| 缩略词表 | 第8-11页 |
| 全文技术路线 | 第11-12页 |
| 中文摘要 | 第12-15页 |
| Abstract | 第15-18页 |
| 第一章 前言 | 第19-26页 |
| 1.1 新发传染病现状与趋势 | 第19-20页 |
| 1.2 高通量测序技术与发展现状 | 第20-23页 |
| 1.3 高通量测序在新发传染病防控中的应用 | 第23-24页 |
| 1.4 存在的困难与挑战 | 第24-25页 |
| 1.5 本研究的主要内容和目标 | 第25-26页 |
| 第二章 腺病毒比较基因组分析 | 第26-39页 |
| 2.1 引言 | 第26-27页 |
| 2.1.1 腺病毒与腺病毒疫情 | 第26-27页 |
| 2.1.2 比较基因组学 | 第27页 |
| 2.2 材料与方法 | 第27-30页 |
| 2.2.1 高通量测序 | 第27-28页 |
| 2.2.2 基因组序列组装与基因组注释 | 第28页 |
| 2.2.3 多序列比对 | 第28-29页 |
| 2.2.4 序列比较 | 第29页 |
| 2.2.5 系统发育学分析 | 第29-30页 |
| 2.3 结果 | 第30-37页 |
| 2.3.1 腺病毒全基因组序列组装与注释 | 第30页 |
| 2.3.2 多序列比对 | 第30-31页 |
| 2.3.3 序列间比较分析 | 第31-33页 |
| 2.3.4 系统发育重构 | 第33-37页 |
| 2.4 小结与讨论 | 第37-39页 |
| 第三章 埃博拉病毒基因组进化分析 | 第39-57页 |
| 3.1 引言 | 第39-40页 |
| 3.1.1 埃博拉病毒与埃博拉疫情 | 第39页 |
| 3.1.2 基因组分子进化分析技术现状 | 第39-40页 |
| 3.2 材料与方法 | 第40-42页 |
| 3.2.1 高通量测序与序列组装方法 | 第40页 |
| 3.2.2 多序列比对与系统发育重构方法 | 第40-41页 |
| 3.2.3 病原体序列结合时空信息分析方法 | 第41-42页 |
| 3.3 结果 | 第42-55页 |
| 3.3.1 高通量测序拼接结果 | 第42-47页 |
| 3.3.2 系统发育重构方法的应用 | 第47-49页 |
| 3.3.3 多序列比对与突变位点分析 | 第49-52页 |
| 3.3.4 病原体序列信息结合时空信息分析 | 第52-55页 |
| 3.4 小结与讨论 | 第55-57页 |
| 第四章 H7N9型禽流感病毒基因组重配分析 | 第57-73页 |
| 4.1 引言 | 第57-58页 |
| 4.1.1 流感病毒与禽流感病毒 | 第57-58页 |
| 4.1.2 病毒基因组重组与重配 | 第58页 |
| 4.2 材料与方法 | 第58-60页 |
| 4.2.1 高通量测序与序列组装方法 | 第58-59页 |
| 4.2.2 序列比对与溯源分析方法 | 第59-60页 |
| 4.3 结果 | 第60-71页 |
| 4.3.1 高通量测序 | 第60页 |
| 4.3.2 H7N9型禽流感病毒与H9N2型禽流感病毒混合感染与重配分析 | 第60-66页 |
| 4.3.3 溯源分析 | 第66-70页 |
| 4.3.4 突变位点分析 | 第70-71页 |
| 4.4 小结与讨论 | 第71-73页 |
| 第五章 中国人血液病毒组学分析 | 第73-81页 |
| 5.1 引言 | 第73-74页 |
| 5.2 材料与方法 | 第74-75页 |
| 5.2.1 高通量测序与MDA扩增方法 | 第74页 |
| 5.2.2 高通量测序数据过滤与组装方法 | 第74页 |
| 5.2.3 ORF注释与系统发育学分析方法 | 第74-75页 |
| 5.3 结果 | 第75-79页 |
| 5.3.1 指环病毒科病毒序列在中国人血液中的分布 | 第75-76页 |
| 5.3.2 MDA扩增方法对指环病毒科病毒高通量测序的影响 | 第76-77页 |
| 5.3.3 指环病毒科病毒进化分析 | 第77-79页 |
| 5.4 小结与讨论 | 第79-81页 |
| 第六章 新型蚊媒黄病毒的发现与基因组分析 | 第81-89页 |
| 6.1 引言 | 第81-82页 |
| 6.1.1 新发现微生物与其引起的新发传染病 | 第81页 |
| 6.1.2 黄病毒属与黄病毒引起的疾病 | 第81-82页 |
| 6.2 材料与方法 | 第82-83页 |
| 6.2.1 病毒分离与高通量测序方法 | 第82页 |
| 6.2.2 高通量测序数据分析方法 | 第82-83页 |
| 6.2.3 哺乳动物细胞感染实验方法 | 第83页 |
| 6.3 结果 | 第83-87页 |
| 6.3.1 病毒基因组序列与结构特征 | 第83-85页 |
| 6.3.2 病毒系统发育学分析 | 第85页 |
| 6.3.3 病毒对哺乳动物感染性研究 | 第85-87页 |
| 6.4 小结与讨论 | 第87-89页 |
| 第七章 高通量测序筛查病原体的宏基因组数据分析 | 第89-98页 |
| 7.1 引言 | 第89-90页 |
| 7.1.1 宏基因组方法在病原体筛查中的应用 | 第89页 |
| 7.1.2 宏基因组测序筛查病原体的优势与特点 | 第89-90页 |
| 7.2 原始标本高通量测序结果的处理方法 | 第90-91页 |
| 7.3 快速筛查病原体算法的开发 | 第91-93页 |
| 7.4 智能判别算法的应用 | 第93-96页 |
| 7.4.1 非洲绿猴死亡病例 | 第93-94页 |
| 7.4.2 儿童不明原因上呼吸道感染病例 | 第94-95页 |
| 7.4.3 未知呼吸道感染监测病例 | 第95-96页 |
| 7.5 小结与讨论 | 第96-98页 |
| 总结与讨论 | 第98-103页 |
| 病原体高通量测序分析方法与展望 | 第98-100页 |
| 本研究相关成果 | 第100-102页 |
| 创新性成果 | 第102-103页 |
| 参考文献 | 第103-111页 |
| 附录A 高通量测序数据分析相关程序设计 | 第111-122页 |
| A.1 快速物种分类学电子辞典 | 第111-115页 |
| A.2 离线图形化BLAST工具 | 第115-117页 |
| A.3 高通量测序信息数据库 | 第117-119页 |
| A.4 In Del校正工具 | 第119-120页 |
| A.6 其他常用小工具 | 第120-121页 |
| A.6.1 短读序过滤工具 | 第120页 |
| A.6.2 原始数据自动分割与组装工具 | 第120页 |
| A.6.3 利用Meta-pair数据补Gap工具 | 第120-121页 |
| A.7 小结与讨论 | 第121-122页 |
| 附录B 高通量测序数据分析软件源代码 | 第122-169页 |
| B.1 快速物种分类学电子辞典 | 第122-135页 |
| B.2 离线图形化BLAST工具 | 第135-144页 |
| B.3 测序信息数据库 | 第144-154页 |
| B.4 In Del校正工具 | 第154-161页 |
| B.5 序列处理工具 | 第161页 |
| B.6 微生物自动组装工具 | 第161-163页 |
| B.7 Mate-pair数据补全组装结果中的空缺部分 | 第163-169页 |
| 个人简历 | 第169-171页 |
| 致谢 | 第171-172页 |
