| 缩略词表 | 第6-7页 |
| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-10页 |
| 1. 引言 | 第11-19页 |
| 1.1 小蛋白质和多肽的生物学功能研究 | 第11-13页 |
| 1.2 sORF是基因组注释的热点和难点问题 | 第13-14页 |
| 1.3 小蛋白质的高效鉴定是完善基因组注释的必然要求 | 第14-18页 |
| 1.3.1 小蛋白质富集方法研究 | 第14-15页 |
| 1.3.2 小蛋白质组样品制备研究 | 第15-16页 |
| 1.3.3 小蛋白质LC-MS分析研究 | 第16-17页 |
| 1.3.4 小蛋白质蛋白质基因组数据分析研究 | 第17-18页 |
| 1.4 课题研究目的和内容 | 第18-19页 |
| 1.4.1 研究目的 | 第18页 |
| 1.4.2 研究内容 | 第18-19页 |
| 2. 基于富集小蛋白质方法探究酵母“漏检蛋白”和漏注释基因 | 第19-38页 |
| 2.1 实验材料、仪器与方法 | 第19-25页 |
| 2.1.1 实验材料与仪器 | 第19-21页 |
| 2.1.2 实验方法 | 第21-25页 |
| 2.2 实验结果与讨论 | 第25-37页 |
| 2.2.1 基于小蛋白质的蛋白质基因组学策略 | 第25-26页 |
| 2.2.2 小蛋白质富集促进小蛋白质鉴定 | 第26-29页 |
| 2.2.3 小蛋白质富集法验证31个MPs | 第29-32页 |
| 2.2.4 蛋白质基因组学分析发现3个酵母新基因 | 第32-37页 |
| 2.3 结论 | 第37-38页 |
| 3. 小数据集的蛋白质基因组学体系探索 | 第38-63页 |
| 3.1 实验材料、仪器与方法 | 第38-39页 |
| 3.1.1 实验材料与仪器 | 第38页 |
| 3.1.2 实验方法 | 第38-39页 |
| 3.2 实验结果与讨论 | 第39-61页 |
| 3.2.1 新肽段鉴定质控策略：3种FDR过严,1%FDR假阳性高 | 第39-43页 |
| 3.2.2 肽谱匹配打分不准确是新肽段鉴定高假阳性的根本原因 | 第43-45页 |
| 3.2.3 Raw、PSMscore组合基峰强度过滤降低假阳性率 | 第45-47页 |
| 3.2.4 表征真阳性新肽段最低标准的阈值初筛保证灵敏度 | 第47-48页 |
| 3.2.5 新肽段鉴定新策略验证4条新肽段 | 第48-54页 |
| 3.2.6 7个酵母漏注释基因分析 | 第54-61页 |
| 3.3 结论 | 第61-63页 |
| 4. 小结与展望 | 第63-64页 |
| 5. 参考文献 | 第64-71页 |
| 6. 附录 | 第71-75页 |
| 附表1：小蛋白质富集法鉴定117个小蛋白质列表 | 第71-73页 |
| 附表2：1%全局FDR质控鉴定112条新肽段列表 | 第73-75页 |
| 个人简历 | 第75-76页 |
| 科研成果 | 第76-77页 |
| 致谢 | 第77-79页 |
| 综述 | 第79-95页 |
| 参考文献 | 第90-95页 |
