| 摘要 | 第5-8页 |
| ABSTRACT | 第8-10页 |
| 第一章 绪论 | 第15-27页 |
| 1.1 木质素生物降解的代谢途径及相关生物酶的应用 | 第15-19页 |
| 1.1.1 木质素的结构 | 第15页 |
| 1.1.2 木质素生物降解路径及代谢中间产物邻苯二酚类化合物的形成 | 第15-18页 |
| 1.1.3 生物酶在造纸工业中的应用 | 第18-19页 |
| 1.2 双加氧酶的概述及其在降解木质素代谢中间产物中的应用 | 第19-24页 |
| 1.2.1 双加氧酶的活性中心及底物 | 第19-20页 |
| 1.2.2 双加氧酶催化的专一性 | 第20-22页 |
| 1.2.3 双加氧酶的作用机制 | 第22-23页 |
| 1.2.4 双加氧酶在降解邻苯二酚类化合物中的应用 | 第23-24页 |
| 1.3 本论文的硏究意义、目的及内容 | 第24-27页 |
| 第二章 理论基础与计算方法 | 第27-40页 |
| 2.1 经典力学 | 第27页 |
| 2.2 量子力学 | 第27-29页 |
| 2.2.1 Heisenberg测不准原理（Heisenberg Uncertainty Principle） | 第27-28页 |
| 2.2.2 Schr?dinger方程 | 第28-29页 |
| 2.3 电子结构计算 | 第29-33页 |
| 2.3.1 波恩-奥本海默近似值（Born Oppenheimer Approximation） | 第29-30页 |
| 2.3.2 Hartree Fock理论 | 第30-31页 |
| 2.3.3 基组 | 第31-32页 |
| 2.3.4 零点能 | 第32-33页 |
| 2.4 量子化学方法 | 第33-35页 |
| 2.4.1 密度泛函理论（DFT） | 第33-34页 |
| 2.4.2 酶的活化自由能DFT计算模型 | 第34-35页 |
| 2.5 分子动力学方法 | 第35页 |
| 2.6 量子力学与分子力学组合（QM/MM）方法 | 第35-40页 |
| 2.6.1 QM/MM分区 | 第35-36页 |
| 2.6.2 QM和MM方法的选择 | 第36-37页 |
| 2.6.3 MM能量表达式 | 第37页 |
| 2.6.4 QM/MM能量表达式 | 第37-38页 |
| 2.6.5 QM-MM的静电相互作用 | 第38-40页 |
| 第三章 2,3-HPCD催化HPCA的反应机理研究（质子介入） | 第40-67页 |
| 3.1 前言 | 第40-44页 |
| 3.2 模型的建立及计算方法 | 第44-46页 |
| 3.2.1 分子动力学模型的建立及研究 | 第44页 |
| 3.2.2 QM/MM模型及计算水平 | 第44-46页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第46-65页 |
| 3.3.1 烷基过氧化物（质子化形态）的形成机理 | 第46-60页 |
| 3.3.2 终产物的生成 | 第60-63页 |
| 3.3.3 H200X突变株对催化反应的影响 | 第63-65页 |
| 3.4 本章小结 | 第65-67页 |
| 第四章 2,3-HPCD催化 4NC的反应机理研究（非质子介入） | 第67-83页 |
| 4.1 前言 | 第67-69页 |
| 4.2 模型的建立及计算方法 | 第69-70页 |
| 4.2.1 分子动力学模型的建立及研究 | 第69页 |
| 4.2.2 QM/MM模型及计算水平 | 第69-70页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第70-81页 |
| 4.3.1 野生株催化 4NC的催化机理 | 第70-78页 |
| 4.3.2 Asn200突变株催化 4NC的催化机理 | 第78-81页 |
| 4.4 本章小结 | 第81-83页 |
| 第五章 DHBD催化 3MC开环的反应机理研究 | 第83-107页 |
| 5.1 前言 | 第83-84页 |
| 5.2 模型的建立及计算方法 | 第84-87页 |
| 5.2.1 分子动力学模型的建立及研究 | 第84-86页 |
| 5.2.2 QM/MM模型及计算水平 | 第86-87页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第87-106页 |
| 5.3.1 Fe-O2反应物种及其性质 | 第87-92页 |
| 5.3.2 烷基过氧化物的形成机理 | 第92-101页 |
| 5.3.3 O-O断裂机理 | 第101-102页 |
| 5.3.4 开环和终产物的形成 | 第102-105页 |
| 5.3.5 五重态的研究 | 第105-106页 |
| 5.4 本章小结 | 第106-107页 |
| 第六章 4,5-PCD催化PCA开环的反应机理研究 | 第107-121页 |
| 6.1 前言 | 第107-108页 |
| 6.2 计算方法和建模 | 第108-110页 |
| 6.2.1 分子动力学模型的建立及研究 | 第108-109页 |
| 6.2.2 QM/MM模型及计算水平 | 第109-110页 |
| 6.3 结果与讨论 | 第110-120页 |
| 6.3.1 Fe3+参与的酶催化反应机理 | 第111-116页 |
| 6.3.2 Fe2+参与的酶催化反应机理 | 第116-120页 |
| 6.4 本章小结 | 第120-121页 |
| 第七章 3,4-PCD催化 4FC开环的反应机理研究 | 第121-135页 |
| 7.1 前言 | 第121-123页 |
| 7.2 计算方法和建模 | 第123-124页 |
| 7.2.1 分子动力学模型的建立及研究 | 第123-124页 |
| 7.2.2 QM/MM模型及计算水平 | 第124页 |
| 7.3 结果与讨论 | 第124-134页 |
| 7.3.1 配体和酶蛋白的结合过程 | 第124-126页 |
| 7.3.2 3,4-PCD催化反应路径的研究 | 第126-134页 |
| 7.4 本章小结 | 第134-135页 |
| 结论与展望 | 第135-140页 |
| 结论 | 第135-138页 |
| 创新点 | 第138页 |
| 未来工作的展望 | 第138-140页 |
| 参考文献 | 第140-158页 |
| 攻读博士学位期间取得的研究成果 | 第158-159页 |
| 致谢 | 第159-160页 |
| 附件 | 第160页 |
