| 中文摘要 | 第3-5页 |
| 英文摘要 | 第5-6页 |
| 1 绪论 | 第9-21页 |
| 1.1 HIV | 第9-10页 |
| 1.2 HIV-1蛋白酶结构与功能 | 第10-11页 |
| 1.3 HIV-1蛋白酶抑制剂 | 第11-16页 |
| 1.4 HIV-1蛋白酶抑制剂的结合与解离动力学 | 第16-17页 |
| 1.5 HIV-1蛋白酶抑制剂的计算机辅助药物设计研究进展 | 第17-20页 |
| 1.6 本文的主要研究内容 | 第20-21页 |
| 2 原理和方法 | 第21-29页 |
| 2.1 分子结构表征 | 第21-22页 |
| 2.1.1 基于物化性质的结构表征 | 第21页 |
| 2.1.2 基于分子力场的Volsurf结构表征 | 第21-22页 |
| 2.2 变量筛选与定量构效关系建模 | 第22-24页 |
| 2.2.1 变量筛选 | 第22页 |
| 2.2.2 偏最小二乘 | 第22页 |
| 2.2.3 支持向量机 | 第22-23页 |
| 2.2.4 模型质量评价 | 第23-24页 |
| 2.3 分子对接 | 第24-25页 |
| 2.3.1 分子对接原理 | 第24页 |
| 2.3.2 Surflex-Dock原理 | 第24-25页 |
| 2.4 分子动力学模拟 | 第25-29页 |
| 2.4.1 分子动力学 | 第25-26页 |
| 2.4.2 拉伸动力学 | 第26-29页 |
| 3 HIV-1蛋白酶抑制剂结合与解离速率常数预测 | 第29-47页 |
| 3.1 数据来源与处理 | 第29-31页 |
| 3.2 结果分析与讨论 | 第31-46页 |
| 3.2.1 基于物化描述子的建模结果 | 第31-35页 |
| 3.2.2 基于Volsurf描述子的建模结果 | 第35-42页 |
| 3.2.3 log(k_(on))、-log(k_(off))和-log(KD)模型优化 | 第42-46页 |
| 3.3 小结 | 第46-47页 |
| 4 HIV-1蛋白酶抑制剂分子对接与动力学模拟 | 第47-69页 |
| 4.1 分子对接 | 第47-53页 |
| 4.1.1 对接参数设置 | 第47页 |
| 4.1.2 结合位点表面分析 | 第47-50页 |
| 4.1.3 分子对接结果 | 第50-53页 |
| 4.2 MD模拟 | 第53-54页 |
| 4.3 动力学轨迹分析 | 第54-67页 |
| 4.3.1 模拟体系能量分析 | 第54-55页 |
| 4.3.2 模拟体系结构稳定性分析 | 第55-57页 |
| 4.3.3 临床药物与HIV-1蛋白酶复合物最低能量构象 | 第57-67页 |
| 4.4 小结 | 第67-69页 |
| 5 HIV-1蛋白酶抑制剂解离的拉伸动力学研究 | 第69-87页 |
| 5.1 拉伸动力学模拟 | 第69-71页 |
| 5.2 指纹图谱描述子 | 第71-85页 |
| 5.2.1 基于分子相互作用指纹的解离速率QSAR建模 | 第74-78页 |
| 5.2.2 相互作用指纹与解离相关性分析 | 第78-85页 |
| 5.3 小结 | 第85-87页 |
| 6 结论与展望 | 第87-89页 |
| 6.1 研究结论 | 第87页 |
| 6.2 前景展望 | 第87-89页 |
| 致谢 | 第89-91页 |
| 参考文献 | 第91-101页 |
| 附录 | 第101-105页 |
| A. 37个抑制剂的化学结构 | 第101-105页 |
| B. 作者在攻读硕士学位期间发表的论文目录 | 第105页 |
