| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 缩略语表 | 第8-12页 |
| 第一章 引言 | 第12-20页 |
| 1.1 细菌铜抗性机制 | 第12-14页 |
| 1.1.1 cue系统 | 第12页 |
| 1.1.2 cus系统 | 第12-13页 |
| 1.1.3 pco系统 | 第13页 |
| 1.1.4 cop系统 | 第13-14页 |
| 1.2 贪铜菌属细菌对铜的抗性机制 | 第14-16页 |
| 1.2.1 贪铜菌属对重金属的抗性 | 第14-15页 |
| 1.2.2 新颖的重金属抗性细菌——Cupriavidus gilardii CR3 | 第15-16页 |
| 1.3 细菌的双组份信号传导系统 | 第16-17页 |
| 1.3.1 细菌的双组份信号系统 | 第16页 |
| 1.3.2 贪铜菌双组份信号系统的研究现状 | 第16-17页 |
| 1.4 基因差异表达技术 | 第17-18页 |
| 1.4.1 实时荧光定量PCR技术手段 | 第17页 |
| 1.4.2 实时荧光定量PCR数据分析 | 第17-18页 |
| 1.5 本文的研究目标与内容 | 第18-20页 |
| 1.5.1 研究目标 | 第18页 |
| 1.5.2 研究内容 | 第18-20页 |
| 第二章 Cupriavidus gilardii CR3全基因组双组份信号系统预测及功能域分析 | 第20-32页 |
| 2.1 引言 | 第20页 |
| 2.2 材料与方法 | 第20-21页 |
| 2.2.1 C. gilardii CR3基因组信息获取 | 第20页 |
| 2.2.2 C. gilardii CR3的HK和RR的鉴定 | 第20-21页 |
| 2.2.3 HK和RR蛋白配对分类 | 第21页 |
| 2.2.4 HK蛋白和RR蛋白的结构域分析 | 第21页 |
| 2.2.5 C. gilardii CR3双组份信号系统功能推测 | 第21页 |
| 2.3 结果与分析 | 第21-30页 |
| 2.3.1 C. gilardii CR3中TCS蛋白分布特征 | 第21-23页 |
| 2.3.2 C. gilardii CR3中HK的分类 | 第23-26页 |
| 2.3.3 C. gilardii CR3中RR的分类 | 第26-28页 |
| 2.3.4 C. gilardii CR3中双组份系统的功能预测 | 第28页 |
| 2.3.5 C. gilardii CR3双组份信号系统与贪铜菌属其他细菌对比分析 | 第28-30页 |
| 2.4 讨论 | 第30-31页 |
| 2.5 本章小结 | 第31-32页 |
| 第三章 铜抗性双组份信号基因copSR的克隆和序列分析 | 第32-40页 |
| 3.1 引言 | 第32页 |
| 3.2 材料与方法 | 第32-35页 |
| 3.2.1 菌株、质粒、引物和培养条件 | 第32-33页 |
| 3.2.2 基因组DNA提取 | 第33页 |
| 3.2.3 双组份基因copSR的鉴定 | 第33-34页 |
| 3.2.4 PCR产物回收 | 第34页 |
| 3.2.5 PCR产物克隆 | 第34-35页 |
| 3.2.6 质粒提取 | 第35页 |
| 3.2.7 双组份系统基因copSR序列分析 | 第35页 |
| 3.3 结果与分析 | 第35-38页 |
| 3.3.1 PCR扩增鉴定 | 第35-36页 |
| 3.3.2 克隆子鉴定 | 第36页 |
| 3.3.3 copSR基因序列分析结果 | 第36-38页 |
| 3.4 讨论 | 第38-39页 |
| 3.5 本章小结 | 第39-40页 |
| 第四章 双组份信号基因copSR在Cu2+胁迫下的基因差异表达 | 第40-51页 |
| 4.1 引言 | 第40页 |
| 4.2 材料与方法 | 第40-44页 |
| 4.2.1 菌种、引物和培养条件 | 第40-41页 |
| 4.2.2 实验试剂与仪器 | 第41页 |
| 4.2.3 菌株收集及铜抗性曲线的测定 | 第41-42页 |
| 4.2.4 RNA提取 | 第42页 |
| 4.2.5 cDNA的合成 | 第42页 |
| 4.2.6 Real-time qPCR | 第42-43页 |
| 4.2.7 数据统计分析方法 | 第43-44页 |
| 4.3 结果与分析 | 第44-49页 |
| 4.3.1 C. gilardii CR3的生长曲线 | 第44页 |
| 4.3.2 Total RNA质量鉴定 | 第44-45页 |
| 4.3.3 内参基因评估结果 | 第45页 |
| 4.3.4 引物特异性评估 | 第45-46页 |
| 4.3.5 目的基因标准曲线评估 | 第46-47页 |
| 4.3.6 Cu2+胁迫下铜抗性基因copSR在不同生长阶段的基因差异表达 | 第47-49页 |
| 4.3.7 铜抗性基因copSR在不同浓度Cu2+胁迫下的基因差异表达 | 第49页 |
| 4.4 讨论 | 第49-50页 |
| 4.5 本章小结 | 第50-51页 |
| 第五章 双组份信号系统蛋白CopSR的生物信息学分析 | 第51-59页 |
| 5.1 引言 | 第51页 |
| 5.2 实验方法 | 第51页 |
| 5.2.1 C. gilardii CR3的CopSR蛋白一级序列分析 | 第51页 |
| 5.2.2 C. gilardii CR3的CopSR蛋白二级结构预测 | 第51页 |
| 5.2.3 C. gilardii CR3的CopSR蛋白三级结构预测 | 第51页 |
| 5.2.4 C. gilardii CR3的KEGG代谢通路分析 | 第51页 |
| 5.3 结果与分析 | 第51-57页 |
| 5.3.1 Cop SR蛋白一级结构分析 | 第51-53页 |
| 5.3.2 Cop SR蛋白二级结构分析 | 第53-56页 |
| 5.3.3 Cop SR蛋白三级结构预测 | 第56-57页 |
| 5.3.4 Cop SR蛋白代谢通路分析 | 第57页 |
| 5.4 讨论 | 第57-58页 |
| 5.5 本章小结 | 第58-59页 |
| 第六章 结论 | 第59-60页 |
| 参考文献 | 第60-69页 |
| 附录 | 第69-73页 |
| 致谢 | 第73-74页 |
| 在学期间公开发表论文情况 | 第74页 |
