| 摘要 | 第6-9页 |
| Abstract | 第9-12页 |
| 第一章 文献综述 | 第17-41页 |
| 1.1 日本沼虾生理生态与养殖现状 | 第17-21页 |
| 1.1.1 日本沼虾形态特征与生态习性 | 第17-18页 |
| 1.1.2 日本沼虾的繁殖特性 | 第18页 |
| 1.1.3 日本沼虾的胚胎发育过程 | 第18-19页 |
| 1.1.4 日本沼虾的幼体发育过程 | 第19页 |
| 1.1.5 日本沼虾的蜕壳与生长 | 第19-20页 |
| 1.1.6 日本沼虾在我国的养殖现状与性早熟问题 | 第20-21页 |
| 1.2 甲壳动物性早熟研究现状 | 第21-29页 |
| 1.2.1 性早熟对甲壳动物的影响 | 第21-22页 |
| 1.2.2 造成甲壳动物性早熟的因素 | 第22-27页 |
| 1.2.3 甲壳动物性早熟的控制方法 | 第27-28页 |
| 1.2.4 解决甲壳动物性早熟问题的研究方向 | 第28-29页 |
| 1.3 甲壳动物卵巢的研究进展 | 第29-38页 |
| 1.3.1 甲壳动物卵巢组织形态学和卵巢发育分期的研究 | 第29-30页 |
| 1.3.2 卵巢内卵子的形成过程和分子调控机制的研究 | 第30-31页 |
| 1.3.3 甲壳动物卵巢发育相关基因的研究 | 第31-38页 |
| 1.4 日本沼虾卵巢发育及其相关基因的研究现状 | 第38-40页 |
| 1.5 本研究的目的及意义 | 第40-41页 |
| 第二章 基于转录组测序（RNA-SEQ）的日本沼虾性早熟相关基因的筛选 | 第41-74页 |
| 2.1 材料与方法 | 第43-50页 |
| 2.1.1 实验用虾 | 第43-44页 |
| 2.1.2 总RNA的提取和质量检测 | 第44-45页 |
| 2.1.3 转录组测序文库的制备 | 第45页 |
| 2.1.4 Illumina Hiseq2500/Miseq上机测序 | 第45-46页 |
| 2.1.5 原始测序数据获得及质量控制 | 第46页 |
| 2.1.6 转录组从头组装 | 第46页 |
| 2.1.7 组装后转录组的注释 | 第46-47页 |
| 2.1.8 分子标记检测 | 第47页 |
| 2.1.9 差异表达分析 | 第47-48页 |
| 2.1.10 差异基因的功能注释 | 第48页 |
| 2.1.11 差异基因表达模式聚类分析 | 第48页 |
| 2.1.12 差异基因的显著富集性分析 | 第48-49页 |
| 2.1.13 差异基因的实时荧光定量PCR（QPCR）验证 | 第49-50页 |
| 2.2 结果分析 | 第50-68页 |
| 2.2.1 日本沼卵巢组织总RNA的检测 | 第50页 |
| 2.2.2 转录组测序和序列的组装 | 第50-51页 |
| 2.2.3 转录组序列的功能注释 | 第51-53页 |
| 2.2.4 GO、COG和KEGG功能分类 | 第53-55页 |
| 2.2.5 繁殖相关信号通路和基因的鉴别 | 第55-56页 |
| 2.2.6 SSR和SNP的鉴别 | 第56-59页 |
| 2.2.7 差异表达基因的鉴别 | 第59-60页 |
| 2.2.8 差异基因GO注释 | 第60-61页 |
| 2.2.9 差异基因KEGG注释 | 第61页 |
| 2.2.10 差异基因表达模式聚类分析 | 第61-64页 |
| 2.2.11 差异基因的显著富集性分析 | 第64-66页 |
| 2.2.12 日本沼虾性早熟相关基因的鉴别 | 第66页 |
| 2.2.13 差异基因的实时荧光定量PCR（QPCR）验证 | 第66-68页 |
| 2.3 讨论 | 第68-72页 |
| 2.3.1 转录组序列和功能注释分析 | 第68-69页 |
| 2.3.2 性早熟相关的差异基因分析 | 第69-72页 |
| 2.3.3 差异基因的验证及SSRs和SNPs分析 | 第72页 |
| 2.4 小结 | 第72-74页 |
| 第三章 日本沼虾性早熟相关基因NM23、RPL24、COX、CST和RRM1的克隆和序列分析 | 第74-117页 |
| 3.1 材料与方法 | 第78-81页 |
| 3.1.1 材料 | 第78页 |
| 3.1.2 RNA的提取及检测 | 第78页 |
| 3.1.3 反转录反应 | 第78页 |
| 3.1.4 引物设计 | 第78页 |
| 3.1.5 各基因ORF区序列的PCR扩增 | 第78-79页 |
| 3.1.6 PCR产物的回收和纯化 | 第79页 |
| 3.1.7 目的片段的克隆与测序 | 第79-80页 |
| 3.1.8 基因 3’ UTR和 5’UTR序列的获得 | 第80-81页 |
| 3.1.9 基因全长cDNA序列的获得 | 第81页 |
| 3.1.10 基因序列的生物信息学分析 | 第81页 |
| 3.2 结果分析 | 第81-111页 |
| 3.2.1 MnNM23基因全长cDNA的克隆及生物信息学分析 | 第81-87页 |
| 3.2.2 MnRPL24基因全长cDNA的克隆及生物信息学分析 | 第87-93页 |
| 3.2.3 MnCOX基因全长cDNA的克隆及生物信息学分析 | 第93-99页 |
| 3.2.4 MnCST基因全长cDNA的克隆及生物信息学分析 | 第99-106页 |
| 3.2.5 MnRRM1基因全长cDNA的克隆及生物信息学分析 | 第106-111页 |
| 3.3 讨论 | 第111-116页 |
| 3.3.1 MnNM23基因 | 第111-112页 |
| 3.3.2 MnRPL24基因 | 第112-113页 |
| 3.3.3 MnCOX基因 | 第113-114页 |
| 3.3.4 MnCST基因 | 第114-115页 |
| 3.3.5 MnRRM1基因 | 第115-116页 |
| 3.4 小结 | 第116-117页 |
| 第四章 MNNM23、MNRPL24、MNCOX、MNCST和MNRRM1基因的表达分析 | 第117-132页 |
| 4.1 材料与方法 | 第117-119页 |
| 4.1.1 实验材料的采集 | 第117-118页 |
| 4.1.2 RNA的提取及检测 | 第118页 |
| 4.1.3 反转录反应 | 第118页 |
| 4.1.4 引物设计 | 第118页 |
| 4.1.5 实时定量PCR（QPCR）反应 | 第118页 |
| 4.1.6 数据处理及统计分析 | 第118-119页 |
| 4.2 结果分析 | 第119-127页 |
| 4.2.1 MnNM23基因的表达分析 | 第119页 |
| 4.2.2 MnRPL24基因的表达分析 | 第119-122页 |
| 4.2.3 MnCOX基因的表达分析 | 第122页 |
| 4.2.4 MnCST基因的表达分析 | 第122-125页 |
| 4.2.5 MnRRM1基因的表达分析 | 第125-127页 |
| 4.3 讨论 | 第127-130页 |
| 4.3.1 各基因在日本沼虾不同生长阶段的表达 | 第127页 |
| 4.3.2 各基因在日本沼虾不同发育阶段的卵巢中的表达 | 第127-129页 |
| 4.3.3 各基因在正常性成熟日本沼虾不同组织中的表达 | 第129-130页 |
| 4.3.4 各基因在正常性成熟和性早熟的日本沼虾不同组织中的表达比较 | 第130页 |
| 4.4 小结 | 第130-132页 |
| 第五章 利用RNA干扰技术分析MNNM23、MNRPL24、MNCOX、MNCST和MNRRM1基因在日本沼虾卵巢发育中的功能 | 第132-159页 |
| 5.1 材料与方法 | 第134-137页 |
| 5.1.1 实验用虾 | 第134页 |
| 5.1.2 实验用引物 | 第134页 |
| 5.1.3 dsRNA的合成 | 第134-135页 |
| 5.1.4 RNAi实验 | 第135-136页 |
| 5.1.5 RNAi实验中各相关指标的检测 | 第136-137页 |
| 5.1.6 数据处理及统计分析 | 第137页 |
| 5.2 结果分析 | 第137-154页 |
| 5.2.1 dsRNA的制备 | 第137页 |
| 5.2.2 MnNM23基因的RNAi实验结果 | 第137-141页 |
| 5.2.3 MnRPL24基因的RNAi实验结果 | 第141-144页 |
| 5.2.4 MnCOX基因的RNAi实验结果 | 第144-147页 |
| 5.2.5 MnCST基因的RNAi实验结果 | 第147-148页 |
| 5.2.6 MnRRM1基因的RNAi实验结果 | 第148-154页 |
| 5.3 讨论 | 第154-157页 |
| 5.3.1 各基因沉默对卵黄生成作用的影响 | 第154-155页 |
| 5.3.2 各基因沉默对卵母细胞成熟的影响 | 第155-156页 |
| 5.3.3 各基因沉默对卵巢中卵黄生成作用和卵母细胞成熟的影响的原因分析 | 第156-157页 |
| 5.4 小结 | 第157-159页 |
| 第六章 主要结论、创新点及展望 | 第159-161页 |
| 6.1 主要结论 | 第159-160页 |
| 6.2 本研究的创新点 | 第160页 |
| 6.3 研究展望 | 第160-161页 |
| 参考文献 | 第161-189页 |
| 附录 | 第189-202页 |
| 缩略词 | 第202-203页 |
| 致谢 | 第203-205页 |
| 作者简介 | 第205页 |
