| 致谢 | 第1-7页 |
| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 专业词汇中英文对照表 | 第11-13页 |
| 目录 | 第13-16页 |
| 1 绪论 | 第16-36页 |
| ·基因组变异 | 第17-19页 |
| ·人类基因组中的结构变异 | 第17-18页 |
| ·基因组缺失 | 第18页 |
| ·癌症基因组中的结构变异 | 第18-19页 |
| ·基因组变异的传统检测技术 | 第19-20页 |
| ·下一代测序技术 | 第20-22页 |
| ·基于下一代测序平台的变异检测技术 | 第22-30页 |
| ·序列比对技术 | 第22-23页 |
| ·基于比对校正碱基质量值 | 第23页 |
| ·点突变检测技术 | 第23-25页 |
| ·结构变异检测技术 | 第25-28页 |
| ·低频变异检测技术 | 第28-30页 |
| ·限制性内切酶与下一代测序技术 | 第30-32页 |
| ·RAD-seq | 第30-31页 |
| ·RRL | 第31页 |
| ·GBS | 第31页 |
| ·其他技术 | 第31-32页 |
| ·本论文所要解决的问题和意义 | 第32-36页 |
| ·基因组缺失的低序列覆盖度检测技术 | 第32-33页 |
| ·基于局部序列拼接的结构变异检测技术 | 第33-34页 |
| ·微量细胞样本中低频变异检测技术 | 第34-36页 |
| 2 材料与方法 | 第36-52页 |
| ·实验材料 | 第36-38页 |
| ·实验样品 | 第36-37页 |
| ·实验试剂与仪器 | 第37-38页 |
| ·实验方法 | 第38-48页 |
| ·基因组DNA的制备 | 第38-39页 |
| ·drag文库制备 | 第39-41页 |
| ·虚拟长序列文库制备 | 第41-45页 |
| ·微量细胞分离 | 第45页 |
| ·微量细胞全基因组扩增与文库构建 | 第45-47页 |
| ·上机测序 | 第47页 |
| ·验证ditag检测的缺失 | 第47页 |
| ·验证虚拟长序列检测的结构变异 | 第47页 |
| ·验证肝硬化组织DNA点突变 | 第47-48页 |
| ·分析方法 | 第48-52页 |
| ·对不同限制性内切酶检测频率的计算机模拟 | 第48页 |
| ·序列比对 | 第48-49页 |
| ·虚拟长序列拼接 | 第49页 |
| ·对虚拟长序列评价 | 第49页 |
| ·从虚拟长序列比对结果中检测结构变异 | 第49-50页 |
| ·检测肝硬化样本DNA中低频变异 | 第50-52页 |
| 3 研究结果 | 第52-78页 |
| ·ditag技术的开发 | 第52-61页 |
| ·在原有方法上的主要改进 | 第52页 |
| ·对多种限制性内切酶检测水平的模拟 | 第52-54页 |
| ·ditag测序与错误比对的过滤 | 第54-56页 |
| ·两个文库ditags一致性分析 | 第56-59页 |
| ·基因组缺失的确定 | 第59-61页 |
| ·候选缺失的验证 | 第61页 |
| ·ditag技术在RRL数据中的应用 | 第61-65页 |
| ·RRL与ditag | 第62页 |
| ·数据来源 | 第62页 |
| ·序列比对与ditag转换 | 第62-64页 |
| ·基因组缺失的鉴定 | 第64页 |
| ·与已有结果的比较 | 第64-65页 |
| ·基于局部拼接方法检测结构变异 | 第65-72页 |
| ·梯度双端测序文库 | 第65-67页 |
| ·短序列局部拼接算法AnyTag简介 | 第67页 |
| ·虚拟长序列的组装 | 第67-68页 |
| ·对虚拟长序列的评估 | 第68页 |
| ·用虚拟长序列检测结构变异 | 第68-70页 |
| ·用PCR验证所检测的结构变异 | 第70-72页 |
| ·低频率点突变检测技术 | 第72-78页 |
| ·500个细胞样品HN500的变异筛选 | 第72-74页 |
| ·HN500候选变异的验证 | 第74-75页 |
| ·片段断点与序列家族 | 第75页 |
| ·从100个细胞样本CN100中筛选变异 | 第75-76页 |
| ·CN100体细胞突变率的估计 | 第76-78页 |
| 4 结论与讨论 | 第78-84页 |
| ·结构变异的高效检测方案 | 第78-79页 |
| ·基于短序列拼接技术的结构变异检测 | 第79-80页 |
| ·超低频变异的检测 | 第80-81页 |
| ·结论 | 第81-84页 |
| 参考文献 | 第84-102页 |
| 附录 | 第102-134页 |
| 附表1 在人类基因组参考序列hg18的限制性内切酶识别位点分析 | 第102-106页 |
| 附表2 使用ditag技术实际检测到的基因组缺失列表 | 第106-111页 |
| 附表3 用于验证ditags测得的基因组缺失的扩增引物列表 | 第111-112页 |
| 附表4 使用虚拟长序列在果蝇w~(1118)基因组中检测到的结构变异列表 | 第112-132页 |
| 附表5 用于验证虚拟长序列所检测的结构变异的扩增引物列表 | 第132-134页 |
| 作者简介及在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第134-135页 |
| 作者简历 | 第134页 |
| 获奖情况 | 第134页 |
| 己发表或正式接受的学术论文 | 第134-135页 |
| 参加的研究项目 | 第135页 |
