| 中文摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第一章 绪论 | 第9-27页 |
| 1.1 课题研究背景 | 第9-21页 |
| 1.1.1 环肽纳米管简介 | 第9-12页 |
| 1.1.2 环肽纳米管模拟生物水通道简介 | 第12-14页 |
| 1.1.3 环肽纳米管模拟离子通道简介 | 第14-15页 |
| 1.1.4 环肽纳米管作为其他传输载体研究简介 | 第15-17页 |
| 1.1.5 NH_4~+和NH_3在天然生物通道中传输的研究进展 | 第17-20页 |
| 1.1.6 NH_4~+和NH_3在人工纳米通道中传输的研究简介 | 第20-21页 |
| 1.2 课题的提出及研究内容和目标 | 第21-23页 |
| 1.2.1 课题的提出 | 第21页 |
| 1.2.2 研究内容和目标 | 第21-23页 |
| 参考文献 | 第23-27页 |
| 第二章 分子动力学模拟理论基础和方法 | 第27-43页 |
| 2.1 分子动力学模拟简介 | 第27-28页 |
| 2.2 分子力场简介 | 第28-29页 |
| 2.3 分子动力学模拟基本原理 | 第29-33页 |
| 2.3.1 牛顿运动方程及其数值解法 | 第29-31页 |
| 2.3.2 周期性边界条件与最近镜像 | 第31-33页 |
| 2.4 分子动力学模拟常用系综 | 第33-34页 |
| 2.5 分子动力学模拟基本流程 | 第34-40页 |
| 2.5.1 初始条件设定 | 第34-35页 |
| 2.5.2 体系平衡 | 第35页 |
| 2.5.3 数据统计分析 | 第35-40页 |
| 2.6 NAMD和VMD软件简介 | 第40-42页 |
| 参考文献 | 第42-43页 |
| 第三章 NH_4~+和NH_3在跨膜环肽纳米管中不同的传输行为 | 第43-67页 |
| 3.1 引言 | 第43-45页 |
| 3.2 模拟体系的构建和模拟研究方法 | 第45-49页 |
| 3.2.1 模拟体系的构建 | 第45-47页 |
| 3.2.2 模拟条件的设置 | 第47页 |
| 3.2.3 受控分子动力学（SMD）模拟 | 第47-48页 |
| 3.2.4 PMF计算 | 第48-49页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第49-63页 |
| 3.3.1 cv-SMD模拟过程中拉力的变化 | 第49-50页 |
| 3.3.2 NH_4~+和NH_3传输通过跨膜环肽纳米管的PMF曲线 | 第50-53页 |
| 3.3.3 NH_4~+和NH_3与管内水分子以及环肽管之间的静电相互作用能和范德华相互作用能 | 第53-55页 |
| 3.3.4 NH_4~+和NH_3在环肽纳米管内传输过程中的径向分布 | 第55-57页 |
| 3.3.5 NH_4~+和NH_3与水分子以及环肽纳米管间的氢键相互作用 | 第57-60页 |
| 3.3.6 NH_4~+和NH_3与环肽纳米管间的水桥相互作用 | 第60-62页 |
| 3.3.7 NH_4~+在环肽纳米管内的自由行走 | 第62-63页 |
| 3.4 小结 | 第63-64页 |
| 参考文献 | 第64-67页 |
| 第四章 NH_4~+对跨膜环肽纳米管内水分子结构和传输行为的影响 | 第67-79页 |
| 4.1 引言 | 第67-69页 |
| 4.2 模拟体系的构建和模拟研究方法 | 第69页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第69-75页 |
| 4.3.1 NH_4~+对环肽纳米管内水分子轴向密度分布的影响 | 第69-70页 |
| 4.3.2 NH_4~+对环肽纳米管内水分子偶极取向分布的影响 | 第70-74页 |
| 4.3.3 NH_4~+对环肽纳米管内水分子轴向扩散行为的影响 | 第74-75页 |
| 4.4 小结 | 第75-77页 |
| 参考文献 | 第77-79页 |
| 全文结论 | 第79-81页 |
| 攻读学位期间本人出版或公开发表的论著、论文 | 第81-82页 |
| 致谢 | 第82-83页 |
