| 摘要 | 第4-6页 |
| ABSTRACT | 第6-8页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-24页 |
| 1 猪瘟及猪瘟病毒的研究概述 | 第12-15页 |
| 1.1 猪瘟 | 第12页 |
| 1.2 猪瘟病毒 | 第12-15页 |
| 1.2.1 猪瘟病毒的结构特点 | 第12页 |
| 1.2.2 猪瘟病毒的增殖 | 第12-13页 |
| 1.2.3 猪瘟病毒的致病机制 | 第13-15页 |
| 2 猪瘟兔化弱毒株的研究概述 | 第15-17页 |
| 2.1 C株的来源 | 第15页 |
| 2.2 C株对机体的免疫应答 | 第15-17页 |
| 2.2.1 C株诱导机体的体液免疫 | 第15-16页 |
| 2.2.2 C株诱导机体的细胞免疫 | 第16-17页 |
| 3 非细胞裂解清除病毒机制研究概述 | 第17-19页 |
| 3.1 干扰素γ | 第17-18页 |
| 3.2 白介素 | 第18页 |
| 3.3 坏死肿瘤因子 | 第18-19页 |
| 4 RNA-Seq技术及其应用 | 第19-23页 |
| 4.1 RNA-Seq测序平台 | 第19-21页 |
| 4.1.1 ROCH454GSFLX测序 | 第19-20页 |
| 4.1.2 IlluminaSolexa测序 | 第20页 |
| 4.1.3 ABISOLiD测序 | 第20-21页 |
| 4.1.4 三种测序平台的比较 | 第21页 |
| 4.2 RNA-Seq技术简介 | 第21-22页 |
| 4.2.1 RNA-Seq技术的流程 | 第21-22页 |
| 4.3 RNA-Seq技术在筛选免疫相关基因中的应用 | 第22-23页 |
| 5 本研究的目的及意义 | 第23-24页 |
| 第二章 猪瘟弱毒疫苗感染兔脾脏后转录组学研究 | 第24-59页 |
| 1 材料与方法 | 第24-32页 |
| 1.1 实验动物 | 第24页 |
| 1.2 HCLV感染及样品采集 | 第24页 |
| 1.3 主要试剂及仪器 | 第24-25页 |
| 1.3.1 试剂 | 第24页 |
| 1.3.2 仪器 | 第24-25页 |
| 1.4 兔脾组织总RNA提取 | 第25页 |
| 1.5 Illumina测序文库构建及测序 | 第25-27页 |
| 1.6 测序数据处理及分析 | 第27-29页 |
| 1.6.1 测序原始数据评估与质控 | 第27页 |
| 1.6.2 测序数据比对和基因表达量分析 | 第27-28页 |
| 1.6.3 测序深度评估 | 第28页 |
| 1.6.4 基因功能注释和差异表达基因筛选 | 第28-29页 |
| 1.6.5 差异表达基因功能注释 | 第29页 |
| 1.7 基因结构分析 | 第29-30页 |
| 1.7.1 SNP分析 | 第29-30页 |
| 1.7.2 可变剪接分析 | 第30页 |
| 1.7.3 基因结构优化 | 第30页 |
| 1.8 新基因预测与功能注释 | 第30-31页 |
| 1.9 差异表达基因的qRT-PCR验证 | 第31-32页 |
| 1.9.1 RNA的提取 | 第31页 |
| 1.9.2 RNA 反转录成 cDNA | 第31页 |
| 1.9.3 引物设计 | 第31页 |
| 1.9.4 引物特异性的验证 | 第31-32页 |
| 1.9.5 实时荧光定量PCR | 第32页 |
| 1.9.6 数据分析方法 | 第32页 |
| 2 结果与分析 | 第32-55页 |
| 2.1 家兔体温变化情况 | 第32-33页 |
| 2.2 RNA质量检测结果与分析 | 第33-34页 |
| 2.3 测序数据评估和质控结果与分析 | 第34-36页 |
| 2.4 测序随机性结果分析 | 第36-37页 |
| 2.5 比对结果统计和分析 | 第37-38页 |
| 2.6 基因覆盖度统计分析 | 第38-39页 |
| 2.7 基因表达水平分析 | 第39页 |
| 2.8 差异表达基因的筛选及分析 | 第39-41页 |
| 2.9 DEG的功能注释 | 第41-45页 |
| 2.9.1 差异表达基因的GO功能注释及富集结果 | 第41-43页 |
| 2.9.2 差异表达基因的KEGG富集分析 | 第43-45页 |
| 2.10 基因结构分析 | 第45-51页 |
| 2.10.1 SNP结果分析 | 第45-47页 |
| 2.10.2 可变剪切结果分析 | 第47-49页 |
| 2.10.3 基因结构优化分析 | 第49-51页 |
| 2.11 新基因预测与注释 | 第51页 |
| 2.12 差异表达基因的qRT-PCR验证结果分析 | 第51-55页 |
| 2.12.1 引物设计结果 | 第51-52页 |
| 2.12.2 引物特异性验证 | 第52页 |
| 2.12.3 荧光定量结果 | 第52-55页 |
| 4 讨论 | 第55-59页 |
| 4.1 实验设计 | 第55-56页 |
| 4.2 与病毒清除相关基因的筛选 | 第56-59页 |
| 第三章 结论 | 第59-60页 |
| 1 结论 | 第59页 |
| 2 创新点 | 第59-60页 |
| 参考文献 | 第60-68页 |
| 致谢 | 第68-69页 |
| 个人简介 | 第69页 |