基于索引结构的代谢网络比对算法研究
| 摘要 | 第1-4页 |
| Abstract | 第4-8页 |
| 第一章 绪论 | 第8-14页 |
| ·生物信息学背景 | 第8-11页 |
| ·研究的内容和方法 | 第11-12页 |
| ·本文章节安排和论文结构 | 第12-14页 |
| 第二章 相关定义和基本概念 | 第14-34页 |
| ·图的同构问题 | 第14-18页 |
| ·代谢网络的图模型 | 第18-23页 |
| ·代谢网络的图表示 | 第18-19页 |
| ·代谢网络的拓扑性质及结构 | 第19-22页 |
| ·代谢网络的分解 | 第22-23页 |
| ·比对问题及方法分类 | 第23-25页 |
| ·比对模式 | 第23-24页 |
| ·集成模式 | 第24-25页 |
| ·查询模式 | 第25页 |
| ·常用的比对算法研究及分析 | 第25-34页 |
| ·Grafil方法 | 第25-28页 |
| ·NetworkBLAST方法 | 第28-29页 |
| ·PathAligner方法 | 第29-30页 |
| ·其他比对方法 | 第30页 |
| ·现存生物网络比对算法的缺陷 | 第30-34页 |
| 第三章 基于索引结构的比对算法 | 第34-48页 |
| ·图模型 | 第34页 |
| ·距离度量与子图匹配 | 第34-37页 |
| ·结构距离分量 | 第35-36页 |
| ·节点失配分量 | 第36页 |
| ·节点空位分量 | 第36-37页 |
| ·子图距离模型的特征 | 第37页 |
| ·基于索引的匹配算法设计 | 第37-47页 |
| ·算法设计 | 第37-41页 |
| ·算法步骤 | 第41-46页 |
| ·片段规模参数设置 | 第46-47页 |
| ·小结 | 第47-48页 |
| 第四章 实验结果与分析 | 第48-58页 |
| ·实验数据介绍 | 第48-53页 |
| ·KEGG介绍 | 第48-49页 |
| ·PATHWAY等相关信息介绍 | 第49-52页 |
| ·代谢路径提取方法 | 第52-53页 |
| ·实验结论及相关讨论 | 第53-58页 |
| ·不同生物物种之间的代谢网络比对 | 第53-55页 |
| ·相同生物物种内部的代谢网络比对 | 第55-58页 |
| 第五章 总结与展望 | 第58-62页 |
| ·本文工作总结 | 第58页 |
| ·研究的局限性和发展方向 | 第58-62页 |
| 致谢 | 第62-64页 |
| 参考文献 | 第64-68页 |
| 研究成果 | 第68页 |
