| 摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-10页 |
| 缩略词表 | 第11-12页 |
| 1 前言 | 第12-34页 |
| 1.1 水稻的驯化与群体结构 | 第13-16页 |
| 1.1.1 野生稻的驯化 | 第13-14页 |
| 1.1.2 水稻的籼粳分化 | 第14-15页 |
| 1.1.3 基于分子标记的水稻分类 | 第15-16页 |
| 1.2 作图群体 | 第16-18页 |
| 1.3 二代测序技术带来基因型鉴定上的革命性突破 | 第18-20页 |
| 1.4 水稻抽穗期的相关研究 | 第20-24页 |
| 1.4.1 水稻的光敏感性 | 第20页 |
| 1.4.2 水稻抽穗期的两个主要调控途径 | 第20-21页 |
| 1.4.3 水稻开花的抑制子 | 第21-23页 |
| 1.4.4 水稻开花的激活子 | 第23-24页 |
| 1.5 水稻全基因组关联分析的研究进展 | 第24-27页 |
| 1.6 MAGIC基因组结构研究 | 第27-28页 |
| 1.7 MAGIC的QTL作图方法 | 第28-29页 |
| 1.8 在作物中MAGIC群体的研究现状 | 第29-33页 |
| 1.9 本研究的目的和意义 | 第33-34页 |
| 2 籼粳亚群的抽穗期GWAS分析 | 第34-48页 |
| 2.1 材料和方法 | 第34-36页 |
| 2.1.1 植物材料、田间试验和抽穗期的调查 | 第34页 |
| 2.1.2 SNP数据库 | 第34页 |
| 2.1.3 全基因组关联分析 | 第34-35页 |
| 2.1.4 单倍型和统计分析 | 第35-36页 |
| 2.2 结果 | 第36-45页 |
| 2.2.1 海南和武汉水稻生长季节的日长 | 第36页 |
| 2.2.2 在503份品种中抽穗期的变异 | 第36-38页 |
| 2.2.3 长日照条件抽穗期的GWAS结果 | 第38-42页 |
| 2.2.4 短日照条件抽穗期的GWAS结果 | 第42页 |
| 2.2.5 11个已知抽穗期基因的单倍型水平关联分析 | 第42-43页 |
| 2.2.6 Ghd7和OsMADS56的单倍型分析 | 第43-45页 |
| 2.3 讨论 | 第45-48页 |
| 2.3.1 籼稻和粳稻的抽穗期具有不同的遗传基础 | 第45页 |
| 2.3.2 长日照和短日照条件有不同的抽穗期基因响应 | 第45-46页 |
| 2.3.3 单倍型水平的关联分析提高了鉴定QTL的能力 | 第46-48页 |
| 3 MAGIC群体bin图的构建与抽穗期QTL的检测 | 第48-73页 |
| 3.1 材料和方法 | 第48-53页 |
| 3.1.1 MAGIC群体的构建 | 第48-49页 |
| 3.1.2 田间管理和表型调查 | 第49页 |
| 3.1.3 样本制备、文库构建与测序 | 第49页 |
| 3.1.4 基因型的提取 | 第49-50页 |
| 3.1.5 基因组SNP变异的注释 | 第50页 |
| 3.1.6 基因型数据的过滤和补缺 | 第50页 |
| 3.1.7 进化树的构建和主成分分析 | 第50-51页 |
| 3.1.8 Bin图的构建 | 第51页 |
| 3.1.9 GWAS分析和bin水平的QTL检测 | 第51-53页 |
| 3.2 结果 | 第53-70页 |
| 3.2.1 MAGIC群体的构建及其群体结构 | 第53-55页 |
| 3.2.2 MAGIC群体测序与bin图构建 | 第55-58页 |
| 3.2.3 MAGIC亲本与群体的抽穗期的变异 | 第58-60页 |
| 3.2.4 SNP水平的GWAS检测结果 | 第60-62页 |
| 3.2.5 Bin水平的GWAS检测结果 | 第62-64页 |
| 3.2.6 QTL位点的等位基因比较 | 第64-65页 |
| 3.2.7 四个亲本间已知基因内部SNP的多态性分析 | 第65-70页 |
| 3.3 讨论 | 第70-73页 |
| 3.3.1 MAGIC群体的基因组组成 | 第70页 |
| 3.3.2 两种QTL检测方法的比较 | 第70-72页 |
| 3.3.3 MAGIC群体在育种和遗传研究上的优势 | 第72-73页 |
| 参考文献 | 第73-87页 |
| 附录 | 第87-102页 |
| 附录Ⅰ | 第87-89页 |
| 附录Ⅱ | 第89-91页 |
| 附录Ⅲ | 第91-92页 |
| 附录Ⅳ | 第92-95页 |
| 附录Ⅴ | 第95-97页 |
| 附录Ⅵ | 第97-98页 |
| 附录Ⅶ | 第98-99页 |
| 附录Ⅷ | 第99-100页 |
| 附录Ⅸ 作者简介 | 第100-102页 |
| 致谢 | 第102-104页 |
