP 的基因型 | 第156-157页 |
| ·不同类型马 SHOX 基因P2 位点PCR-SSCP 的等位基因 | 第157-158页 |
| ·西南马SHOX 基因的遗传多态性分析 | 第158-159页 |
| ·各群体的 Hardy-Weinberg 平衡检验 | 第158页 |
| ·SHOX 基因的杂合度、有效等位基因数和多态信息含量 | 第158-159页 |
| ·讨论 | 第159-161页 |
| ·动物矮小性状的遗传基础 | 第159-160页 |
| ·矮小性状基因SHOX 定位 | 第160页 |
| ·SHOX 基因的作用机理 | 第160-161页 |
| ·西南马矮小性状基因序列结构及与群体遗传结构分析 | 第161页 |
| ·小结 | 第161-162页 |
| 创新点 | 第162-163页 |
| 致谢 | 第163-164页 |
| 参考文献 | 第164-174页 |
| 附录 | 第174-187页 |
| 作者简介 | 第187-188页 |
