| 摘要 | 第4-8页 |
| 英文摘要 | 第8-13页 |
| 第一章 生殖细胞发育的蛋白质组学研究综述 | 第18-34页 |
| 1.1 蛋白质组学研究概况 | 第18-22页 |
| 1.1.1 蛋白质组学技术 | 第18-20页 |
| 1.1.2 蛋白质组定量分析方法 | 第20-21页 |
| 1.1.3 磷酸化蛋白质组学 | 第21-22页 |
| 1.2 哺乳动物精子发育及蛋白质组研究进展 | 第22-28页 |
| 1.2.1 精子发生的过程 | 第22-23页 |
| 1.2.2 精子发生的调控 | 第23-25页 |
| 1.2.3 影响精子活力的因素 | 第25-27页 |
| 1.2.4 精子和精浆蛋白质组的研究进展 | 第27-28页 |
| 1.3 哺乳动物卵母细胞的成熟和蛋白质组学研究进展 | 第28-32页 |
| 1.3.1 卵母细胞成熟过程 | 第28-29页 |
| 1.3.2 卵母细胞减数分裂成熟 | 第29-30页 |
| 1.3.3 卵母细胞及其微环境的蛋白质组学研究 | 第30-32页 |
| 1.4 本课题的目的、研究意义和技术路线 | 第32-34页 |
| 第二章 水牛生殖细胞蛋白质组表达谱的构建和分析 | 第34-72页 |
| 2.1 材料和方法 | 第34-40页 |
| 2.1.1 实验材料 | 第34-36页 |
| 2.1.2 蛋白质样品制备 | 第36-37页 |
| 2.1.3 FASP酶切 | 第37-38页 |
| 2.1.4 液相色谱分离和质谱鉴定 | 第38-39页 |
| 2.1.5 数据库检索和生物信息学分析 | 第39-40页 |
| 2.2 结果 | 第40-64页 |
| 2.2.1 液相分离和数据采集 | 第40-42页 |
| 2.2.2 蛋白质组的理化性质和分布统计 | 第42-44页 |
| 2.2.3 蛋白质组的韦恩分析 | 第44-45页 |
| 2.2.4 高丰度蛋白质分析 | 第45-48页 |
| 2.2.5 生殖细胞蛋白质组的Gene Ontology (GO)分析 | 第48-51页 |
| 2.2.6 生殖细胞中功能蛋白质的挖掘 | 第51-54页 |
| 2.2.7 水牛生殖细胞蛋白质组数据库的构建 | 第54-55页 |
| 2.2.8 信号通路分析 | 第55-57页 |
| 2.2.9 蛋白质相互作用网络 | 第57-64页 |
| 2.3 讨论 | 第64-71页 |
| 2.3.1 生殖细胞蛋白质组数据集的文献比较分析 | 第65-67页 |
| 2.3.2 表达谱的重要功能蛋白质分析 | 第67-69页 |
| 2.3.3 与生殖细胞发育有关的重要信号通路 | 第69-71页 |
| 2.4 小结 | 第71-72页 |
| 第三章 水牛高、低活力精子差异蛋白质和磷酸化分析 | 第72-109页 |
| 3.1 材料与方法 | 第72-79页 |
| 3.1.1 实验材料 | 第72-74页 |
| 3.1.2 Percoll分离 | 第74页 |
| 3.1.3 蛋白质样本制备和TMT标记 | 第74-75页 |
| 3.1.4 液相色谱预分离和on-line LC-MS/MS分析 | 第75页 |
| 3.1.5 磷酸化肽富集和质谱分析 | 第75-76页 |
| 3.1.6 Western blot分析 | 第76-77页 |
| 3.1.7 RT-qPCR验证 | 第77-79页 |
| 3.1.8 数据处理与统计分析 | 第79页 |
| 3.2 结果与分析 | 第79-101页 |
| 3.2.1 高、低活力精子的Percoll分离结果 | 第79-80页 |
| 3.2.2 多维液相色谱分离 | 第80-83页 |
| 3.2.3 质量控制和差异蛋白质筛选 | 第83-85页 |
| 3.2.4 差异表达蛋白质(DEPs)分析 | 第85-92页 |
| 3.2.5 Western blot分析和qPCR验证 | 第92-93页 |
| 3.2.6 精子磷酸化蛋白质分析 | 第93-97页 |
| 3.2.7 磷酸化修饰位点差异分析 | 第97-100页 |
| 3.2.8 差异表达蛋白质、磷酸化蛋白质的互作网络 | 第100-101页 |
| 3.3 讨论 | 第101-108页 |
| 3.3.1 蛋白质定量分析和磷酸化富集策略 | 第101-103页 |
| 3.3.2 差异蛋白质的MGI生殖表型 | 第103-105页 |
| 3.3.3 低活力精子的核染色质异常 | 第105页 |
| 3.3.4 低活力精子中线粒体能量代谢水平降低和氧化压力 | 第105-106页 |
| 3.3.5 低活力精子尾部结构蛋白质与运动能力关系 | 第106-108页 |
| 3.4 小结 | 第108-109页 |
| 第四章 水牛成熟培养前后卵母细胞的蛋白质定量分析和转录组差异分析 | 第109-135页 |
| 4.1 材料与方法 | 第109-112页 |
| 4.1.1 试验材料 | 第109-110页 |
| 4.1.2 卵母细胞成熟培养 | 第110页 |
| 4.1.3 蛋白质提取 | 第110-111页 |
| 4.1.4 定量蛋白质组分析 | 第111页 |
| 4.1.5 转录组测序分析 | 第111页 |
| 4.1.6 转录组数据评估和处理 | 第111-112页 |
| 4.2 结果与分析 | 第112-127页 |
| 4.2.1 卵母细胞蛋白质的LC-MS分离 | 第112-114页 |
| 4.2.2 差异蛋白质组定量结果 | 第114-119页 |
| 4.2.3 卵母细胞成熟培养前后的转录组分析 | 第119-120页 |
| 4.2.4 成熟前后的差异表达基因(DEGs)筛选 | 第120-121页 |
| 4.2.5 差异表达基因的COG分析和通路分析 | 第121-123页 |
| 4.2.6 蛋白质组与转录组的关联分析 | 第123-127页 |
| 4.3 讨论 | 第127-133页 |
| 4.3.1 卵母细胞的转录组数据分析 | 第128-130页 |
| 4.3.2 卵母细胞成熟过程的蛋白质变化 | 第130-133页 |
| 4.3.3 多组学关联分析 | 第133页 |
| 4.4 小结 | 第133-135页 |
| 全文总结和研究展望 | 第135-137页 |
| 附录 | 第137-145页 |
| 附表1 主要缩略词对照 | 第137-138页 |
| 附表2 水牛精子蛋白质表达谱在KEGG数据库中富集到的代谢通路 | 第138-139页 |
| 附表3 水牛精浆蛋白质表达谱在KEGG数据库中富集到的代谢通路 | 第139页 |
| 附表4 水牛卵母细胞蛋白质表达谱在KEGG数据库中富集到的代谢通路 | 第139-140页 |
| 附表5 水牛卵泡液蛋白质在KEGG数据库中富集到的代谢通路 | 第140页 |
| 附表6 与精子活力有关的差异蛋白质信息 | 第140-145页 |
| 参考文献 | 第145-165页 |
| 致谢 | 第165-166页 |
| 攻读学位期间发表论文情况 | 第166页 |
