| 缩略词表 | 第1-8页 |
| 中文摘要 | 第8-10页 |
| Abstract | 第10-13页 |
| 第一章 前言 | 第13-29页 |
| 1 引言 | 第13-14页 |
| 2 大肠埃希氏菌 | 第14-20页 |
| ·大肠埃希氏菌概况 | 第14-15页 |
| ·大肠埃希氏菌生物学特性 | 第15-16页 |
| ·流行病学特点 | 第16-20页 |
| ·大肠埃希氏菌 O157︰H7 | 第16-18页 |
| ·大肠埃希氏菌 O104︰H4 | 第18-20页 |
| 3 国内外细菌溯源技术研究进展 | 第20-26页 |
| ·细菌溯源 | 第20页 |
| ·细菌溯源技术 | 第20-26页 |
| ·分子溯源技术及分类 | 第21-26页 |
| ·脉冲场凝胶电泳 | 第21-22页 |
| ·限制性片段长度多态性 | 第22页 |
| ·肠杆菌基因间重复一致序列的聚合酶链式反应 | 第22-23页 |
| ·扩增片段长度多态性 | 第23页 |
| ·单核苷酸多态性 | 第23-25页 |
| ·细菌的核糖体基因分型 | 第25页 |
| ·多位点序列分析 | 第25-26页 |
| 4 细菌溯源技术小结 | 第26-27页 |
| 5 课题研究思路 | 第27-29页 |
| 第二章 大肠埃希氏菌持家基因单核苷酸多态性位点的选择 | 第29-37页 |
| 1 前言 | 第29页 |
| 2 大肠埃希氏菌持家基因 | 第29页 |
| 3 MLST 技术资源 | 第29-30页 |
| 4 持家基因多态性位点的测算 | 第30-35页 |
| ·数据下载 | 第31-34页 |
| ·结合数据文件 st7-7.meg 数据下载 | 第31-32页 |
| ·Allele Sequences 数据下载 | 第32页 |
| ·结合数据文件的修正 | 第32-33页 |
| ·Allele Sequences 数据文件的修正 | 第33-34页 |
| ·Allele Sequences 数据文件修正结果检测 | 第34页 |
| ·人工定义的数据 | 第34页 |
| ·Minimum SNPs 测算 | 第34-35页 |
| 5 持家基因多态性位点的选择 | 第35-36页 |
| 小结 | 第36-37页 |
| 第三章 食品中大肠埃希氏菌菌株的收集与鉴定、纯化 | 第37-41页 |
| 1. 实验材料 | 第37页 |
| ·培养基及试剂 | 第37页 |
| ·仪器和耗材 | 第37页 |
| 2 方法 | 第37-40页 |
| ·大肠埃希氏菌的分离培养 | 第37-40页 |
| ·主要溶液的配制 | 第37-38页 |
| ·操作步骤 | 第38页 |
| ·菌落鉴定 | 第38-40页 |
| ·分离得到的大肠埃希氏菌 | 第40页 |
| 小结 | 第40-41页 |
| 第四章 所选大肠埃希氏菌持家基因 SNP 位点的识别及分析 | 第41-80页 |
| 1 实验材料 | 第41页 |
| ·主要试剂 | 第41页 |
| ·仪器和耗材 | 第41页 |
| 2 方法 | 第41-79页 |
| ·大肠埃希氏菌基因 DNA 提取 | 第41-43页 |
| ·大肠埃希氏菌菌液制备 | 第41页 |
| ·大肠埃希氏菌 DNA 提取 | 第41-42页 |
| ·大肠埃希氏菌 DNA 纯度检测 | 第42-43页 |
| ·大肠埃希氏菌持家基因扩增 | 第43-56页 |
| ·PCR 引物 | 第43页 |
| ·PCR 反应体系 | 第43-44页 |
| ·PCR 反应条件 | 第44页 |
| ·PCR 扩增结果 | 第44-56页 |
| ·clpX 基因扩增结果 | 第44-47页 |
| ·fadD 基因扩增结果 | 第47-50页 |
| ·mdh 基因扩增结果 | 第50-53页 |
| ·uidA 基因扩增结果 | 第53-56页 |
| ·大肠埃希氏菌持家基因扩增产物测序 | 第56页 |
| ·大肠埃希氏菌持家基因扩增产物测序结果分析 | 第56-70页 |
| ·大肠埃希氏菌持家基因扩增产物测序结果 | 第56页 |
| ·大肠埃希氏菌持家基因扩增产物测序结果 SNP 分析 | 第56-70页 |
| ·基于持家基因 SNP Profiels 的大肠埃希氏菌菌株地理来源分析 | 第70-77页 |
| ·基于 12 个 SNP 位点信息对分离株进行聚类分析 | 第70页 |
| ·根据 12 个位点的 SNP 谱聚类分析 | 第70-75页 |
| ·地理特异性 SNP Profiels 及 SNP Group | 第75-77页 |
| ·盲样测试 | 第77-79页 |
| ·盲样样品的准备 | 第77页 |
| ·盲样样品的 SNP 位点信息 | 第77-78页 |
| ·基于盲样 SNP 位点信息的来源分析 | 第78-79页 |
| 小结 | 第79-80页 |
| 第五章 大肠埃希氏菌分离株的 eBURST 分析 | 第80-95页 |
| 1 大肠埃希氏菌分离株的 ST 型 | 第80页 |
| 2 eBURST 分析 | 第80-86页 |
| ·数据的输入 | 第80-81页 |
| ·数据分析 | 第81-82页 |
| ·聚类图分析 | 第82-83页 |
| ·eBURST 分析与 SNP 分析的比较 | 第83-86页 |
| 小结 | 第86-95页 |
| 结果 | 第95-96页 |
| 参考文献 | 第96-102页 |
| 菌种附录 | 第102-108页 |
| 综述 | 第108-116页 |
| 参考文献 | 第113-116页 |
| 个人简历 | 第116-117页 |
| 致谢 | 第117页 |
