| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-7页 |
| 第1章 引言 | 第10-22页 |
| 1.1 研究背景 | 第10页 |
| 1.2 生物的进化机制 | 第10-15页 |
| 1.2.1 生物胚胎发育与进化的研究 | 第11-13页 |
| 1.2.2 自然选择学说 | 第13-14页 |
| 1.2.3 中性学说 | 第14-15页 |
| 1.3 基因表达水平的研究现状 | 第15-17页 |
| 1.4 基因重复(gene duplication)的研究现状 | 第17-18页 |
| 1.5 果蝇的研究现状 | 第18-22页 |
| 1.5.1 果蝇的发育及研究进展 | 第18-20页 |
| 1.5.2 果蝇胚胎发育时期分子水平的研究现状 | 第20-22页 |
| 第2章 实验材料与方法 | 第22-32页 |
| 2.1 实验材料 | 第22页 |
| 2.2 果蝇胚胎发育时期基因表达量的下载 | 第22-23页 |
| 2.3 果蝇基因的下载及分析 | 第23-27页 |
| 2.3.1 果蝇编码基因序列的下载及整理 | 第24页 |
| 2.3.2 使用BLAST软件搜索果蝇物种间的同源基因 | 第24-26页 |
| 2.3.4 使用KaKs_Calculator2.0计算Ka,Ks,Ka/Ks(ω) | 第26-27页 |
| 2.4 几个软件的使用方法与介绍 | 第27-32页 |
| 2.4.1 KaKs_Calculator2.0软件中YN算法的介绍 | 第27-28页 |
| 2.4.2 R软件的安装及使用 | 第28-29页 |
| 2.4.3 MATLAB软件的基本介绍 | 第29-30页 |
| 2.4.4 Graphpad Prism 6.0软件的使用方法 | 第30-32页 |
| 第3章 果蝇胚胎时期基因表达的分析与结果 | 第32-56页 |
| 3.1 基因进化速率Ks和Ka/Ks(ω)的分布 | 第32-38页 |
| 3.1.1 数据模拟—正态分布 | 第34-35页 |
| 3.1.2 数据模拟—混合正态分布 | 第35-37页 |
| 3.1.3 Ks双峰数据的讨论—基因重复(gene duplication) | 第37-38页 |
| 3.2 ω>1的基因连锁不平衡分析 | 第38-39页 |
| 3.3 果蝇胚胎发育时期RNA-seq-ns数据分析与结果 | 第39-46页 |
| 3.3.1 GEA和Ks,ω的线性回归分析 | 第39-41页 |
| 3.3.2 GEA(低、中、高)和Ks,ω的分析 | 第41-42页 |
| 3.3.3 GEB和Ks,ω的分析 | 第42-44页 |
| 3.3.4 特异表达和广泛表达的基因的进化分析 | 第44-46页 |
| 3.4 果蝇胚胎发育时期RNA-seq-ss数据分析与结果 | 第46-52页 |
| 3.4.1 GEA和Ks,ω的线性回归分析 | 第46-47页 |
| 3.4.2 GEA(低、中、高)和Ks,ω的分析 | 第47-48页 |
| 3.4.3 GEB和Ks,ω的分析 | 第48-50页 |
| 3.4.4 特异表达和广泛表达的基因的进化分析 | 第50-52页 |
| 3.5 果蝇胚胎发育时期芯片数据分析与结果 | 第52-56页 |
| 3.5.1 GEA和Ks,ω的线性回归分析 | 第52页 |
| 3.5.2 GEA(低、中、高)和Ks,ω的分析 | 第52-56页 |
| 第4 讨论与结论 | 第56-58页 |
| 4.1 结论 | 第56页 |
| 4.2 果蝇进化中基因重复的现象的讨论 | 第56-57页 |
| 4.3 芯片数据的讨论 | 第57-58页 |
| 参考文献 | 第58-66页 |
| 附录 | 第66-68页 |
| 致谢 | 第68-70页 |
| 攻读硕士学位期间的研究成果 | 第70页 |
