半导体测序仪测序数据分析方法研究
| 摘要 | 第6-7页 |
| abstract | 第7-8页 |
| 第1章 绪论 | 第11-17页 |
| 1.1 课题研究的背景和意义 | 第11-13页 |
| 1.1.1 研究背景 | 第11-12页 |
| 1.1.2 研究意义 | 第12-13页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第13-14页 |
| 1.3 课题研究的内容与目标 | 第14-15页 |
| 1.4 本文的主要工作和章节安排 | 第15-17页 |
| 第2章 半导体测序仪测序数据预处理 | 第17-31页 |
| 2.1 生成测序数据过程 | 第17-22页 |
| 2.1.1 半导体测序仪的介绍 | 第17页 |
| 2.1.2 测序流程 | 第17-21页 |
| 2.1.3 SFF文件信息 | 第21-22页 |
| 2.2 原始测序数据预处理 | 第22-24页 |
| 2.2.1 FASTQ文件信息 | 第22-24页 |
| 2.2.2 SFF文件转换为FASTQ文件 | 第24页 |
| 2.3 序列比对处理 | 第24-27页 |
| 2.3.1 人类参考基因组 | 第24-25页 |
| 2.3.2 人类参考基因组预处理 | 第25-26页 |
| 2.3.3 序列比对方法 | 第26-27页 |
| 2.4 基因组信息构建 | 第27-30页 |
| 2.5 本章小结 | 第30-31页 |
| 第3章 测序数据信息的提取与分析 | 第31-45页 |
| 3.1 实验数据出处及获取 | 第31页 |
| 3.2 测序数据信息提取 | 第31-38页 |
| 3.2.1 测序数据信息 | 第31-32页 |
| 3.2.2 匹配序列信息提取 | 第32-34页 |
| 3.2.3 测序仪中相关测序信息提取 | 第34-35页 |
| 3.2.4 构建快速查找SFF文件信息的方法 | 第35-37页 |
| 3.2.5 数据提取工具 | 第37-38页 |
| 3.3 影响测序数据电压信号的因素及其分组 | 第38-41页 |
| 3.3.1 内部影响因素 | 第38页 |
| 3.3.2 外部影响因素 | 第38-39页 |
| 3.3.3 多聚碱基电压信号的分组 | 第39-41页 |
| 3.4 多聚碱基电压信号分布 | 第41-44页 |
| 3.4.1 碱基类型不同的多聚碱基电压信号分布 | 第41-42页 |
| 3.4.2 长度不同的多聚碱基电压信号分布 | 第42页 |
| 3.4.3 反应位置不同的多聚碱基电压信号分布 | 第42-43页 |
| 3.4.4 前驱电压不同的多聚碱基电压信号分布 | 第43-44页 |
| 3.5 本章小结 | 第44-45页 |
| 第4章 构建预测多聚碱基长度的综合模型 | 第45-57页 |
| 4.1 基于朴素贝叶斯分类器的测序电压判别模型 | 第45-52页 |
| 4.1.1 朴素贝叶斯分类器 | 第45-47页 |
| 4.1.2 电压信号判别模型设计 | 第47-49页 |
| 4.1.3 具体识别步骤及结果 | 第49-52页 |
| 4.2 动态规划算法 | 第52-54页 |
| 4.2.1 全局比对 | 第52-53页 |
| 4.2.2 局部比对 | 第53-54页 |
| 4.3 综合模型构建 | 第54-55页 |
| 4.4 本章小结 | 第55-57页 |
| 第5章 测序数据预测结果验证及矫正 | 第57-66页 |
| 5.1 实验数据 | 第57-58页 |
| 5.2 提取测序数据信息的分布 | 第58-59页 |
| 5.3 实验结果验证 | 第59-64页 |
| 5.3.1 确定综合模型的权值 | 第59-61页 |
| 5.3.2 综合模型预测结果 | 第61-64页 |
| 5.4 测序数据矫正 | 第64-65页 |
| 5.5 本章小结 | 第65-66页 |
| 结论 | 第66-67页 |
| 参考文献 | 第67-72页 |
| 攻读硕士学位期间发表的论文和取得的科研成果 | 第72-73页 |
| 致谢 | 第73页 |
