| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7页 |
| 缩略语表 | 第8-9页 |
| 1 引言 | 第9-16页 |
| 1.1 长链非编码RNA概述 | 第9-12页 |
| 1.1.1 LncRNA的分类 | 第9-10页 |
| 1.1.2 LncRNA与编码蛋白基因的基本比较 | 第10页 |
| 1.1.3 LncRNA在细胞质中的功能 | 第10-12页 |
| 1.1.4 LncRNA在细胞核中的功能 | 第12页 |
| 1.1.5 LncRNA与疾病 | 第12页 |
| 1.2 研究lncRNA的方法 | 第12-13页 |
| 1.2.1 实验方法 | 第12页 |
| 1.2.2 计算生物学方法 | 第12-13页 |
| 1.3 ChIA-PET技术及其应用 | 第13-14页 |
| 1.3.1 ChIA-PET技术的简要介绍 | 第13页 |
| 1.3.2 处理ChIA-PET数据的工具ChIA-PET Tool简介 | 第13-14页 |
| 1.3.3 基因组三维结构和lncRNA功能的关系 | 第14页 |
| 1.4 本项研究的目的与意义 | 第14-16页 |
| 2 基于ChIA-PET数据分析lincRNA的远程交互作用 | 第16-45页 |
| 2.1 前言 | 第16页 |
| 2.2 材料与方法 | 第16-18页 |
| 2.2.1 数据来源 | 第16-17页 |
| 2.2.2 基本数据分析 | 第17页 |
| 2.2.3 构建交互网络 | 第17页 |
| 2.2.4 将DRE划分至不同染色质状态 | 第17页 |
| 2.2.5 根据交互情况将lincRNA划分至不同模型 | 第17页 |
| 2.2.6 功能模块划分,功能富集和GSEA分析 | 第17页 |
| 2.2.7 划分enhancer-like和promoter-like的lincRNA | 第17-18页 |
| 2.2.8 LincRNA的基因组结合位点和基因组三维结构的关系 | 第18页 |
| 2.2.9 细胞特异性表达的lincRNA | 第18页 |
| 2.2.10 SNP分析 | 第18页 |
| 2.2.11 P-value注释说明 | 第18页 |
| 2.3 使用软件 | 第18-19页 |
| 2.4 结果与分析 | 第19-43页 |
| 2.4.1 非编码RNA基因与编码蛋白基因组成的染色质交互网络 | 第19-22页 |
| 2.4.2 远程调控元件调控lincRNA基因的表达 | 第22-25页 |
| 2.4.3 LincRNA与编码蛋白基因组成大型共表达网络 | 第25-30页 |
| 2.4.4 LincRNA在RNA水平上的功能实现与3D基因组的关系 | 第30-36页 |
| 2.4.5 参与特异性交互的lincRNA基因 | 第36-41页 |
| 2.4.6 包含SNP的lincRNA基因参与的交互 | 第41-42页 |
| 2.4.7 LincRNA参与的染色质交互网络的保守性 | 第42-43页 |
| 2.5 小结 | 第43-45页 |
| 3 讨论与展望 | 第45-46页 |
| 参考文献 | 第46-53页 |
| 附录 | 第53-62页 |
| 附录1 本研究中使用的ChIA-PET数据 | 第53-54页 |
| 附录2 ChIA-PET Tool可视化模块开发 | 第54-59页 |
| 附录3 论文中颜色注释信息 | 第59-60页 |
| 附录4 K562细胞系中特异性表达和交互的lincRNA基因 | 第60-61页 |
| 附录5 MCF7细胞系中特异性表达和交互的lincRNA基因 | 第61-62页 |
| 致谢 | 第62页 |
