| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-31页 |
| 1.1 线粒体基因组 | 第11-18页 |
| 1.1.1 线粒体基因组概述 | 第11-14页 |
| 1.1.1.1 蛋白质编码基因 | 第12页 |
| 1.1.1.2 转运RNA基因 | 第12-13页 |
| 1.1.1.3 核糖体RNA基因 | 第13页 |
| 1.1.1.4 非编码区 | 第13-14页 |
| 1.1.2 线粒体基因组的遗传特征 | 第14-15页 |
| 1.1.3 鱼类线粒体基因组测定研究进展 | 第15-18页 |
| 1.2 密码子使用偏性 | 第18-23页 |
| 1.2.1 线粒体基因密码子使用偏性研究概述 | 第18-19页 |
| 1.2.2 密码子使用偏性的研究方法 | 第19-23页 |
| 1.2.2.1 相对同义密码子使用度(Relative Synonymous Codon Usage,RSCU) | 第19页 |
| 1.2.2.2 密码子偏性指数(Codon Bias Index,CBI) | 第19-20页 |
| 1.2.2.3 有效密码子数(Effective Number of Codon,ENC) | 第20页 |
| 1.2.2.4 密码子偏好参数(Codon Preference Parameter,CPP) | 第20-21页 |
| 1.2.2.5 最优密码子使用频率(Frequency of Optimal Codons,FOP) | 第21-22页 |
| 1.2.2.6 密码子适应指数(Codon Adaptation Index,CAI) | 第22-23页 |
| 1.2.3 密码子偏性分析的常用工具及网站 | 第23页 |
| 1.3 系统发育基因组学 | 第23-28页 |
| 1.3.1 系统发育基因组的概念 | 第23-24页 |
| 1.3.2 系统发育基因组学的研究方法 | 第24-28页 |
| 1.3.2.1 基因顺序法 | 第24-25页 |
| 1.3.2.2 多基因序列联合法 | 第25-26页 |
| 1.3.2.3 中短寡核甘酸的分布方法 | 第26-27页 |
| 1.3.2.4 代谢途径法 | 第27页 |
| 1.3.2.5 基因含量法 | 第27-28页 |
| 1.4 鳑皱亚科鱼类研究概述 | 第28-30页 |
| 1.4.1 鳑皱亚科鱼类的生物学特性 | 第28-29页 |
| 1.4.2 鳑皱亚科鱼类的形态学研究 | 第29页 |
| 1.4.3 鳑皱亚科鱼类的细胞与分子方面研究 | 第29-30页 |
| 1.5 本研究的目的与意义 | 第30-31页 |
| 第二章 鳑皱亚科三种鱼类的线粒体基因组全序列的特征 | 第31-63页 |
| 2.1 实验材料 | 第31-32页 |
| 2.2 实验方法 | 第32-39页 |
| 2.2.1 基因组DNA的提取 | 第32-33页 |
| 2.2.2 引物设计 | 第33页 |
| 2.2.3 PCR扩增 | 第33-36页 |
| 2.2.4 PCR产物纯化 | 第36-37页 |
| 2.2.5 PCR产物过膜纯化 | 第37-38页 |
| 2.2.6 测序反应 | 第38页 |
| 2.2.7 测序反应后纯化 | 第38-39页 |
| 2.2.8 数据处理 | 第39页 |
| 2.3 结果与分析 | 第39-63页 |
| 2.3.1 彩石鳑皱(Rhodeus lighti)鱼类线粒体基因组全序列特征 | 第39-47页 |
| 2.3.1.1 彩石鳑皱线粒体基因组组成 | 第39-40页 |
| 2.3.1.2 彩石鳑皱线粒体基因组核苷酸组成 | 第40页 |
| 2.3.1.3 彩石鳑皱线粒体中的蛋白质编码基因 | 第40页 |
| 2.3.1.4 彩石鳑皱线粒体中的tRNA基因和rRNA基因 | 第40-41页 |
| 2.3.1.5 彩石鳑皱线粒体基因组非编码区序列 | 第41-47页 |
| 2.3.2 彩副鱊(Paracheilognathus imberbis)鱼类线粒体基因组全序列特征 | 第47-55页 |
| 2.3.2.1 彩副鱊线粒体基因组组成 | 第47页 |
| 2.3.2.2 彩副鱊线粒体基因组核苷酸组成 | 第47页 |
| 2.3.2.3 彩副鱊线粒体中的蛋白质编码基因 | 第47-48页 |
| 2.3.2.4 彩副鱊线粒体中的tRNA基因和rRNA基因 | 第48页 |
| 2.3.2.5 彩副鱊线粒体基因组非编码区序列 | 第48-55页 |
| 2.3.3 广西副鱊(Paracheilognathus meridianus)鱼类线粒体基因组全序列特征 | 第55-63页 |
| 2.3.3.1 广西副鱊线粒体基因组组成 | 第55页 |
| 2.3.3.2 广西副鱊线粒体基因组核苷酸组成 | 第55页 |
| 2.3.3.3 广西副鱊线粒体中的蛋白质编码基因 | 第55-56页 |
| 2.3.3.4 广西副鱊线粒体中的tRNA基因和rRNA基因 | 第56页 |
| 2.3.3.5 广西副鱊线粒体基因组非编码区序列 | 第56-63页 |
| 第三章 鳑皱亚科鱼类线粒体基因组的比较研究 | 第63-87页 |
| 3.1 材料与方法 | 第63-64页 |
| 3.2 结果与分析 | 第64-83页 |
| 3.2.1 鳑皱亚科鱼类线粒体基因组整体比较 | 第65-68页 |
| 3.2.1.1 鳑皱亚科鱼类线粒体基因组结构组成和基因排序比较 | 第65页 |
| 3.2.1.2 鳑皱亚科鱼类线粒体基因组重叠区和间隔区比较 | 第65-68页 |
| 3.2.2 鳑皱亚科鱼类线粒体基因组核苷酸组成的比较 | 第68-73页 |
| 3.2.2.1 鳑皱亚科鱼类线粒体基因组核苷酸组成的比较 | 第68页 |
| 3.2.2.2 鳑皱亚科鱼类线粒体蛋白质编码基因核苷酸组成的比较 | 第68页 |
| 3.2.2.3 鳑皱亚科鱼类线粒体蛋白质编码基因起始和终止密码子的比较 | 第68-73页 |
| 3.2.3 鳑皱亚科鱼类线粒体基因组密码子使用偏性 | 第73-83页 |
| 3.2.3.1 密码子使用偏性 | 第73页 |
| 3.2.3.2 蛋白质编码基因氨基酸组成比较 | 第73-79页 |
| 3.2.3.3 核苷酸组成与密码子使用偏性的关系 | 第79-82页 |
| 3.2.3.4 进化选择压力与密码子使用偏性的关系 | 第82-83页 |
| 3.3 讨论 | 第83-87页 |
| 3.3.1 鳑皱亚科鱼类线粒体基因组整体比较 | 第83页 |
| 3.3.2 鳑皱亚科鱼类线粒体基因组核苷酸组成的比较 | 第83-84页 |
| 3.3.3 鳑皱亚科鱼类线粒体基因组密码子使用偏性 | 第84-87页 |
| 第四章 基于mtDNA的鳑皱亚科鱼类系统发育分析 | 第87-105页 |
| 4.1 材料与方法 | 第87-88页 |
| 4.1.1 数据来源和组成 | 第87页 |
| 4.1.2 碱基替换饱和性分析方法 | 第87-88页 |
| 4.1.3 系统发育树的构建方法 | 第88页 |
| 4.2 结果与分析 | 第88-92页 |
| 4.2.1 碱基替换饱和性分析 | 第88-91页 |
| 4.2.2 鳑皱亚科17种鱼类系统发育树的构建 | 第91-92页 |
| 4.2.2.1 邻接法(Neighbor-Joining,NJ)系统发育树构建 | 第91-92页 |
| 4.2.2.2 最大似然法(Maximum Likelihood,ML)系统发育树构建 | 第92页 |
| 4.3 讨论 | 第92-105页 |
| 4.3.1 碱基替换饱和性 | 第93页 |
| 4.3.2 鳑皱亚科鱼类的系统发育分析 | 第93-105页 |
| 第五章 结论 | 第105-107页 |
| 致谢 | 第107-109页 |
| 参考文献 | 第109-129页 |
| 攻读博士学位期间发表的论文 | 第129页 |
