| 摘要 | 第5-9页 |
| abstract | 第9-13页 |
| 英文缩略词表 | 第17-18页 |
| 第一章 绪论 | 第18-26页 |
| 1.1 病毒宏基因组学概念 | 第19页 |
| 1.2 病毒宏基因组学的应用 | 第19-20页 |
| 1.3 病毒宏基因组学的研究方法 | 第20-23页 |
| 1.3.1 样品处理 | 第20-21页 |
| 1.3.2 DNA文库的构建 | 第21-22页 |
| 1.3.3 DNA文库的测序 | 第22页 |
| 1.3.4 文库测序结果分析 | 第22-23页 |
| 1.4 病毒宏基因组学的研究现状以及发展趋势 | 第23-24页 |
| 1.5 研究目的与意义 | 第24-25页 |
| 1.6 本研究的总体技术路线 | 第25-26页 |
| 第二章 东北林区牛及其密切接触的人的血液病毒组分析 | 第26-55页 |
| 2.1 材料与方法 | 第26-36页 |
| 2.1.1 东北林区牛及其密切接触的人的血样品的采集 | 第26页 |
| 2.1.2 主要实验试剂及耗材 | 第26-27页 |
| 2.1.3 东北林区牛血及人血的前处理 | 第27页 |
| 2.1.4 样品组合设计 | 第27-28页 |
| 2.1.5 东北林区牛及其密切接触人的血样品的核酸酶消化 | 第28-29页 |
| 2.1.6 病毒核酸的提取 | 第29-30页 |
| 2.1.7 逆转录及双链DNA的合成 | 第30-31页 |
| 2.1.8 高通量测序文库的构建 | 第31页 |
| 2.1.9 文库的扩增 | 第31-32页 |
| 2.1.10 文库的纯化 | 第32-33页 |
| 2.1.11 文库DNA片段长度筛选 | 第33-34页 |
| 2.1.12 病毒文库质量的检测 | 第34页 |
| 2.1.13 文库的Miseq深度测序 | 第34-35页 |
| 2.1.14 文库测序结果的生物信息学分析 | 第35-36页 |
| 2.2 文库质量的检测和结果分析 | 第36-52页 |
| 2.2.1 病毒宏基因组DNA文库的质量检测 | 第36-38页 |
| 2.2.1.1 文库中DNA片段分布检测 | 第36-37页 |
| 2.2.1.2 病毒文库的Bioanalyzer检测 | 第37-38页 |
| 2.2.2 Miseq测序质量图 | 第38-39页 |
| 2.2.3 东北林区牛血液病毒宏基因组学解析 | 第39-48页 |
| 2.2.3.1 东北林区牛血病毒群落组成 | 第39-45页 |
| 2.2.3.2 东北林区牛血病毒群落按宿主分类 | 第45-46页 |
| 2.2.3.3 具有感染哺乳动物能力的病毒 | 第46-48页 |
| 2.2.4 东北林区与牛密切接触的人的血液病毒宏基因组学解析 | 第48-50页 |
| 2.2.4.1 东北林区与牛密切接触的人的血液病毒文库中病毒群落的组成 | 第48-49页 |
| 2.2.4.2 东北林区与牛密切接触的人血液病毒群落按宿主分类 | 第49-50页 |
| 2.2.5 东北林区牛及其密切接触人的血液文库病毒群落的比较 | 第50-52页 |
| 2.3 讨论 | 第52-55页 |
| 第三章 未知新型病毒的鉴定及遗传特征分析 | 第55-74页 |
| 3.1 新型东北林区牛血液中CRESS-DNA的研究 | 第55-69页 |
| 3.1.1 材料和方法 | 第56-62页 |
| 3.1.1.1 样品采集 | 第56页 |
| 3.1.1.2 病毒全基因组或部分序列数据信息的获取 | 第56-57页 |
| 3.1.1.3 病毒核酸的提取 | 第57-58页 |
| 3.1.1.4 筛查引物设计及PCR阳性样本检测 | 第58页 |
| 3.1.1.5 PCR检测阳性样品 | 第58-60页 |
| 3.1.1.6 PCR产物的电泳检测与测序 | 第60-61页 |
| 3.1.1.7 测序序列的验证 | 第61页 |
| 3.1.1.8 新型CRESS-DNA基因组病毒基因结构分析 | 第61页 |
| 3.1.1.9 基于病毒Rep蛋白质序列的系统进化分析 | 第61-62页 |
| 3.1.2 实验结果 | 第62-69页 |
| 3.1.2.1 东北林区牛血液CRESS-DNA基因组病毒筛选结果 | 第62-66页 |
| 3.1.2.2 病毒基因组结构分析 | 第66-67页 |
| 3.1.2.3 新型东北林区牛血CRESS-DNA病毒系统进化分析 | 第67-69页 |
| 3.2 东北林区牛血液中新型细小病毒的研究 | 第69-72页 |
| 3.2.1 材料和方法 | 第69-70页 |
| 3.2.1.1 使用生物信息学技术获取病毒全基因组基因编码区 | 第69页 |
| 3.2.1.2 牛细小病毒全基因组基因编码区的结构分析 | 第69-70页 |
| 3.2.1.3 牛细小病毒系统进化树构建 | 第70页 |
| 3.2.2 实验结果 | 第70-72页 |
| 3.2.2.1 牛细小病毒基因编码区序列结构和系统进化分析 | 第70-72页 |
| 3.3 讨论 | 第72-74页 |
| 第四章 主要结论 | 第74-75页 |
| 参考文献 | 第75-80页 |
| 致谢 | 第80-81页 |
| 攻读硕士期间发表的学术论文、参与课题以及参加的会议 | 第81页 |
| 发表论文 | 第81页 |
| 参与课题 | 第81页 |
| 参加会议 | 第81页 |
| 获奖情况 | 第81页 |
