| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 引言 | 第11-13页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-26页 |
| 1.1 微孢子虫概述 | 第13-15页 |
| 1.2 微孢子虫的生物学特征 | 第15-18页 |
| 1.2.1 微孢子虫形态结构 | 第15-16页 |
| 1.2.2 微孢子虫的生活生殖史 | 第16-18页 |
| 1.3 微孢子虫的基因组研究 | 第18-23页 |
| 1.3.1 基因组学测序研究概况 | 第18-20页 |
| 1.3.2 微孢子虫独特的压缩的基因组 | 第20-21页 |
| 1.3.3 微孢子虫的基因水平转移 | 第21-23页 |
| 1.4 微孢子虫的功能蛋白 | 第23-25页 |
| 1.4.1 结构蛋白-孢壁蛋白 | 第23页 |
| 1.4.2 凝集素蛋白-ricin b lectin | 第23-24页 |
| 1.4.3 极管蛋白 | 第24-25页 |
| 1.5 微孢子虫-宿主相互作用 | 第25-26页 |
| 第二章 蝗虫微孢子虫孢壁蛋白 | 第26-41页 |
| 2.1 材料与方法 | 第26-30页 |
| 2.1.1 微孢子虫和飞蝗 | 第26页 |
| 2.1.2 蛋白裂解、2-D电泳和MALDI-TOF质谱分析 | 第26页 |
| 2.1.3 通过5',3'cDNA末端快速克隆(RACE)技术获得全长基因 | 第26-27页 |
| 2.1.4 生物信息学分析 | 第27页 |
| 2.1.5 重组蛋白的表达、纯化,抗体制备,SDS-PAGE分析以及Western-blot鉴定 | 第27-28页 |
| 2.1.6 免疫荧光分析 | 第28页 |
| 2.1.7 免疫定位分析 | 第28-29页 |
| 2.1.8 RT-PCR分析 | 第29页 |
| 2.1.9 AlocSWP2 RNAi效果检测 | 第29-30页 |
| 2.1.10 RNAi敲降AlocSWP2表达后的飞蝗存活率及其孢子含量 | 第30页 |
| 2.2 结果与分析 | 第30-37页 |
| 2.2.1 蝗虫微孢子虫孢壁蛋白的鉴定及其特征 | 第30-33页 |
| 2.2.2 AlocSWP2定位于孢壁 | 第33-34页 |
| 2.2.3 由于AlocSWP2贡献孢子的形成,RNAi处理敲降AlocSWP2的表达同时降低了感染飞蝗的死亡率 | 第34-37页 |
| 2.3 结论与讨论 | 第37-41页 |
| 第三章 蝗虫微孢子虫全基因组精细图谱 | 第41-59页 |
| 3.1 材料与方法 | 第41-44页 |
| 3.1.1 蝗虫微孢子虫全基因组DNA的提取 | 第41-42页 |
| 3.1.2 采用Illumina HiSeq平台对蝗虫微孢子虫基因组进行二代de novo测序 | 第42-43页 |
| 3.1.3 采用PacBio RSⅡ SMRT平台对蝗虫微孢子虫基因组进行三代denovo测序 | 第43-44页 |
| 3.2 结果与分析 | 第44-58页 |
| 3.2.1 用于基因组测序的高质量的蝗虫微孢子虫基因组DNA的获得 | 第44-45页 |
| 3.2.2 蝗虫微孢子虫Illumina二代基因组测序数据质量分析 | 第45-47页 |
| 3.2.3 蝗虫微孢子虫Illumina二代基因组测序的组装 | 第47-48页 |
| 3.2.4 蝗虫微孢子虫PacBio RSⅡ SMRT三代基因组测序数据分析 | 第48-49页 |
| 3.2.5 蝗虫微孢子虫二代联合三代测序的基因组组装 | 第49-50页 |
| 3.2.6 蝗虫微孢子虫编码基因预测 | 第50-51页 |
| 3.2.7 蝗虫微孢子虫非编码RNA预测 | 第51页 |
| 3.2.8 蝗虫微孢子虫基因组重复序列分析 | 第51-52页 |
| 3.2.9 蝗虫微孢子虫全基因组功能注释 | 第52-55页 |
| 3.2.10 高质量的蝗虫微孢子虫全基因组精细图谱 | 第55-58页 |
| 3.3 结论与讨论 | 第58-59页 |
| 第四章 蝗虫微孢子虫与飞蝗转录组水平上的互作关系分析 | 第59-89页 |
| 4.1 材料与方法 | 第59-62页 |
| 4.1.1 感染和健康的飞蝗中肠和脂肪体组织总RNA的提取 | 第59页 |
| 4.1.2 Illumina Hiseq对真核生物mRNA测序 | 第59-60页 |
| 4.1.3 Illumina Hiseq对真核生物lncRNA测序 | 第60页 |
| 4.1.4 转录组测序的分析流程 | 第60-62页 |
| 4.2 结果与分析 | 第62-85页 |
| 4.2.1 感染和健康微孢子虫的飞蝗总RNA的提取 | 第62-63页 |
| 4.2.2 测序数据质量分析 | 第63页 |
| 4.2.3 转录本reads与参考基因组比对分析 | 第63页 |
| 4.2.4 Reads在蝗虫微孢子虫染色体上的密度分布情况 | 第63-65页 |
| 4.2.5 宿主与寄生虫的可变剪切事件分类和统计 | 第65-67页 |
| 4.2.6 感染和健康飞蝗体内转录本的相关性 | 第67-68页 |
| 4.2.7 差异表达基因 | 第68-72页 |
| 4.2.8 差异表达基因GO富集分析 | 第72-75页 |
| 4.2.9 差异表达基因KEGG富集分析 | 第75-79页 |
| 4.2.10 差异表达基因主成分分析 | 第79-80页 |
| 4.2.11 蛋白功能互作网络分析 | 第80-82页 |
| 4.2.12 lncRNA测序数据处理 | 第82-83页 |
| 4.2.13 lncRNA靶基因的预测 | 第83页 |
| 4.2.14 lncRNA差异表达的筛选及其靶基因聚类分析 | 第83-84页 |
| 4.2.15 lncRNA差异表达的靶基因KEGG通路富集 | 第84-85页 |
| 4.3 结论与讨论 | 第85-89页 |
| 第五章 结论 | 第89-91页 |
| 5.1 主要结论 | 第89页 |
| 5.2 创新点 | 第89页 |
| 5.3 尚未解决的问题及展望 | 第89-91页 |
| 参考文献 | 第91-100页 |
| 致谢 | 第100页 |
