| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 第一章 前言 | 第14-45页 |
| 第一节 眼睛形态类型和进化 | 第14-21页 |
| 1 自然界中眼睛的形态类型 | 第14-19页 |
| 1.1 总述 | 第14-15页 |
| 1.2 眼睛的类型 | 第15-19页 |
| 1.2.1 杯状眼(cup eye) | 第15-16页 |
| 1.2.2 小孔眼(pinhole eye) | 第16页 |
| 1.2.3 镜眼(mirror eye) | 第16-17页 |
| 1.2.4 照相机眼/晶状体眼(camera eye/lens eye) | 第17-18页 |
| 1.2.5 复眼(compound eye) | 第18-19页 |
| 2 眼睛的进化 | 第19-21页 |
| 第二节 眼睛发生的关键转录因子及其信号传导通路 | 第21-29页 |
| 1 眼睛发生的关键转录因子 | 第21-24页 |
| 1.1 Orthodenticle-related homeobox(otx) | 第21-22页 |
| 1.2 Paired box(pax) | 第22-23页 |
| 1.3 Retinal homeobox(Rx) | 第23-24页 |
| 1.4 Microphthalmia-associated transcripion factor(mitf) | 第24页 |
| 2 视网膜决定基因网络(retinal determination gene network,RDGN) | 第24-29页 |
| 2.1 视网膜决定基因网络的主要成员 | 第24-28页 |
| 2.1.1 Eyeless/PA X6 | 第25-26页 |
| 2.1.2 EYA | 第26-27页 |
| 2.1.3 SO/SIX | 第27页 |
| 2.1.4 DAC | 第27-28页 |
| 2.2 果蝇和脊椎动物视网膜决定基因网络的保守性 | 第28-29页 |
| 第三节 光感受器及视蛋白的进化 | 第29-40页 |
| 1 光感受细胞类型 | 第29-31页 |
| 2 视蛋白的家族分类和功能 | 第31-37页 |
| 2.1 视蛋白总述 | 第31-33页 |
| 2.2 视蛋白的分类和功能 | 第33-37页 |
| 2.2.1 Gq偶联视蛋白/黑视蛋白亚家族 | 第35页 |
| 2.2.2 Encephalopsin/tmt-opsin亚家族 | 第35页 |
| 2.2.3 脊椎动物视觉和非视觉视蛋白亚家族 | 第35-36页 |
| 2.2.4 Go偶联视蛋白亚家族 | 第36页 |
| 2.2.5 视黄醛光异构酶亚家族 | 第36-37页 |
| 2.2.6 Peropsin亚家族 | 第37页 |
| 2.2.7 Neuropsin亚家族 | 第37页 |
| 3 光传导信号通路 | 第37-40页 |
| 第四节 扇贝眼睛的结构特征和研究进展 | 第40-45页 |
| 1 扇贝眼睛的结构和研究进展 | 第40-43页 |
| 1.1 扇贝眼睛的光学结构特征 | 第40-41页 |
| 1.2 扇贝双层视网膜结构及其光信号传导途径 | 第41-42页 |
| 1.3 扇贝眼睛分子生物学研究进展 | 第42-43页 |
| 2 虾夷扇贝眼睛研究的主要内容和意义 | 第43-45页 |
| 2.1 虾夷扇贝的主要社会经济学价值 | 第43页 |
| 2.2 扇贝在眼睛起源进化和视觉功能中的研究价值 | 第43-44页 |
| 2.3 虾夷扇贝眼睛遗传学研究中的组学资源 | 第44页 |
| 2.4 本研究的主要内容和目的 | 第44-45页 |
| 第二章 虾夷扇贝眼睛转录组测序和差异基因分析 | 第45-57页 |
| 1 材料与方法 | 第46-51页 |
| 1.1 扇贝材料 | 第46页 |
| 1.2 文库构建与测序 | 第46-50页 |
| 1.2.1 总RNA的提取和质量检测 | 第46页 |
| 1.2.2 mRNA的提取 | 第46-47页 |
| 1.2.3 测序文库的构建 | 第47-50页 |
| 1.2.4 测序 | 第50页 |
| 1.3 RNASeq测序数据预处理和表达谱计算 | 第50页 |
| 1.3.1 测序数据预处理 | 第50页 |
| 1.3.2 表达谱计算 | 第50页 |
| 1.4 差异基因分析 | 第50-51页 |
| 1.4.1 眼睛特异表达基因的筛选 | 第50-51页 |
| 1.4.2 基因功能富集分析 | 第51页 |
| 2 结果与讨论 | 第51-54页 |
| 2.1 虾夷扇贝眼睛RNA-Seq测序和表达谱数据的计算 | 第51-52页 |
| 2.2 虾夷扇贝眼睛表达谱相关性分析 | 第52-53页 |
| 2.3 虾夷扇贝眼睛差异基因的筛查和富集分析 | 第53-54页 |
| 3 讨论 | 第54-57页 |
| 3.1 转录组测序为扇贝眼睛功能研究提供了丰富的资源 | 第54-55页 |
| 3.2 眼睛中G蛋白偶联受体信号通路的富集及意义 | 第55-56页 |
| 3.3 眼睛中特异性表达的转录因子及其与眼睛发育的关系 | 第56-57页 |
| 第三章 虾夷扇贝视蛋白和视觉传导基因的筛查和表达分析 | 第57-77页 |
| 第一节 虾夷扇贝视蛋白的系统发生和进化分析 | 第58-74页 |
| 1 材料方法 | 第58-59页 |
| 1.1 虾夷扇贝及其近源物种视蛋白的筛查 | 第58页 |
| 1.2 视蛋白系统发生树的构建 | 第58-59页 |
| 1.3 视蛋白基因结构分析 | 第59页 |
| 1.4 视蛋白基因表达分析 | 第59页 |
| 1.5 视蛋白光谱转化关键氨基酸的分析 | 第59页 |
| 2 结果与分析 | 第59-70页 |
| 2.1 虾夷扇贝、牡蛎和帽贝视蛋白基因的筛查及系统发生分析 | 第59-66页 |
| 2.2 虾夷扇贝、牡蛎和帽贝视蛋白的基因结构 | 第66-67页 |
| 2.3 虾夷扇贝视蛋白基因的表达 | 第67-69页 |
| 2.4 虾夷扇贝视蛋白光谱转化关键氨基酸的变化 | 第69-70页 |
| 3 讨论 | 第70-74页 |
| 3.1 视蛋白亚家族新分支——r-opsin like视蛋白序列的获得及其系统发生地位 | 第70页 |
| 3.2 虾夷扇贝眼睛中表达的视蛋白的种类及可能作用 | 第70-71页 |
| 3.3 虾夷扇贝视蛋白光谱变化特点及与环境适应性的关系 | 第71-74页 |
| 第二节 虾夷扇贝光传导通路基因的筛查和表达分析 | 第74-77页 |
| 1 材料方法 | 第74页 |
| 1.1 虾夷扇贝视觉传导通路基因的筛查 | 第74页 |
| 1.2 虾夷扇贝视觉传导通路基因表达量分析 | 第74页 |
| 2 结果 | 第74-75页 |
| 2.1 虾夷扇贝光传导通路基因的筛查 | 第74页 |
| 2.2 虾夷扇贝眼睛光传导通路的表达 | 第74-75页 |
| 3 讨论 | 第75-77页 |
| 第四章 虾夷扇贝眼睛发生相关转录因子及其表达分析 | 第77-93页 |
| 1 材料方法 | 第77-78页 |
| 1.1 眼睛发生相关转录因子的筛查 | 第77-78页 |
| 1.2 转录因子的表达分析 | 第78页 |
| 2 结果与分析 | 第78-91页 |
| 2.1 虾夷扇贝Pax家族基因筛查及系统发生分析 | 第78-82页 |
| 2.2 虾夷扇贝Otx基因筛查及系统发生分析 | 第82-84页 |
| 2.3 虾夷扇贝Rx基因筛查及系统发生分析 | 第84-85页 |
| 2.4 虾夷扇贝Mitf基因筛查 | 第85-86页 |
| 2.5 视网膜决定基因网络基因的筛查 | 第86-89页 |
| 2.5.1 虾夷扇贝Six基因的筛查及系统发生分析 | 第86-88页 |
| 2.5.2 虾夷扇贝Eya基因筛查 | 第88-89页 |
| 2.5.3 虾夷扇贝Dac基因筛查 | 第89页 |
| 2.6 眼睛相关基因的表达模式 | 第89-91页 |
| 3 讨论 | 第91-93页 |
| 3.1 虾夷扇贝眼睛发育相关转录因子基因集的完整性 | 第91页 |
| 3.2 转录因子表达模式暗示的虾夷扇贝眼睛发育的潜在机制 | 第91-93页 |
| 第五章 虾夷扇贝眼睛发生和功能的基因调控网络的研究 | 第93-102页 |
| 1 材料方法 | 第94-95页 |
| 1.1 基因共表达网络的构建 | 第94页 |
| 1.2 眼睛和视觉相关的基因模块鉴定和功能分析 | 第94-95页 |
| 1.3 眼睛调控网络的可视化 | 第95页 |
| 2 结果与分析 | 第95-99页 |
| 2.1 虾夷扇贝眼睛的基因共表达网络的构建 | 第95-96页 |
| 2.2 虾夷扇贝眼睛功能相关基因模块的鉴定 | 第96-98页 |
| 2.3 眼睛相关基因网络可视化 | 第98-99页 |
| 3 讨论 | 第99-102页 |
| 3.1 基因网络在解决模式生物和非模式生物复杂生物学问题中的应用与优势 | 第99-100页 |
| 3.2 虾夷扇贝眼睛模块揭示扇贝眼睛发育相关的分子机制 | 第100-102页 |
| 第六章 论文创新点总结 | 第102-106页 |
| 1 扇贝眼睛视觉功能的遗传基础 | 第102-103页 |
| 2 扇贝眼睛发生的遗传基础 | 第103-106页 |
| 参考文献 | 第106-122页 |
| 附录 | 第122-148页 |
| 致谢 | 第148-149页 |
| 个人简历 | 第149-150页 |
| 发表的学术论文 | 第150页 |
