| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 第一章 确定oxime在AChE中的质子化状态 | 第11-31页 |
| 1.1 引言 | 第11-15页 |
| 1.2 方法 | 第15-19页 |
| 1.2.1 建立确定小分子在蛋白活性口袋中质子化状态的方法 | 第15-17页 |
| 1.2.1.1 构建热力学循环 | 第15-16页 |
| 1.2.1.2 体系准备 | 第16页 |
| 1.2.1.3 分子动力学模拟 | 第16页 |
| 1.2.1.4 能量的计算 | 第16-17页 |
| 1.2.2 pK_a值的计算 | 第17-19页 |
| 1.3 结果与讨论 | 第19-30页 |
| 1.3.1 pK_a值理论计算方法的评估 | 第19-22页 |
| 1.3.2 计算HI6的pK_a值 | 第22-24页 |
| 1.3.3 确定HI6在AChE中的质子化状态 | 第24-30页 |
| 1.3.3.1 验证热力学循环的准确性 | 第24-27页 |
| 1.3.3.2 确定HI6在AChE中的质子化状态 | 第27-30页 |
| 1.4 结论 | 第30-31页 |
| 第二章 发展新的基于AutoDock的对接方法 | 第31-40页 |
| 2.1 引言 | 第31-34页 |
| 2.2 方法 | 第34-37页 |
| 2.2.1 设计新的打分函数 | 第34-35页 |
| 2.2.2 发展基于AutoDock确定蛋白活性口袋中的关键水的方法 | 第35-36页 |
| 2.2.3 挑选排除水和保留水的方法 | 第36-37页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第37-39页 |
| 2.3.1 关键水的确定结果 | 第37-38页 |
| 2.3.2 基于新设计的打分函数和挑选排除水和保留水方法的对接结果 | 第38-39页 |
| 2.4 结论 | 第39-40页 |
| 第三章 对酶的老化反应进行逆转的探索 | 第40-51页 |
| 3.1 引言 | 第40-41页 |
| 3.2 方法 | 第41-42页 |
| 3.2.1 体系准备 | 第41-42页 |
| 3.2.2 分子动力学模拟 | 第42页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第42-50页 |
| 3.4 结论 | 第50-51页 |
| 全文总结 | 第51-53页 |
| 参考文献 | 第53-63页 |
| 综述 | 第63-76页 |
| 参考文献 | 第72-76页 |
| 致谢 | 第76-77页 |
| 附录 | 第77-93页 |
| 附录1 (攻读学位期间发表论文目录) | 第77-78页 |
| 附录2 (图表) | 第78-93页 |
| 附录部分的参考文献 | 第93页 |
