| 摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRACT | 第8-9页 |
| 缩略词 (Abbreviations) | 第10-11页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-25页 |
| 1 驴简介 | 第11-13页 |
| 1.1 驴物种简介 | 第11页 |
| 1.2 驴的体型研究 | 第11页 |
| 1.3 驴的生长发育研究 | 第11-12页 |
| 1.4 驴皮的研究进展 | 第12-13页 |
| 2 转录组测序简介 | 第13-17页 |
| 2.1 转录组测序技术简介 | 第13-15页 |
| 2.2 转录组中基因的表达量计算 | 第15页 |
| 2.3 转录组差异表达分析 | 第15-16页 |
| 2.4 家畜转录组学研究 | 第16-17页 |
| 3 可变剪切简介 | 第17-22页 |
| 3.1 可变剪切总体简介 | 第17-21页 |
| 3.2 可变剪切在家畜中的研究 | 第21-22页 |
| 4 长链非编码RNA研究进展 | 第22-25页 |
| 4.1 非编码RNAs的简介 | 第22页 |
| 4.2 lncRNAs分类标准 | 第22-23页 |
| 4.3 常规的鉴定流程 | 第23页 |
| 4.4 蛋白编码能力预测 | 第23-24页 |
| 4.5 家畜中的lncRNA研究进展 | 第24-25页 |
| 第二章 驴皮转录组初步研究 | 第25-49页 |
| 1 前言 | 第25页 |
| 2 试验材料和方法 | 第25-33页 |
| 2.1 试验材料 | 第25页 |
| 2.2 转录组数据来源 | 第25-26页 |
| 2.3 主要仪器 | 第26页 |
| 2.4 驴皮组织的总RNA提取 | 第26-27页 |
| 2.5 cDNA文库制备 | 第27-28页 |
| 2.6 cDNA文库转录组测序 | 第28-29页 |
| 2.7 转录组数据的过滤 | 第29页 |
| 2.8 测序reads的比对 | 第29页 |
| 2.9 转录本表达量的计算 | 第29-30页 |
| 2.10 样品相关性分析 | 第30页 |
| 2.11 转录本组装 | 第30-31页 |
| 2.12 可变剪切、未知转录本及lincRNA的鉴定 | 第31-32页 |
| 2.13 差异表达基因的鉴定 | 第32页 |
| 2.14 不同物种间同源基因及驴相对其他物种的特异性基因的鉴定 | 第32-33页 |
| 3 实验结果 | 第33-45页 |
| 3.1 驴皮组织表达量及相关性分析 | 第33-35页 |
| 3.2 驴皮转录组测序数据比对及转录本组装、分类结果 | 第35-37页 |
| 3.3 未知转录本的结果分析 | 第37-40页 |
| 3.4 lincRNA的结果分析 | 第40-42页 |
| 3.5 可变剪切的结果 | 第42-43页 |
| 3.6 品种间差异的比较 | 第43-44页 |
| 3.7 不同物种间比较 | 第44-45页 |
| 4 讨论 | 第45-49页 |
| 4.1 设置了较严格比对的参数条件，因而预测所得结果具有较好的准确性 | 第45-46页 |
| 4.2 首次提供了德州驴和新疆驴皮组织的转录组数据 | 第46页 |
| 4.3 发现德州驴和新疆驴驴皮转录组水平存在差异，可能与它们的生活环境相适应 | 第46-47页 |
| 4.4 马、驴皮的比较 | 第47页 |
| 4.5 驴与马、山羊和绵羊皮的比较 | 第47-49页 |
| 第三章 驴全基因组范围内可变剪切的研究 | 第49-64页 |
| 1 前言 | 第49页 |
| 2 试验材料和方法 | 第49-50页 |
| 2.1 试验材料 | 第49页 |
| 2.2 已有马、牛、山羊、绵羊、驴转录组数据下载 | 第49页 |
| 2.3 主要仪器 | 第49-50页 |
| 3 实验结果 | 第50-61页 |
| 3.1 驴皮转录组测序数据比对及转录本组装 | 第50-53页 |
| 3.2 驴组织中可变剪切的基础分析 | 第53-58页 |
| 3.3 不同物种间可变剪切的比较分析 | 第58-61页 |
| 4 讨论 | 第61-64页 |
| 4.1 首次对驴进行全基因组的可变剪切的预测和分析 | 第61-62页 |
| 4.2 驴44个组织间AS基因的比较分析 | 第62页 |
| 4.3 驴马较其他物种的差异 | 第62-63页 |
| 4.4 不同物种间比较，有利于了解种间异同 | 第63-64页 |
| 第四章 全文结论 | 第64-65页 |
| 参考文献 | 第65-76页 |
| 附录 | 第76-77页 |
| 致谢 | 第77页 |
