| 第一章 引言 | 第22-66页 |
| 1 芳香烃化合物的污染概述 | 第22-23页 |
| 2 芳香烃污染物的微生物降解研究 | 第23-43页 |
| 2.1 降解途径 | 第23-30页 |
| 2.1.1 结构简单的芳烃化合物的降解 | 第23-24页 |
| 2.1.2 硝基取代芳烃 | 第24-26页 |
| 2.1.3 氯代芳香烃化合物 | 第26-30页 |
| 2.2 芳香烃化合物的共代谢降解 | 第30-34页 |
| 2.2.1 芳香烃化合物共代谢降解的生物学基础 | 第30-31页 |
| 2.2.2 芳香烃共代谢降解的生长底物与非生长底物 | 第31-32页 |
| 2.2.3 芳香烃共代谢降解的动力学研究 | 第32-34页 |
| 2.2.4 共代谢在芳香烃污染环境生物修复中的应用 | 第34页 |
| 2.3 细菌降解芳香烃化合物的酶学研究 | 第34-37页 |
| 2.3.1 外周降解途径的代谢酶 | 第35-36页 |
| 2.3.2 中心降解途径的催化酶 | 第36-37页 |
| 2.4 芳香烃化合物的降解基因研究 | 第37-43页 |
| 2.4.1 降解基因的组织和结构 | 第37-41页 |
| 2.4.2 降解基因的克隆策略 | 第41-43页 |
| 3 芳香烃化合物降解基因工程菌的构建研究进展 | 第43-52页 |
| 3.1 基因工程菌的构建策略 | 第43-47页 |
| 3.1.1 重组代谢途径 | 第43-45页 |
| 3.1.2 改变污染物代谢产物流向 | 第45-46页 |
| 3.1.3 同源基因体外随机拼接 | 第46-47页 |
| 3.2 基因工程菌的构建载体 | 第47-49页 |
| 3.3 基因工程菌构建研究中存在的问题 | 第49-50页 |
| 3.3.1 外源基因的遗传稳定性 | 第49页 |
| 3.3.2 基因工程菌的生态稳定性 | 第49-50页 |
| 3.3.3 基因工程细菌应用的生物安全性 | 第50页 |
| 3.4 芳香烃降解基因工程菌的应用 | 第50-52页 |
| 3.4.1 生物修复中的应用 | 第50-51页 |
| 3.4.2 废水的生物强化处理 | 第51页 |
| 3.4.3 生物修复的监控与评价 | 第51-52页 |
| 4 论文的目的、意义和内容 | 第52-55页 |
| 4.1 研究的目的和意义 | 第52-53页 |
| 4.2 研究内容 | 第53页 |
| 4.3 研究的创新之处 | 第53-55页 |
| 5 参考文献 | 第55-66页 |
| 第二章 芳香烃降解菌的筛选、分离、鉴定及其系统发育分析 | 第66-75页 |
| 1 材料和方法 | 第66-68页 |
| 1.1 分离源 | 第66页 |
| 1.2 培养基与试剂 | 第66-67页 |
| 1.3 细菌的分离 | 第67页 |
| 1.4 电镜研究 | 第67页 |
| 1.5 生理生化特性 | 第67页 |
| 1.6 16S rDNA的PCR扩增和序列分析 | 第67页 |
| 1.7 系统发育分析 | 第67-68页 |
| 2 结果与讨论 | 第68-72页 |
| 2.1 分离菌株菌体形态 | 第68-69页 |
| 2.2 细菌的部分生理生化特性测定 | 第69页 |
| 2.3 16S rDNA的PCR扩增和测序 | 第69-71页 |
| 2.4 三株菌的16S rDNA序列分析结果 | 第71-72页 |
| 2.5 分离菌株的系统发育分析 | 第72页 |
| 3 本章小结 | 第72-74页 |
| 4 参考文献 | 第74-75页 |
| 第三章 多食鞘氨醇杆菌ZD2共代谢降解五氯酚的研究 | 第75-87页 |
| 1 材料与方法 | 第75-77页 |
| 1.1 降解菌株 | 第75-76页 |
| 1.2 试剂与培养基 | 第76页 |
| 1.3 菌悬液的制备 | 第76页 |
| 1.4 PCP共代谢降解实验 | 第76页 |
| 1.5 SDS-PAGE电泳 | 第76页 |
| 1.6 分析方法 | 第76-77页 |
| 1.6.1 菌体浓度 | 第76页 |
| 1.6.2 PCP和苯酚浓度的测定 | 第76-77页 |
| 1.6.3 葡萄糖浓度的测定 | 第77页 |
| 1.6.4 PCP中间产物的测定 | 第77页 |
| 2 结果与讨论 | 第77-83页 |
| 2.1 苯酚为生长底物时PCP的降解 | 第77-78页 |
| 2.2 葡萄糖为生长底物时PCP的降解 | 第78-81页 |
| 2.3 共代谢关键酶的诱导机制 | 第81-82页 |
| 2.4 中间降解产物分析 | 第82-83页 |
| 3 本章小结 | 第83-85页 |
| 4 参考文献 | 第85-87页 |
| 第四章 睾丸酮丛毛单胞菌ZD 4-1和铜绿假单胞菌ZD 4-3降解芳香烃化合物的机理 | 第87-95页 |
| 1 材料和方法 | 第88-89页 |
| 1.1 培养基 | 第88页 |
| 1.2 主要仪器和试剂 | 第88页 |
| 1.3 细菌对苯酚的降解试验 | 第88页 |
| 1.4 细菌对其它芳香烃类污染物的利用实验 | 第88页 |
| 1.5 双加氧酶活性测定 | 第88-89页 |
| 1.6 苯酚降解液的扫描 | 第89页 |
| 1.7 苯酚以及总有机碳测定方法 | 第89页 |
| 2 结果和讨论 | 第89-93页 |
| 2.1 苯酚降解液的扫描 | 第89-90页 |
| 2.2 双加氧酶活性测定 | 第90页 |
| 2.3 两株菌对芳烃的降解 | 第90-93页 |
| 2.3.1 两株菌对苯酚的降解及矿化 | 第90-91页 |
| 2.3.2 两株菌降解苯酚的pH条件 | 第91-92页 |
| 2.3.3 两株菌对其它芳香烃的利用试验 | 第92-93页 |
| 3 本章小结 | 第93-94页 |
| 4 参考文献 | 第94-95页 |
| 第五章 铜绿假单胞菌ZD 4-3中邻苯二酚2,3-双加氧酶基因(pheB)的定位、克隆和表达 | 第95-108页 |
| 1 材料与方法 | 第96-99页 |
| 1.1 质粒与菌株 | 第96页 |
| 1.2 主要酶和试剂 | 第96页 |
| 1.3 质粒消除实验 | 第96-97页 |
| 1.4 细菌pheB基因的克隆和表达 | 第97-98页 |
| 1.4.1 PCR扩增引物的设计和PCR扩增条件 | 第97-98页 |
| 1.4.2 pheB基因克隆载体及表达载体的构建策略 | 第98页 |
| 1.5 Southern杂交实验 | 第98-99页 |
| 1.6 菌体培养上清液和粗酶提取液的制备 | 第99页 |
| 1.7 双加氧酶活性和蛋白质测定 | 第99页 |
| 1.8 分子克隆方法 | 第99页 |
| 2 结果与讨论 | 第99-104页 |
| 2.1 pheB基因的定位 | 第99-102页 |
| 2.1.1 质粒消除实验 | 第99页 |
| 2.1.2 PCR检测 | 第99-100页 |
| 2.1.3 Southern杂交 | 第100-102页 |
| 2.2 pheB基因的克隆与载体构建 | 第102-103页 |
| 2.3 pheB表达载体的构建 | 第103-104页 |
| 2.4 pheB基因在大肠杆菌中的表达 | 第104页 |
| 3 本章小结 | 第104-106页 |
| 4 参考文献 | 第106-108页 |
| 第六章 邻苯二酚2,3-双加氧酶编码基因pheB的序列与功能分析 | 第108-115页 |
| 1 材料与方法 | 第109页 |
| 1.1 比对序列 | 第109页 |
| 1.2 生物信息学软件 | 第109页 |
| 2 结果与讨论 | 第109-113页 |
| 2.1 双加氧酶氨基酸序列的同源性分析 | 第109-112页 |
| 2.2 同源性比对值 | 第112页 |
| 2.3 外二元醇双加氧酶的进化树分析 | 第112-113页 |
| 3 本章小结 | 第113-114页 |
| 4 参考文献 | 第114-115页 |
| 第七章 pheB和gfp基因的融合蛋白基因fpg的构建与表达 | 第115-130页 |
| 1 材料与方法 | 第116-119页 |
| 1.1 菌种与质粒 | 第116页 |
| 1.2 工具酶与试剂 | 第116页 |
| 1.3 模板与引物 | 第116-117页 |
| 1.4 DNA的酶切、连接、转化 | 第117页 |
| 1.5 三引物PCR扩增条件 | 第117-118页 |
| 1.6 融合蛋白基因fpg的克隆载体及表达载体构建 | 第118-119页 |
| 1.7 SDS-PAGE检测融合基因表达蛋白 | 第119页 |
| 1.8 双加氧酶活性和蛋白质测定 | 第119页 |
| 1.9 荧光显微镜检测 | 第119页 |
| 2 结果与讨论 | 第119-127页 |
| 2.1 三引物PCR的原理 | 第119-120页 |
| 2.2 融合基因fpg及其克隆载体的构建 | 第120-121页 |
| 2.3 fpg基因重组质粒pGEM T-fpg的构建与测序鉴定 | 第121-125页 |
| 2.4 pUC18-fpg重组载体的构建及转化 | 第125页 |
| 2.5 SDS-PAGE电泳结果 | 第125-126页 |
| 2.6 荧光显微镜观察 | 第126-127页 |
| 2.7 双加氧酶的活性检测 | 第127页 |
| 3 本章小结 | 第127-128页 |
| 4 参考文献 | 第128-130页 |
| 第八章 基因工程菌Comamonas testosteroni ZD4-1-fpg的构建 | 第130-141页 |
| 1 材料与方法 | 第131-133页 |
| 1.1 菌种与质粒 | 第131页 |
| 1.2 工具酶与试剂 | 第131页 |
| 1.3 重组辅助转基因载体pUC18N-fpg的构建 | 第131页 |
| 1.4 重组转座子载体pUT-Hg-fpg的构建 | 第131-132页 |
| 1.5 双亲结合转化实验 | 第132-133页 |
| 1.6 荧光显微镜检测 | 第133页 |
| 1.7 fpg基因稳定性检测 | 第133页 |
| 1.8 DNA的提取、酶切、连接、转化实验 | 第133页 |
| 2 结果与讨论 | 第133-138页 |
| 2.1 转座子载体pUT-Hg | 第133-134页 |
| 2.2 辅助质粒载体以及转座子载体的构建 | 第134-135页 |
| 2.3 双亲接合转移实验 | 第135-136页 |
| 2.4 荧光显微镜检测 | 第136页 |
| 2.5 邻苯二酚2,3-双加氧酶活性检测 | 第136-137页 |
| 2.6 fpg基因稳定性检测 | 第137-138页 |
| 3 本章小结 | 第138-139页 |
| 4 参考文献 | 第139-141页 |
| 第九章 主要研究结论与展望 | 第141-146页 |
| 1 主要研究结论 | 第141-143页 |
| 1.1 芳香烃降解菌的分离、鉴定和系统发育分析 | 第141页 |
| 1.2 多食鞘氨醇杆菌ZD 2共代谢降解五氯酚的研究 | 第141页 |
| 1.3 睾丸酮丛毛单胞菌ZD 4-1和铜绿假单胞菌ZD 4-3降解芳香烃化合物的机理 | 第141-142页 |
| 1.4 铜绿假单胞菌ZD 4-3中邻苯二酚2,3-双加氧酶基因(pheB)的定位、克隆和表达 | 第142页 |
| 1.5 邻苯二酚双加氧酶编码基因pheB的序列与功能分析 | 第142页 |
| 1.6 融合基因fpg的构建与表达 | 第142-143页 |
| 1.7 基因工程菌Comamonas testosteroni ZD4-1-fpg的构建 | 第143页 |
| 2 研究展望 | 第143-146页 |
| 2.1 芳香烃化合物降解基因工程菌构建策略的选择 | 第143-144页 |
| 2.2 芳香烃降解菌中芳香烃降解基因的克隆 | 第144页 |
| 2.3 高效启动子的筛选 | 第144页 |
| 2.4 利用基因打靶技术将基因插入到受体菌中的非重要功能区 | 第144-146页 |
| 致谢 | 第146-147页 |
| 附 攻读博士期间发表及撰写的文章 | 第147页 |
