| 摘要 | 第5-8页 |
| abstract | 第8-10页 |
| 缩写表及中英文对照 | 第13-14页 |
| 第一部分 文献综述 | 第14-20页 |
| 第一章 研究进展 | 第14-20页 |
| 1. 微生物基因组学发展 | 第14-20页 |
| 1.1 基因组学发展 | 第14页 |
| 1.2 微生物基因组的发展 | 第14-15页 |
| 1.3 基因组测序技术 | 第15-16页 |
| 1.4 粘质沙雷氏菌研究背景 | 第16-17页 |
| 1.5 粘质沙雷氏菌基因组学的研究进展 | 第17页 |
| 1.6 沙雷氏属的系统学研究进展 | 第17-18页 |
| 1.7 本研究的目的与意义 | 第18-20页 |
| 第二部分 研究论文 | 第20-54页 |
| 第二章 粘质沙雷氏菌ESE-2014 基因组测序和分析 | 第20-54页 |
| 1. 实验材料 | 第20-22页 |
| 1.1 菌株的来源 | 第20-21页 |
| 1.2 实验仪器 | 第21页 |
| 1.3 实验试剂和耗材 | 第21-22页 |
| 2. 方法 | 第22-28页 |
| 2.1 细菌全基因组的提取 | 第22页 |
| 2.2 粘质沙雷氏菌ESE-2014 基因组序列的测定 | 第22-26页 |
| 2.3 粘质沙雷氏菌完整基因组注释与分析 | 第26-27页 |
| 2.4 磷脂酶基因的核苷酸序列及碱基替代模型的分析 | 第27页 |
| 2.5 磷脂酶A1蛋白分析 | 第27页 |
| 2.6 磷脂酶A1及辅助蛋白基因进化速率分析 | 第27-28页 |
| 2.7 系统发育分析 | 第28页 |
| 3. 结果和分析 | 第28-54页 |
| 3.1 组装前基因组测序数据基本统计 | 第28-29页 |
| 3.2 Reads质量评估 | 第29-31页 |
| 3.3 基因组组装 | 第31-32页 |
| 3.4 序列拼接结果 | 第32页 |
| 3.5 ESE-2014 基因组基本情况 | 第32-33页 |
| 3.6 RNA预测与分析 | 第33-35页 |
| 3.7 重复序列预测与分析 | 第35页 |
| 3.8 毒力因子 | 第35-36页 |
| 3.9 ESE-2014 灵菌红素基因簇 | 第36-39页 |
| 3.10 粘质沙雷氏菌ESE-2014 的比较基因组学分析 | 第39-43页 |
| 3.11 plaA及plaS的序列分析 | 第43-45页 |
| 3.12 磷脂酶A1蛋白质分析 | 第45-48页 |
| 3.13 沙雷氏菌的进化速率分析 | 第48-49页 |
| 3.14 系统发育的分析 | 第49-52页 |
| 3.15 讨论 | 第52-54页 |
| 结论 | 第54-55页 |
| 参考文献 | 第55-61页 |
| 附录 | 第61-69页 |
| 致谢 | 第69-70页 |
| 硕士期间发表论文及获奖情况 | 第70页 |
