| 摘要 | 第1-10页 |
| Abstract | 第10-13页 |
| 缩略词表 | 第13-14页 |
| 1 综述 | 第14-33页 |
| ·芸薹属简介 | 第14-15页 |
| ·芸薹属及重要性 | 第14页 |
| ·育种进展及局限 | 第14-15页 |
| ·高通量测序技术及序列分析 | 第15-19页 |
| ·高通量测序技术 | 第15-16页 |
| ·NGS技术主流应用 | 第16-18页 |
| ·序列分析及软件 | 第18-19页 |
| ·展望 | 第19页 |
| ·植物基因组学研究 | 第19-26页 |
| ·植物基因组测序 | 第19-20页 |
| ·基因组多倍体化 | 第20页 |
| ·遗传作图 | 第20-21页 |
| ·SNP标记开发及基因型分析方法 | 第21-23页 |
| ·芸苔属基因组研究 | 第23-26页 |
| ·早期分子标记的开发及应用 | 第23-24页 |
| ·基于NGS的多态性标记开发及应用 | 第24页 |
| ·基因组结构研究 | 第24-26页 |
| ·基因组学在遗传育种中的应用 | 第26页 |
| ·植物表观基因组学研究 | 第26-31页 |
| ·表观遗传学与DNA甲基化 | 第26-27页 |
| ·DNA甲基化研究方法 | 第27-29页 |
| ·DNA甲基化检测 | 第27-28页 |
| ·甲基化测序数据分析及软件 | 第28-29页 |
| ·植物DNA甲基化组研究 | 第29-31页 |
| ·表观基因组学与育种 | 第31页 |
| ·本研究目的与意义 | 第31-33页 |
| 2 甘蓝型油菜高密度遗传图谱的构建 | 第33-59页 |
| ·前言 | 第33-34页 |
| ·材料与方法 | 第34-40页 |
| ·实验材料与DNA提取 | 第34页 |
| ·接头设计和复性 | 第34-35页 |
| ·文库构建及Illumina测序 | 第35-36页 |
| ·模拟酶切及抽样分析 | 第36页 |
| ·SNP开发及基因型分析：RFAPtools | 第36-39页 |
| ·遗传图谱的构建 | 第39页 |
| ·SNP变异和基因型的验证 | 第39页 |
| ·序列提交和软件下载 | 第39-40页 |
| ·结果 | 第40-55页 |
| ·实验设计 | 第40-41页 |
| ·酶切组合选择及初始文库构建 | 第41-42页 |
| ·模拟酶切及酶切片段分析 | 第42-44页 |
| ·每个DH单株所需的数据量 | 第44-46页 |
| ·亲本间SNP和PAV多态性 | 第46页 |
| ·DH群体基因型分析及图谱构建 | 第46-49页 |
| ·群体中PAV基因型分析及图谱构建 | 第49-51页 |
| ·SNP/PAV遗传连锁图与白菜基因组的共线性分析 | 第51-53页 |
| ·定位未定位或者定位错误的scaffolds到白菜基因组上去 | 第53-54页 |
| ·验证 | 第54-55页 |
| ·讨论 | 第55-59页 |
| ·缩减文库的构建 | 第55-56页 |
| ·模拟参考序列(PRF) | 第56-57页 |
| ·多倍体作物SNP标记的开发 | 第57-58页 |
| ·PAV标记的开发 | 第58页 |
| ·遗传连锁图谱的作用 | 第58-59页 |
| 3 白菜全基因组DNA甲基化研究 | 第59-76页 |
| ·前言 | 第59-60页 |
| ·材料和方法 | 第60-62页 |
| ·研究材料和DNA提取 | 第60-61页 |
| ·甲基化处理及测序文库的构建 | 第61页 |
| ·序列过滤及拼接 | 第61-62页 |
| ·甲基化检测及注释 | 第62页 |
| ·SNP检测 | 第62页 |
| ·甲基化水平的分布 | 第62页 |
| ·结果 | 第62-74页 |
| ·双酶切RRBS技术的开发 | 第62-64页 |
| ·SNP检测 | 第64页 |
| ·甲基化测序及甲基化位点检测 | 第64页 |
| ·模拟分析 | 第64-65页 |
| ·CG,CHG和CHH位点的甲基化水平 | 第65-66页 |
| ·不同染色体的DNA甲基化分布 | 第66-68页 |
| ·不同组分的甲基化特征 | 第68-70页 |
| ·单拷贝和多拷贝基因间及亚基因组间基因的DNA甲基化差异 | 第70-71页 |
| ·表达差异 | 第71-72页 |
| ·DNA甲基化与基因丢失的关系 | 第72-74页 |
| ·讨论 | 第74-76页 |
| ·双酶切RRBS技术 | 第74页 |
| ·白菜全基因组DNA甲基化 | 第74-75页 |
| ·DNA甲基化与基因丢失 | 第75-76页 |
| 参考文献 | 第76-98页 |
| 附录A | 第98-107页 |
| 附录B | 第107-108页 |
| 致谢 | 第108-109页 |
